C15orf39 - C15orf39

C15orf39
C15orf39.png xromosomalari
Xromosoma 15
Identifikatorlar
BelgilarC15orf39
NCBI geni56905
HGNC24497
RefSeqNP_056307.2
UniProtQ6ZRI6

C15orf39 a oqsil odamlarda xromosoma 15 tomonidan kodlanganligi ochiq o'qish doirasi 15 (C15orf39) gen.

Gen

Manzil

C15orf39 joylashgan 15-xromosoma (15q24.2), ortiqcha bo'yicha 75487985-75504515 dan 16.53kb oralig'ida DNK ip.[1] C15orf39-da uchta exons va etti intronlar.[1][2]

C15orf39 ning 15-xromosomada joylashgan joyi.[3]

mRNA

Isoformlar

C15orf39 uchun kodlash ketma-ketligi mRNA 4443 ga teng tayanch juftliklari uzoq.[4] C15orf39 geni etti mRNA transkriptini ishlab chiqaradi, eng uzun kodlash izoformasi 1047 aminokislotalar uzunroq, eng qisqasi esa kesilgan 27 ta aminokislotadir 3' oxiri.[5]

Ifoda

Inson to'qimalarida C15orf39 ekspressioni.[6]

C15orf39 yuqori darajada ifoda etilgan trigeminal ganglion, yuqori bachadon bo'yni ganglioni, to'liq qon, va yurak. C15orf39 ning past ekspression darajasi topilgan oksipital lob va PB-CD19 + B hujayralari.[6]

.

.

Xomila va kattalar retikulotsitlarida C15orf39 ning joyida duragaylanishi.[7]

C15orf39 ifoda darajalari homila va kattalar retikulotsitlar kattalar retikulotsitlari homila hujayralariga qaraganda ko'proq C15orf39 ni ifoda etgan holda, ekspressionning sezilarli darajada turli darajalarini ko'rsatdi (P <0.0001).[7]

.

.

.

.

Oqsil

Umumiy xususiyatlar

C15orf39-da o'zgartirilmagan molekulyar massa 110,6 kDA dan.[2][8] O'zgartirilgan molekulyar massa 110,7 kDA ni tashkil qiladi.[9] C15orf39 o'rtacha darajadan yuqori darajadan iborat prolin (-17%) va etishmayapti izolösin (-1%) va qushqo'nmas (≈1%).[10] Ikkalasi ham yaqin (O'n uch qatorli tuproqli sincap ) va uzoq (Crested-Ibis ) ortologlar tarkibida o'rtacha darajadagi prolin, past darajadagi izolösin va asparagin mavjud.

Domenlar va motivlar

C15orf39 domenlari. P = Fosforillanish, A = Asetillanish, SUMO = Sumoyillash, O = O-glikosilatsiya.

C15orf39 da to'rtta taxmin qilingan domen mavjud. Ulardan ikkitasi prolin boy va alanin boy domenlar. Katta tegument oqsil UL36 domeni insonning virusli tsiklini boshqarishda muhim ahamiyatga ega Herpes virusi 1 (HHV-1), shu jumladan virusni tashish kapsid uchun yadro teshiklari kompleksi va ichki va tashqi virusli tegum kapsidlarini bir-biriga bog'lash.[11] Va nihoyat WH2 domeni, WASP-homologiya domeni 2, taxminan 18 ta aminokislotadan iborat bo'lib, an aktin majburiy domen.[12] WH2 ishlab chiqarishni ta'minlovchi aktin monomerlarini bog'laydi aktin iplari.

Tarjimadan keyingi o'zgartirishlar

Bashorat qilingan tarjimadan keyingi modifikatsiyalar C15orf39 uchun quyidagilar kiradi fosforillanish, atsetilatsiya, sumoylyatsiya va o-glikosilatsiya. Muhim ahamiyatga ega bo'lgan aminokislota K17 bo'lib, u atsetil va sumo guruhiga kovalent biriktirilgan.[2][13] Shuningdek, fosforillangan va o-glikozil guruhiga biriktirilgan T970.[14][15] Tarjimadan keyingi barcha taxmin qilingan modifikatsiyalar uzoq va qat'iy orloglarda saqlanib qolgan.

Bashorat qilingan PTM va ikkilamchi tuzilishni ko'rsatadigan C15orf39 C-terminalining kontseptual tarjimasi.
PTMAminokislotalarning joylashishi
Fosforillanish[14]S208, S322, S467, S496, S497, T970
Asetilatsiya[2]K17
Sumoylatsiya[13]K17, K57, K154, K358, K569, K975
Sumoylatning o'zaro ta'siri[13]462-466
O-glikozillanish[15]S497, T970

.

.

.

.

.

Tuzilishi

Alfa spirallari C15orf39 oqsilida bashorat qilingan qizil rangga bo'yalgan va tasodifiy bobinlar sarg'ish rang sifatida ko'rsatilgan. Yo'q beta-varaqlar ning bir qismi bo'lishi taxmin qilingan edi ikkilamchi tuzilish C15orf39 uchun. Modellashtirilmagan aminokislotalar bashorat qilingan tasodifiy bobinlar.[16]

C15orf39 ning C-terminal uchi uchun taxmin qilingan uchinchi darajali tuzilish.[17]

Sub-uyali lokalizatsiya

C15orf39 ning joylashgan bo'lishi taxmin qilinmoqda sitozol hujayraning[18]

Proteinlarning o'zaro ta'siri

Proteinlarning o'zaro ta'siri skrininglari C15orf39 ni ko'plab oqsillar, shu jumladan RPLP1 va EIF4ENIF1 bilan o'zaro ta'sir qilishini ko'rsatdi. C15orf39 bilan o'zaro aloqada bo'lganligi aniqlandi RPLP1 (Katta Ribozomal Subunit Protein P1), a sitoplazmatik oqsil, yuqori mahsuldorlikda xamirturush ikki gibrid skrining. RPLP1 kislotali hisoblanadi ribosomal ning cho'zilish bosqichida muhim bo'lgan subunit transkripsiya.[19][20] EIF4ENIF1 (Eukaryotik tarjimani boshlash faktori 4E Transporter), bu nukleotsitoplazmatik oqsil tarjima o'rtasida eIF4E boshlash omil yadro va sitoplazma.[21] C15orf39 va EIF4ENIF1 o'rtasidagi oqsillarning o'zaro ta'siri orqali aniqlandi yaqinlikni ushlash.[22]

Gomologiya

Paraloglar

Hech narsa ma'lum emas paraloglar inson C15orf39 geni uchun.[23]

Ortologlar

The orlog C15orf39 uchun bo'sh joy kabi uzoq qarindoshlarni o'z ichiga oladi xaftaga tushadigan baliqlar kabi Rhincodon typus (kit akulasi ) va shunga o'xshash yaqin sutemizuvchilar singari qat'iy Gorilla, inson oqsiliga 99% ketma-ketlik identifikatsiyasiga ega.[24][25] The filogenetik daraxt quyida ko'rsatilgan evolyutsion uning ortologlaridagi C15orf39 oqsillar ketma-ketligining aloqasi.[26]

Tanlangan C15orf39 ortologlari uchun filogenetik daraxt.[26]
Ilmiy nomiUmumiy ismMYAOqsilga kirish #Uzunlik (AA)Shaxsiyat
Homo sapiensInson0NP_0563071,047100
Gorilla gorilla gorillaGorilla9.06XP_004056588.11,04799
Ictidomys tridecemlineatusO'n uch qatorli tuproqli sincap90XP_005316869.11,03280
Equus caballusOt96XP_023509136.11,03379
Delphinapterus leucasBeluga kiti96XP_022435768.11,04178
Loxodonta africanaAfrikalik Bush Elephant105XP_003413993.11,07275
Omithorhynchus anatinusPlatypus177XP_007656779.11,11937
Gekko japonicusGekko Japonicus312XP_015267003.11,38751
Nipponiya NipponYalang'och Ibis312XP_009468021.11,04632
Ksenopus laevisAfrikalik tirnoqli qurbaqa352XP_018111022.11,47540
Rhincodon typusKit Shark473XP_020392571.11,49131

Tafovut

Ortologlarda C15orf39, Fibrinogen va Sitoxrom C uchun ketma-ketlik divergentsiyasi darajasi.[27]

Grafik C15orf39 oqsilining tez ekanligini ko'rsatadi rivojlanayotgan. C15orf39 ketma-ketligi tez rivojlanayotganga qaraganda tezroq ajralib turdi fibrinogen odamlarda oqsil.[27]

.

.

.

.

.

.

.

.Adabiyotlar

  1. ^ a b [email protected], Danielle Thierry-Mieg va Jean Thierry-Mieg, NCBI / NLM / NIH. "AceView: Gen: C15orf39, mRNA yoki ESTsAceView bilan inson, sichqoncha va qurtlar genlarining keng izohlanishi". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2018-02-19.
  2. ^ a b v d "o'ziga xos bo'lmagan protein C15orf39 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2018-02-19.
  3. ^ "C15orf39 15-xromosoma ochiq o'qish doirasi 39 [Homo sapiens (odam)] - Gen - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2018-05-05.
  4. ^ "Homo sapiens xromosoma 15 ochiq o'qish doirasi 39 (C15orf39), mRNA - Nukleotid - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2018-05-05.
  5. ^ "Gen: C15orf39 (ENSG00000167173) - Xulosa - Homo sapiens - Ensembl genom brauzeri 92". useast.ensembl.org. Olingan 2018-05-05.
  6. ^ a b "GDS596 / 204495_s_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2018-05-05.
  7. ^ a b "GDS2655 / 204494_s_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2018-05-05.
  8. ^ Ma'lumotlar bazasi, GeneCards Inson geni. "C15orf39 Gen - GeneCards | CO039 Protein | CO039 Antikor". www.genecards.org. Olingan 2018-02-19.
  9. ^ "C15orf39 - Antikorlar - Inson oqsil atlasi". www.proteinatlas.org. Olingan 2018-05-05.
  10. ^ "PSORT II bashorati". psort.hgc.jp. Olingan 2018-05-05.
  11. ^ "UL36 - deneddilaza katta tegument oqsili - Inson gerpesvirusi 1 (shtamm 17) (HHV-1) - UL36 geni va oqsili". www.uniprot.org. Olingan 2018-05-05.
  12. ^ "ELM - eukaryotik chiziqli motif manbasini qidirish". elm.eu.org. Olingan 2018-05-05.
  13. ^ a b v "GPS-SUMO Onlayn xizmati". GPS. 2018 yil 20-aprel.[doimiy o'lik havola ]
  14. ^ a b "GPS 3.0 - Kinazga xos fosforillanish saytining bashorati". gps.biocuckoo.org. Olingan 2018-05-05.
  15. ^ a b "5ADC962700006D04C7682FA1 muddati o'tgan". www.cbs.dtu.dk. Olingan 2018-05-05.
  16. ^ UCBL, Institut de Biologie et Chimie des Proteines - UMR5086 - CNRS -. "NPS @: GOR4 ikkinchi darajali tuzilishini bashorat qilish". npsa-prabi.ibcp.fr. Olingan 2018-05-06.
  17. ^ "Bashoratli ishni topshirish". raptorx.uchicago.edu. Olingan 2018-05-05.
  18. ^ "C15orf39 - xarakterlanmagan oqsil C15orf39 - homo sapiens (inson) - C15orf39 geni va oqsili". www.uniprot.org. Olingan 2018-02-19.
  19. ^ Ma'lumotlar bazasi, GeneCards Inson geni. "RPLP1 Gen - GeneCards | RLA1 Protein | RLA1 Antikor". www.genecards.org. Olingan 2018-05-06.
  20. ^ Stelzl U, Vorm U, Lalovski M, Xenig C, Brembek FH, Goler H, Stroedik M, Zenkner M, Shoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Avraam C, Bok N, Kitsman S, Gyedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier V, Lehrach H, Wanker EE (sentyabr 2005). "Odamning oqsil va oqsil bilan o'zaro aloqasi tarmog'i: proteomni izohlash uchun manba". Hujayra. 122 (6): 957–68. doi:10.1016 / j.cell.2005.08.029. PMID  16169070.
  21. ^ Ma'lumotlar bazasi, GeneCards Inson geni. "EIF4ENIF1 Gen - GeneCards | 4ET Protein | 4ET Antikor". www.genecards.org. Olingan 2018-05-06.
  22. ^ Boldt K, van Reuwijk J, Lu Q, Koutroumpas K, Nguyen TM, Texier Y va boshq. (2016 yil may). "Organelga xos oqsil manzarasi yangi kasalliklar va molekulyar mexanizmlarni aniqlaydi". Tabiat aloqalari. 7: 11491. doi:10.1038 / ncomms11491. PMC  4869170. PMID  27173435.
  23. ^ "Gen: C15orf39 (ENSG00000167173) - Xulosa - Homo sapiens - Ensembl genom brauzeri 91". useast.ensembl.org. Olingan 2018-02-26.
  24. ^ "o'ziga xos bo'lmagan oqsil C15orf39 homolog izoform X1 [Rhincodon typus] - oqsil - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2018-05-06.
  25. ^ "TA'MINLANADI: xarakterlanmagan oqsil C15orf39 homolog [Gorilla gorilla g - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2018-05-06.
  26. ^ a b "Ko'p ketma-ketlikni tekislash - CLUSTALW". www.genome.jp. Olingan 2018-05-06.
  27. ^ a b "TimeTree :: Hayotiy vaqt jadvali". www.timetree.org. Olingan 2018-05-06.