ITFG3 - ITFG3
| FAM234A | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatorlar | |||||||||||||||||||||||||
| Taxalluslar | FAM234A, C16orf9, gs19, ITFG3, ketma-ket o'xshashligi bo'lgan oila 234 a'zosi A | ||||||||||||||||||||||||
| Tashqi identifikatorlar | MGI: 2146854 HomoloGene: 12932 Generkartalar: FAM234A | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortologlar | |||||||||||||||||||||||||
| Turlar | Inson | Sichqoncha | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ansambl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (oqsil) | |||||||||||||||||||||||||
| Joylashuv (UCSC) | Chr 16: 0,23 - 0,27 Mb | Chr 17: 26.21 - 26.24 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed qidirmoq | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Vikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
ITFG3 oqsillari shuningdek, nomi bilan tanilgan ketma-ket o'xshashligi bo'lgan oila 234 a'zosi A (FAM234A) a oqsil odamlarda kodlanganligi ITFG3 gen.[5][6] Bu erda gen kodlangan tarzda o'rganiladi mRNA ichida topilgan Homo sapiens. FAM234A geni sichqon, kalamush, tovuq, zebrafish, it, sigir, qurbaqa, shimpanze va rezus maymunlarida saqlanadi.[7] Ortologlar genni kamida 220 organizmda, shu jumladan tropik tirnoqli qurbaqa, pandalar va xitoylik hamsterlarda topish mumkin.[8] Gen joylashgan 16p 13.3 va jami 19 eksonga ega. MRNK jami 3224 bp, oqsil esa 552 aa ga ega.[9][7] Ushbu gen tomonidan ishlab chiqarilgan oqsilning molekulyar massasi 59660 Da ni tashkil qiladi.[10] Bu odamlarda kamida 27 ta to'qima turida, eng katta tarkibida namoyon bo'ladi o'n ikki barmoqli ichak, yog ', ingichka ichak va yurak.[7]
"Nyufaundlendni yo'q qilish" yoki a0-talassemiyani yo'q qilish FAM234A genining ikkinchi oraliq ketma-ketligida topilgan.[11] Gen bir nechta bilan bog'liq qizil qon tanachasi fenotiplar Afroamerikaliklar - genning aniq funktsiyasi yoki ta'siri to'liq aniq bo'lmagan bo'lsa-da.[12] Sharh GeneCards ' FAM234A genidagi mavjud ma'lumotlar bazasi genning funktsiyalari bo'yicha qo'shimcha ma'lumot bermadi.[10]
Gen
FAM234A joylashgan 16-xromosoma (234,546 - 269, 943). Uzunligi 35398 taglik, 11 ta ekzonsni o'z ichiga oladi va 5 'dan 3' gacha bo'lgan plyusga yo'naltirilgan. Boshqa taxalluslarga ITFG3, C16orf9 va gs19 kiradi.
FAM234A paraloglari mavjud emas.
FAM234A geni kamida 220 organizmda saqlanadi, bir hujayrali organizmlarda genning saqlanishiga dalil yo'q. Quyida keltirilgan tanlov mavjud ortologlar million yil avvalgi nasl-nasabdan ajralib chiqish sanasi (MYA), qo'shilish raqami va% FAM234A insonga xosligi bilan. Ushbu ro'yxat barcha ma'lum ortologlarni o'z ichiga olmaydi.
| Umumiy ism | Inson nasabidan ajralib chiqish (MYA) | Kirish raqami | Insonga shaxsiyat (%) |
|---|---|---|---|
| Rhesus Maymun | 28.1 | NP_001253283.1 | 95 |
| Oq quloqli marmoset | 42.6 | XP_009007067.1 | 86 |
| Uy sichqonchasi | 88 | NP_001344823.1 | 86 |
| Xitoy hamsteri | 88 | XP_003501607.1 | 77 |
| Yuqori Galiley tog'lari ko'r mol kalamush | 88 | XP_008849023.1 | 74 |
| Oltin hamster | 88 | XP_005081607.1 | 76 |
| Gigant panda | 94 | XP_011224429.1 | 73 |
| Ot | 94 | XP_014585783.1 | 74 |
| Beluga kiti | 94 | XP_022450014.1 | 73 |
| Tovuq | 320 | XP_414950.2 | 45 |
| Moviy tit | 320 | XP_023792271.1 | 43 |
| Bengal fin | 320 | XP_021404267.1 | 44 |
| Markaziy soqolli ajdaho | 320 | XP_020667631.1 | 43 |
| Avstraliya sho'r suvli timsoh | 320 | XP_019395600.1 | 47 |
| Tropik tirnoqli qurbaqa | 353 | NP_001121517.1 | 35 |
| Zebrafish | 432 | XP_001336768.2 | 31 |
| Barramundi perch | 432 | XP_018520114.1 | 34 |
| Yaponiya Medaka | 432 | XP_020567870.1 | 33 |
| Fil Shark | 465 | XP_007906598.1 | 37 |
| Kalamush | 88 | NP_001009701.1 | 72 |
mRNA
Kamida 11 ta FAM234A mavjud izoformlar. Eng uzun transkriptdan tashqari, boshqa izoformalar kesilganligi bilan farq qiladi, asosan 3 'oxirida. Bu izoformalar orasidagi ketma-ketlik uzunligining keng o'zgarishiga olib keladi.
Oqsil
FAM234A geni a-ni kodlaydi serin va leytsin "FAM234A Protein" yoki ITFG3 nomli boy protein. Kodlangan oqsil uzunligi 552 aminokislotadan iborat bo'lib, uning taxmin qilingan molekulyar og'irligi 59,660Da va bazal izoelektrik nuqtasi 5,84 ni tashkil qiladi.[13] FAM234A oqsili aminokislota ketma-ketligining 49-70 pozitsiyasidan FAM234A da topilgan ikkita trans-membranali mintaqalardan biri bilan o'zaro bog'liq bo'lgan sezilarli hidrofobik mintaqaga ega.[14] FAM234A 3a tipdagi membrana topologiyasiga ega bo'lib, uning trans-membrana mintaqalarini sitozolga qaragan N-terminali ko'rsatib turibdi. Protein ichida joylashgan bo'lishi taxmin qilinmoqda endoplazmatik to'r, uning qismlari endoplazmatik retikulum lümeninde topilgan.[14] Hujayra ichida FAM234A shuningdek lokalizatsiya qilingan ribosomalar va yadro.[15]
Adabiyotlar
- ^ a b v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000167930 - Ansambl, 2017 yil may
- ^ a b v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000024187 - Ansambl, 2017 yil may
- ^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
- ^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
- ^ "Entrez Gen: ITFG3 integratsiyasida alfa FG-GAP takroriy tarkibida 3 mavjud".
- ^ "FAM234A Symbol Report | HUGO Gen Nomenklaturasi Qo'mitasi". www.genenames.org. Olingan 2018-02-20.
- ^ a b v "FAM234A oilasi ketma-ketligi o'xshashligi bilan 234 a'zosi A [Homo sapiens (inson)] - Gen - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2018-02-20.
- ^ "NCBI GENE Ortholog Search".
- ^ "oqsil FAM234A [Homo sapiens] - oqsil - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2018-02-20.
- ^ a b Ma'lumotlar bazasi, GeneCards Inson geni. "FAM234A Gen - GeneCards | F234A Protein | F234A Antikor". www.genecards.org. Olingan 2018-02-20.
- ^ Waye JS, Eng B, Xanna M, Hohenadel BA, Nakamura L, Walker L (may 2017). "90,7 kb o'chirilishi sababli a-talassemiya (- / - NFLD)". Gemoglobin. 41 (3): 218–219. doi:10.1080/03630269.2017.1369987. PMID 28838269. S2CID 205563358.
- ^ Chen Z, Tang H, Qayyum R, Schick UM, Nalls MA, Handsaker R va boshq. (2013 yil iyun). "Afro-amerikaliklarda qizil qon hujayralari xususiyatlarini genom bo'yicha assotsiatsiya tahlili: COGENT tarmog'i". Inson molekulyar genetikasi. 22 (12): 2529–38. doi:10.1093 / hmg / ddt087. PMC 3658166. PMID 23446634.
- ^ "ITFG3 (inson)". www.phosphosite.org. Olingan 2018-05-06.
- ^ a b EMBL-EBI. "SAPS
. www.ebi.ac.uk. Olingan 2018-05-06. - ^ "Hujayra atlasi - FAM234A - Inson oqsili atlasi". www.proteinatlas.org. Olingan 2018-05-06.
Qo'shimcha o'qish
- Flint J, Tomas K, Miklem G, Reynxem X, Klark K, Doggett NA, King A, Xiggs DR (mart 1997). "Xromosomalarning tuzilishi va inson telomerik mintaqasidagi funktsiyasi o'rtasidagi bog'liqlik". Tabiat genetikasi. 15 (3): 252–7. doi:10.1038 / ng0397-252. PMID 9054936. S2CID 20630444.
- Xartli JL, Temple GF, Brasch MA (Noyabr 2000). "In vitro joyga xos rekombinatsiya yordamida DNKni klonlash". Genom tadqiqotlari. 10 (11): 1788–95. doi:10.1101 / gr.143000. PMC 310948. PMID 11076863.
- Daniels RJ, Peden JF, Lloyd C, Xorsli SW, Klark K, Tufarelli C, Kerney L, Buckle VJ, Doggett NA, Flint J, Higgs DR (fevral, 2001). "Inson xromosomasi 16 qisqa qo'lining to'liq izohli 2 Mb terminalining ketma-ketligi, tuzilishi va patologiyasi". Inson molekulyar genetikasi. 10 (4): 339–52. doi:10.1093 / hmg / 10.4.339. PMID 11157797.
- Wiemann S, Arlt D, Huber V, Wellenreuther R, Schleeger S, Mehrle A, Bechtel S, Sauermann M, Korf U, Pepperkok R, Sultmann H, Poustka A (2004 yil oktyabr). "ORFeome'dan biologiyaga: funktsional genomika quvuri". Genom tadqiqotlari. 14 (10B): 2136-44. doi:10.1101 / gr.2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
- Mehrle A, Rozenfelder H, Shupp I, del Val C, Arlt D, Xahne F, Bechtel S, Simpson J, Hofmann O, Hide W, Glatting KH, Huber V, Pepperkok R, Poustka A, Wiemann S (2006 yil yanvar). "2006 yilda LIFEdb ma'lumotlar bazasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 34 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D415-8. doi:10.1093 / nar / gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.