Helicobacter typhlonius - Helicobacter typhlonius

Helicobacter typhlonius
Ilmiy tasnif
Qirollik:
Bakteriyalar
Filum:
Proteobakteriyalar
Sinf:
Epsilonproteobakteriyalar
Buyurtma:
Kampilobakteralar
Oila:
Helicobacteraceae
Tur:
Helicobacter
Turlarning kichik guruhi:
H. typhlonius
Binomial ism
Helicobacter typhlonius
Franklin va boshq. 2001

Helicobacter typhlonius a Gram-manfiy bakteriya va opportunistik patogen jinsda topilgan Helicobacter.[1] 1982 yilda tavsiflangan ushbu turda faqat 35 ta ma'lum tur mavjud.[2][1] H. typhlonius oz sonli yaqin qarindoshlari, shu jumladan Helicobacter muridarum, Helicobacter trogontum va Helicobacter hepaticus, ikkinchisi esa eng yaqin qarindosh va juda keng tarqalgan.[1]

Taksonomiya

H.tiflonius ning ma'lum bo'lgan 35 turidan biridir Helicobacter.[2] U ilgari nomlangan Helicobacter sp. Fox tomonidan ishlab chiqarilgan MIT 97-6910 va boshq., ammo Franklin tomonidan hozirgi nomi bilan o'zgartirilgan va boshq. proliferativ tiflokolitni keltirib chiqaradigan genetik va morfologik jihatdan bir xil organizmni topgandan keyin irritabiy ichak kasalligi.[3][1] Ning ba'zi yaqin qarindoshlari H. typhlonius o'z ichiga oladi H. muridarum, H. trogontum, H. hepaticus, va H. pylori.[1]

Morfologiya va fiziologiya

H. typhlonius bitta g'ilofi tufayli harakatchan flagellum.[1] Uning spirali bor morfologiya, va uning hajmi 0,3 dan 2,0 dan 3,0 mkm gacha.[1] Bunga qodir ammiak o'zlashtirish, karbamid ishlab chiqarish va fosforibozil pirofosfat biosintez.[1] H. typhlonius ham urease - kislotali oshqozon muhitida mikroblarning omon qolish va ko'payishiga yordam beradigan salbiy.[1] Bundan tashqari, u faqat o'sishi mumkin mikroerobik sharoitda (juda oz miqdordagi kislorod), ichida emas aerob yoki anaerob shartlar.[1]

Kashfiyot

H. typhlonius ning najasidan ajratilgan edi immunitet tanqisligi sichqonlar, Jeyms G. Foks va Kreyg L. Franklin tomonidan ikkita alohida laboratoriyada 1999 yilda.[4] Sichqonlar qo'zg'atadigan ichak sindromidan aziyat chekishgan H. typhlonius, ammo infektsiyaning mexanizmi noma'lum edi.[1] Polimeraza zanjiri reaktsiyasi (PCR) tekshiriladigan bakteriyalarning DNK ketma-ketligini nusxalash uchun ishlatilgan.[1] PCR noyob usul tufayli ideal usul edi genom ketma-ketligi bu osonlikcha PCR tomonidan tan olinadi.[5] So'ngra ketma-ketlikni tahlil qilish uchun dasturiy ta'minot to'plami (Viskonsin to'plami, 10.0 versiyasi; Genetics Computer Group, Inc., Madison Wis.) Yordamida tahlil qilindi.[1] PCR testlarining biokimyoviy natijalari, shuningdek, boshqa barcha 32 turdagi fenotipik test natijalari Helicobacter, yangi ajratilgan turlar tomonidan berilgan natijalar bilan taqqoslandi.[1] Natijalarni kuzatib, e'lon qilgandan keyin H. typhlonius ning yangi turi Helicobacter, yangi filogenetik daraxt tur uchun Helicobacter yaratilgan.[1]

Genomika

To'liq genom yordamida aniqlandi bitta molekula, real vaqtda ketma-ketlik 2015 yilda Frank tomonidan va boshq. Ierarxik genomni yig'ish jarayonidan foydalanib, ketma-ketliklar bitta uzoq o'qishga yig'ildi.[2]

Ning genomi H. typhlonius 1 920 000 ni tashkil qiladi tayanch juftliklari uzunligi,[2] 2,117 bilan oqsillarni kodlovchi genlar va 43 bilan RNK genlari GK-tarkib 38,8% dan.[2] Jinsning boshqa a'zolari bilan taqqoslaganda Helicobacter kabi H. hepaticus va H. pylori, H. typhlonius kattaroq genomga ega.[2] Bundan tashqari, H. typhlonius ga o'xshash GC-tarkibiga ega H. hepaticus.[2] Oqsillarni kodlovchi genlarning taxminan 75% o'rtasida bo'lishgan H. hepaticus va H. typhlonius, 468 ta noyob oqsil kodlovchi genlar aniqlandi H. typhlonius, bu butun genomning taxminan 2% ni tashkil qiladi.[2]

Bundan tashqari, genom alohida ajralib turadi patogenlik oroli past GC-tarkibli va takroriy takrorlangan.[2] Ushbu orol 650,000 taglik juftligini tashkil qiladi va a ni o'z ichiga olgan 75 ta protein kodlovchi genlarni o'z ichiga oladi IV turdagi sekretsiya tizimi bu sekretsiya uchun javobgardir toksinlar yordam berish zaharlanish.[2]

Metabolizm

H. typhlonius a mikroaerofil qodir oksidlovchi fosforillanish a sifatida kisloroddan foydalanish terminal elektron qabul qiluvchisi.[6]Ushbu turdagi, fermentatsiya ning piruvat va Asetil-KoA ga atsetat kislorod bo'lmagan taqdirda mumkin.[6] Bundan tashqari, uglevodlarning parchalanishi ikkalasini ham o'z ichiga oladi saxaroza va mannoz va aminokislota degradatsiyasini o'z ichiga oladi sitrulin, aspartat, glutamat va glutamin.[6] H. typhlonius argininga ham qodir biosintez orqali karbamid aylanishi.[6]

Ekologiya

H. typhlonius 37 va 42 ° C da o'sishi mumkin, ammo uni 25 ° C da yoki 1,5% natriy xlorid ishtirokida o'stirish mumkin emas.[1] Odatda spiral morfologiya 1% glitsin ishtirokida o'stirilganda ham kokklarga o'zgarishi mumkin, ammo o'sish darajasi bir xil bo'lib qoladi.[1] O'sish optimizatsiyasi H. typhlonius ichida sodir bo'ladi mikroerobik shartlar.[1] Odatda u immunitet tanqisligi yo'q bo'lgan kemiruvchilar va odamlarning oshqozon-ichak traktida uchraydi va 16s rRNK da 166-asosli juftlik oraliq ketma-ketligi bilan tavsiflanadi, ilgari 16s rRNA genlarining ketma-ketligini tahlil qilish orqali aniqlangan.[1]

Ahamiyati

H. typhlonius odamlarda ham, hayvonlarda ham irritabiy ichak sindromini (IBD) keltirib chiqarishi ma'lum, shuning uchun u IBD patogenezini va davolashni o'rganish uchun ishlatiladi.[3][1][5] Shu bilan birga, ba'zi tadqiqotlar bir-biriga bog'langan H. typhlonius ichak o'smalari regulyatsiyasi bilan.[4][7] O'qishdan Apc-mutant sichqonlar, tadqiqotchilar DNKning ayrim segmentlarini kuzatish va ikkita mumkin bo'lgan bakteriyalar turlarini kamaytirish uchun PCR amplifikatsiyasidan foydalanishdi: Akkermansia muciniphila va H. typhlonius.[7] Ushbu bakteriyalarning tarqalishi va o'smaning kattaligi o'rtasida ijobiy korrelyatsiya o'rnatildi.[7] t H. typhlonius immunitet tanqisligi bo'lgan sichqonlarda tiflokolitni keltirib chiqarishi ham aniqlandi.[8] Tifokolit yallig'lanish va bilan xarakterlanadi nekroz ichak yo'lidagi shilliq qavatining, xususan ko'r ichakning, yo'g'on ichakning va ingichka ichak to'qimalarining.[9]

Adabiyotlar

  1. ^ a b v d e f g h men j k l m n o p q r s t Franklin CL, Gorelick PL, Riley LK, Dewhirst FE, Livingston RS, Ward JM, Beckwith CS, Fox JG (noyabr 2001). "Helicobacter typhlonius sp. Nov., Roman Murine Urease-Negative Helicobacter turlari". Klinik mikrobiologiya jurnali. 39 (11): 3920–6. doi:10.1128 / JCM.39.11.3920-3926.2001. PMC  88465. PMID  11682508.
  2. ^ a b v d e f g h men j Frank J, Dingemanse C, Shmitz AM, Vossen RH, van Ommen GJ, den Dunnen JT, Robanus-Maandag EC, Anvar SY (2016-01-08). "Murine Pathobiont Helicobacter typhlonius" genomining to'liq ketma-ketligi ". Mikrobiologiyadagi chegara. 6: 1549. doi:10.3389 / fmicb.2015.01549. PMC  4705304. PMID  26779178.
  3. ^ a b Chichlowski M, Sharp JM, Vanderford DA, Myles MH, Xeyl LP (dekabr 2008). "Helicobacter typhlonius va Helicobacter rodentium differentsial ravishda yo'g'on ichakning yallig'lanish darajasiga va IL10 etishmovchiligi bo'lgan sichqonlarda yallig'lanish bilan bog'liq neoplaziyaga ta'sir qiladi". Qiyosiy tibbiyot. 58 (6): 534–41. PMC  2710754. PMID  19149410.
  4. ^ a b Chichlowski, Masij; Xeyl, Laura P (2009-02-15). "Helicobacter infektsiyasining tadqiqotga ta'siri: kemiruvchilar tadqiqot koloniyalaridan helikobakteriyani yo'q qilish masalasi". Qiyosiy tibbiyot. 59 (1): 10–17. PMC  2703140. PMID  19295050.
  5. ^ a b Scavizzi F, Raspa M (2006 yil yanvar). "Helicobacter typhlonius sichqonchaning uchta shtammining jinsiy a'zolarida aniqlangan, ammo vertikal ravishda yuqmagan". Laboratoriya hayvonlari. 40 (1): 70–9. doi:10.1258/002367706775404390. PMID  16460591.
  6. ^ a b v d Kanehisa M, Furumichi M, Tanabe M, Sato Y, Morishima K (yanvar 2017). "KEGG: genomlar, yo'llar, kasalliklar va giyohvandlikning yangi istiqbollari". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 45 (D1): D353-D361. doi:10.1093 / nar / gkw1092. PMC  5210567. PMID  27899662.
  7. ^ a b v Dingemanse C, Belzer C, van Xijum SA, Gyuntel M, Salvatori D, den Dunnen JT, Kuijper EJ, Devilee P, de Vos WM, van Ommen GB, Robanus-Maandag EC (noyabr 2015). "Akkermansia muciniphila va Helicobacter typhlonius sichqonlarda ichak o'smasi rivojlanishini modulyatsiya qiladi". Kanserogenez. 36 (11): 1388–96. doi:10.1093 / kanser / bgv120. PMID  26320104.
  8. ^ Teylor NS, Xu S, Nambiar P, Dewhirst FE, Fox JG (iyul 2007). "Enterohepatic Helicobacter turlari Osiyo, Evropa va Shimoliy Amerikadagi tijorat va akademik muassasalardan sichqonlarda keng tarqalgan". Klinik mikrobiologiya jurnali. 45 (7): 2166–72. doi:10.1128 / JCM.00137-07. PMC  1933014. PMID  17507523.
  9. ^ Bartold, SW; Smit, AL; Lord, PF; Bxatt, PN; Jeykobi, RO; Main, AJ (1982 yil 1-avgust). "Emizuvchi sichqonlarda epizootik koronaviral tiflokolit". Laboratoriya hayvonot fanlari. 32 (4): 376–83. ISSN  0023-6764. PMID  6292575.

Tashqi havolalar