F1 faj - F1 phage

Enterobakteriyalar fag f1
Viruslarning tasnifi e
(ochilmagan):Virus
Shohlik:Monodnaviriya
Qirollik:Loebvirae
Filum:Hofneiviricota
Sinf:Faserviritsetlar
Buyurtma:Tubulavirales
Oila:Inoviridae
Tur:Inovirus
Virus:
Enterobakteriyalar fag f1

Bakteriofag f1 tizimli ravishda I sinf sifatida tasniflanadi filamentli fag, va boshqa Ff fajlari bilan chambarchas bog'liq, masalan M13 va fage fd.[1][2]

Keyingi maqolada genlar yoziladi kursiv va ular bilan bog'langan oqsillar rim raqamlarida.

Morfologiya

Fage f1 filamentli (novda shaklida) ssDNA faj, bilan molekulyar massa taxminan 1,6×107 Da; og'irligi bo'yicha 11,3 foizni tashkil etadi DNK.[3][4] Moslashuvchan faglarning uzunligi taxminan 850 nm va kengligi 4,3 yoki 6,3 nm.[4] Minglab bir xil asosiy yo'nalishlar palto oqsillari g'ilofni tashkil etuvchi baliqlarga o'xshash a-spiral shaklida joylashgan.[5]

Filamaning uchlari oqsil qopqoqlari bilan yopiladi; to'mtoq uchida har bir VII va IXning 3-5 nusxasi, terminalda ekstrudirovka qilingan munchoqga o'xshash uchida esa har birining III va VI ning taxminan 5 nusxasi bor.[1][2]

Genom tashkiloti

f1 dumaloq, 6407 bp genom ss-DNK.[6]

Genomda kodlangan 11 gen mavjud; ikkitasi kadr ichidagi genlar. Kodlangan oqsillarning beshtasi viron, uchtasi sintez uchun, qolganlari esa yig'ish uchun kerak.[7] Genlar odatda I-XI rim raqamlari bilan ataladi va II (X), V, VII, IX, VIII, III, VI, I (XI), IV, intergenik mintaqa (IG yoki IGR) tartibida.[1] IGR tarkibida qadoqlash signali (PS), shuningdek tugatish, replikatsiya uchun niklash va II va IHFning bog'lanishini belgilaydigan ketma-ketliklar mavjud.[1]

Hayot davrasi

Adsorbsiya va in'ektsiya

f1 erkaklar uchun xosdir; u faqat Hfr yoki F + shtammlarini yuqtiradi E. coli.[4]

Infektsiya uchun bir nechta xost oqsillari talab qilinadi va depolimerizatsiya fagning oqsillari.[1][2]III domeni birlamchi retseptor bilan, F pilusning uchi bilan bog'lanadi va noma'lum mexanizm bilan pilusning orqaga tortilishi, III membranani koreseptor, xost tolA ni bog'lash uchun etarlicha yaqinlashtiradi.[2]

Qopqoq oqsillarni chiqarib tashlash va ssDNK ni chiqarish sitoplazma ikkalasi ham tolA va III o'zaro ta'sirida vositachilik qiladi.[8] A hidrofob III qismi o'zini ichki membranaga qo'shib, fag zarrachasini xostga mahkamlaydi va palto oqsillarini xost membranasiga tarqatadi.[8] Bu genomning mezbon sitoplazmasiga chiqarilishiga olib keladigan asosiy qatlam oqsilining degradatsiyasi.[8]

DNKning replikatsiyasi

SSDNA genomi takrorlanadi va xost bilan tarjima qilinadi fermentlar u sitoplazma ichiga kiritilgandan so'ng. RNK polimeraza, DNK polimeraza III va xost gyrase replikatsiya qilish uchun ishlatiladigan yuqori o'ralgan chastotali shablonni yarating.[1]

II bosqich maxsus (+) ipni boshida kesadi va Rep-ni joylashtiradi helikaz dumaloq aylananing takrorlanishiga yordam beradi.[1] II yangi ajratilgan (+) ipni bog'lash uchun kerak, va tarjima qilish uchun ko'proq fermentlar kerak.[1]

Faj oqsillarini superfant infektsiyadan taxminan 10 daqiqa o'tgach (37 °).[1]

Paket

DNK-V komplekslari yuzlab shakllanadi va komplementning boshqa nusxalarini olishdan saqlaydi va shu bilan birga "oldindan qadoqlashadi" va ssDNA ni deyarli chiziqli shaklga keltiradi.[1][2] Taxminan 1500 nusxadagi V DNKni kapsulaga soladigan, egiluvchan, yarim yopiq chap qo'l spiralini hosil qiladi.[1][2][7] SsDNA kapsula ichida o'zi bilan o'zaro ta'sir qilmaydi va o'ralgan va o'ralgan holda o'ralgan bo'lib qoladi.[1] PS nomukammal soch tolasi sifatida mavjud bo'lib, genning fagga birikishi va yo'nalishi uchun javobgardir.[1] To'g'ri qadoqlash faqat PS mavjud bo'lganda amalga oshirilishi mumkin; genom yopilganidan keyin ham kompleksning to'mtoq qismida qisman ochiq qoladi.[1]

Lizz

Ushbu faj yo'q liza uning xosti, lekin xujayra xujayrasi hayoti davomida o'zining ko'p nusxalarini chiqarishi mumkin. Hujayra yuqtirilganda ham bo'linishni davom ettirishi mumkin va hujayra metabolizmi faj tomonidan minimal darajada ta'sirlanadi.[1][9] Fajlar yig'ilgandek ajralib chiqadi va DNK-V kompleksi hosil bo'lgandan keyin barcha birikish va sekretsiya bosqichlari membranada yoki uning ichida sodir bo'ladi.[7] Fagga kirganda depolimerlangan oqsillar yangi faglarni qadoqlash uchun qayta ishlatilishi mumkin va yangi sintez qilingan paltos oqsillarida bo'lgani kabi, oqsillar kerak bo'lguncha ajralmas membrana oqsillari bo'lib qoladi.[1]

Xost kodlangan tioredoksin yangi paydo bo'lgan fagni yig'ish uchun zarur bo'lgan yagona ma'lum xost oqsili va mumkin bo'lgan konferlar jarayonlilik.[1][7] Tioredoksin va qavat oqsillari bilan adezyon zonasida to'g'ri taqdim etilgan ssDNA ning mavjudligi faglarning cho'zilishi va ajralishiga imkon beradi.[1] Fag doimiy ravishda olib tashlanib cho'zilib ketadi dimerlar V ning tarkibiga kiradi va ularni asosiy oqsil bilan almashtiradi. Faj palto taxminan 2700 nusxada VIII nusxadan iborat.[10] DNKning oxiri hujayraga VIII bilan bog'langan bo'lishi mumkin bo'lgan so'nggi qopqoq oqsillarini qo'shishi haqida signal beradi.[1][3]

Ko'pgina filamentli faglarda bo'lgani kabi, fag paltosiga qadoqlanishi mumkin bo'lgan DNK miqdori bo'yicha aniq cheklov yo'q.[1] Faj genomining haddan tashqari nusxalari paketlangan bo'lishi mumkin, "polifag "bu ekstruziyaning noto'g'ri tugatilishi bilan bog'liq bo'lsa-da, tugatish signallari mavjud bo'lganda hosil bo'lgan fajning taxminan 5% normal uzunlikdan ikki baravar ko'pdir.[1] Hatto kattaroq qo'shimchalar ham tabiiy ravishda tanlanadi.[1] Tugatilmagan fag xostga bog'langan bo'lib qoladi va boshqa V-DNK kompleksining birikishi cho'zish jarayonini davom ettiradi.[1] PS-sayt faqat uzayishni boshlash uchun kerak bo'ladi, qo'shimcha genomlarni biriktirish uchun emas.[1]

Fajni to'plash va juda yuqori tezlikda chiqarish mumkin, xujayrani yuqtirganidan keyin bir soat ichida 1000 ga qadar nasl ajratiladi.[11]

Shuningdek qarang

Adabiyotlar

  1. ^ a b v d e f g h men j k l m n o p q r s t siz v w x Richard Taqvim tomonidan tahrirlangan (2006) Bakteriofaglar (Oxford University Press, Oksford, NY) ISBN  0-19-514850-9
  2. ^ a b v d e f Lubkovskiy, J .; Xenek, F .; Pluktun, A .; Wlodawer, A. (1999). "Filamentous fage infektsiyasi: g3p ning kristalli tuzilishi, uning koreceptori bilan, TolA ning C-terminal domeni". Tuzilishi. 7 (6): 711–722. doi:10.1016 / s0969-2126 (99) 80092-6. PMID  10404600.
  3. ^ a b Endemann, H .; Model, P. (1995). "Fagada va yuqtirilgan hujayralarda filamentli faj mayda qatlam oqsillarining joylashishi". Molekulyar biologiya jurnali. 250 (4): 496–506. doi:10.1006 / jmbi.1995.0393. PMID  7616570.
  4. ^ a b v Zinder, N. D .; Valentin, R. C .; Rojer, M.; Stoeckenius, W. (1963). "F1, Dna tarkibidagi tayoqcha shaklidagi erkaklarga xos bakteriofag". Virusologiya. 20: 638–640. doi:10.1016/0042-6822(63)90290-3. PMID  14065763.
  5. ^ Marvin, D. A. (1998). "Filamentli fag tuzilishi, infektsiyasi va yig'ilishi". Strukturaviy biologiyaning hozirgi fikri. 8 (2): 150–158. doi:10.1016 / s0959-440x (98) 80032-8. PMID  9631287.
  6. ^ Bek, E .; Zink, B. (1981). "Fl va fd filamentli bakteriofaglarning nukleotidlar ketma-ketligi va genomini tashkil etish". Gen. 16 (1–3): 35–58. doi:10.1016/0378-1119(81)90059-7. PMID  6282703.
  7. ^ a b v d Rassel, M.; Linderot, N. A .; Sali, A. (1997). "Filamentli faj yig'ilishi: oqsil eksporti mavzusidagi o'zgarish". Gen. 192 (1): 23–32. doi:10.1016 / S0378-1119 (96) 00801-3. PMID  9224870.
  8. ^ a b v Bennett, N. J.; Rakonjac, J. (2006). "INFEKTSION paytida filamentli bakteriyofag virusining ochilishi pIII ning C domeni vositachiligida". Molekulyar biologiya jurnali. 356 (2): 266–273. doi:10.1016 / j.jmb.2005.11.069. PMID  16373072.
  9. ^ Marvin, D. A .; Hon, B. (1969). "Filamentoz bakterial viruslar". Bakteriologik sharhlar. 33 (2): 172–209. PMC  378320. PMID  4979697.
  10. ^ Xay, N. G.; Vebster, R. E. (1998). "F1 filamentli bakteriyofagining asosiy oqsillari, ayniqsa bakterial sitoplazmatik membranada juftlashadi". Molekulyar biologiya jurnali. 279 (1): 19–29. doi:10.1006 / jmbi.1998.1778. PMID  9636697.
  11. ^ Rassel, M. (1991). "Filamentli fag yig'ilishi". Molekulyar mikrobiologiya. 5 (7): 1607–1613. doi:10.1111 / j.1365-2958.1991.tb01907.x. PMID  1943697.

Tashqi havolalar