Baxtli xaritalash - Happy mapping

Yilda genetika, Baxtli xaritalash, birinchi bo'lib 1989 yilda Pol H. Hurmatli va Piter R. Kuk tomonidan taklif qilingan, o'rganish uchun ishlatiladigan usul bog'lanish ikki yoki undan ko'p o'rtasida DNK ketma-ketliklari.^[1] Ga ko'ra Yagona molekula genomikasi guruhi, bu "PolYmerase zanjiri reaktsiyasi yordamida taxminan HAPloid DNK namunalarini tahlil qilish asosida xaritalash". Yilda genomika, HAPPY xaritasini baholash uchun qo'llash mumkin sintez va ma'lum bir genom bo'ylab turli xil DNK sekanslarini yo'naltirish - "genomik" xaritani yaratish.

Xuddi shunday bog'lanish xaritasi, HAPPY xaritalash ikki yoki undan ortiq DNK ketma-ketligini ajratish ehtimoliga bog'liq. Genetik xaritada a ehtimoli mavjud rekombinatsiya ikki genetik o'rtasidagi voqea lokuslar xuddi shu narsa xromosoma ular orasidagi masofaga to'g'ri proportsionaldir. HAPPY xaritasi rekombinatsiyani parchalanish bilan almashtiradi - genetik lokuslarni ajratish uchun rekombinatsiyaga tayanish o'rniga, butun genom, masalan, nurlanish yoki mexanik qirqish yo'li bilan parchalanadi. Agar DNK tasodifiy ravishda buzilgan bo'lsa, ikkita DNK ketma-ketligi orasidagi masofa qancha ko'p bo'lsa, uning ikkalasi o'rtasida sindirish ehtimoli shunchalik yuqori bo'ladi va aksincha.

HAPPY xaritasi, rekombinatsiya bilan bog'liq ba'zi muammolarni bartaraf etishda, genetik xaritalashning afzalliklarini saqlab qoladi. Ya'ni, ehtiyoj polimorfizm va naslchilik. Bundan tashqari, rekombinatsiya mahalliy xususiyatga ega bo'lishi mumkin, ammo genomik DNKning nurlanish yoki mexanik qirqish bilan sinishi tasodifiy bo'lib ko'rinadi. U bir necha organizmlarni genetik xaritada yaratish uchun ishlatilgan.^[2]^[3]

HAPPY xaritasi ham aniqlik kiritish uchun moslashtirildi nusxa ko'chirish raqamlarining o'zgarishini tahlil qilish va, xususan, saraton kasalligida kopiya sonining o'zgarishini tahlil qilish.^[4]

Adabiyotlar

^ Hurmatli PH, Cook PR (1989 yil sentyabr). "Baxtli xaritalash: inson genomini bog'lovchi xaritalash bo'yicha taklif". Nuklein kislotalari rez. 17 (17): 6795–807. doi:10.1093 / nar / 17.17.6795. PMC 318413. PMID 2780310.
^ Piper MB, Bankier AT, Hurmatli PH (1998 yil dekabr). "Cryptosporidium parvumning Baxtli xaritasi". Genom Res. 8 (12): 1299–307. doi:10.1101 / gr.8.12.1299. PMC 310802. PMID 9872984.
^ Xemilton E.P., aziz PH, Rowland T, Saks K, Eisen JA, Orias E (oktyabr 2006). "Tetrahimena genomini yuqori darajadagi yig'ilishi uchun HAPPY xaritalashidan foydalanish". Genomika. 88 (4): 443–51. doi:10.1016 / j.ygeno.2006.05.002. PMC 3169840. PMID 16782302.
^ McCaughan F, Darai-Ramqvist E, Bankier AT, Konfortov BA, Foster N, Jorj PJ, Rabbitts TH, Kost-Alimova M, Rabbitts PH, Hurmatli PH (Noyabr 2008). "Mikrodissektsiya molekulyar nusxasini hisoblash (microMCC) - raqamli PCR yordamida saraton kasalligi arxivlarini ochish". J. Pathol. 216 (3): 307–16. doi:10.1002 / yo'l.2413. PMID 18773450.

[pmid2780310-1] Hurmatli PH, Cook PR (1989 yil sentyabr). "Baxtli xaritalash: inson genomini bog'lovchi xaritalash bo'yicha taklif". Nuklein kislotalari rez. 17 (17): 6795–807. doi:10.1093 / nar / 17.17.6795. PMC 318413. PMID 2780310.

[pmid9872984-2] Piper MB, Bankier AT, Hurmatli PH (1998 yil dekabr). "Cryptosporidium parvumning Baxtli xaritasi". Genom Res. 8 (12): 1299–307. doi:10.1101 / gr.8.12.1299. PMC 310802. PMID 9872984.

[pmid16782302-3] Xemilton E.P., aziz PH, Rowland T, Saks K, Eisen JA, Orias E (oktyabr 2006). "Tetrahimena genomini yuqori darajadagi yig'ilishi uchun HAPPY xaritalashidan foydalanish". Genomika. 88 (4): 443–51. doi:10.1016 / j.ygeno.2006.05.002. PMC 3169840. PMID 16782302.

[pmid18773450-4] McCaughan F, Darai-Ramqvist E, Bankier AT, Konfortov BA, Foster N, Jorj PJ, Rabbitts TH, Kost-Alimova M, Rabbitts PH, Hurmatli PH (Noyabr 2008). "Mikrodissektsiya molekulyar nusxasini hisoblash (microMCC) - raqamli PCR yordamida saraton kasalligi arxivlarini ochish". J. Pathol. 216 (3): 307–16. doi:10.1002 / yo'l.2413. PMID 18773450.

[1]

[2]

[3]

[4]