CheShift - CheShift
 | |
| Barqaror chiqish | 3.0 / 1 sentyabr 2013 yil |
|---|---|
| Ombor |  |
| Yozilgan | Python, HTML |
| Operatsion tizim | O'zaro faoliyat platforma |
| Mavjud: | Ingliz tili |
| Turi | Bioinformatika |
| Litsenziya | Akademik foydalanish uchun bepul |
| Veb-sayt | cheshift |
CheShift-2 (talaffuzi / tʃeʃɪft /) bu hisoblash uchun yaratilgan dastur 13Ca va 13Cβ oqsil kimyoviy siljishlari va tasdiqlash oqsil tuzilmalari. Bu kvant mexanikasi hisoblashlariga asoslangan 13Ca va 13Cβkimyoviy siljish burilish burchaklarining funktsiyasi sifatida (φ, ψ, ω va χ)1, χ2) 20 dan aminokislotalar.
CheShift-2 a dan nazariy kimyoviy siljish qiymatlari ro'yxatini qaytarishi mumkin PDB fayl. Shuningdek, u yuklangan PDB fayli va kimyoviy siljish qiymatlari asosida 3D oqsil modelini namoyish qilishi mumkin. 3D oqsil modeli nazariy va kuzatilgan kimyoviy siljish qiymatlarining farqlarini ko'rsatuvchi beshta rang kodi yordamida ranglanadi. Kuzatilgan va bashorat qilingan o'rtasidagi farqlar 13Ca va 13Cβ kimyoviy siljishlar sezgir zond sifatida ishlatilishi mumkin, uning yordamida oqsil tuzilmalaridagi mumkin bo'lgan mahalliy nuqsonlar aniqlanadi.[1] Agar ikkalasi ham bo'lsa 13Ca va 13Cβ kuzatilgan kimyoviy siljishlar ta'minlanadi CheShift-2 kuzatilgan va hisoblangan kimyoviy siljishlar orasidagi farqni kamaytiradigan alternativ ph1 va ph2 yon zanjir burilish burchaklarining ro'yxatini taqdim etishga harakat qiladi, bu qiymatlar oqsil tuzilmalaridagi nuqsonlarni bartaraf etish uchun ishlatilishi mumkin.[2]
CheShift-2-ga Internet orqali ulanish mumkin http://www.cheshift.com, yoki orqali PyMOL plagin.
Shuningdek qarang
Tegishli dasturiy ta'minot
Tashqi havolalar
Adabiyotlar
- ^ Martin, O. A., Vila, J. A. va Scheraga, H. A. (2012). "CheShift-2: oqsil tuzilmalarining grafik tekshiruvi". Bioinformatika. 28: 1538–1539. doi:10.1093 / bioinformatika / bts179. PMC 3356844. PMID 22495749.CS1 maint: bir nechta ism: mualliflar ro'yxati (havola)
- ^ Martin O.A. Arnautova Y.A. Ikazatti A.A. Sheraga X.A. va Vila J.A. (2013). "Oqsil tuzilmalaridagi nuqsonlarni tekshirish va tiklashning fizikaga asoslangan usuli". PNAS. 110: 16826–16831. doi:10.1073 / pnas.1315525110. PMC 3801053. PMID 24082119.