JMJD6 - JMJD6

JMJD6
Mavjud tuzilmalar
PDB	Ortholog qidiruvi: PDBe RCSB
PDB id kodlari ro'yxati
	3K2O, 3LD8, 3LDB
Identifikatorlar
Taxalluslar	JMJD6, PSR, PTDSR, PTDSR1, arginin demetilaza va lizin gidroksilaza, tarkibida 6, jumonji domeni, arginin demetilaza va lizin gidroksilaza
Tashqi identifikatorlar	OMIM: 604914 MGI: 1858910 HomoloGene: 9046 Generkartalar: JMJD6
Gen joylashuvi (odam)
Chr.	17-xromosoma (odam)
Oxiri	76,726,799 bp
Gen joylashuvi (Sichqoncha)
Chr.	Xromosoma 11 (sichqoncha)
Oxiri	116,843,449 bp
RNK ekspressioni naqsh
	; ;
	Qo'shimcha ma'lumotni ifodalash ma'lumotlari
Gen ontologiyasi
Molekulyar funktsiya	• temir ionlari bilan bog'lanish; • oqsilni homodimerizatsiya qilish faoliyati; • dioksigenaza faolligi; • metall ionlari bilan bog'lanish; • giston demetilaza faolligi (o'ziga xos H3-R2); • GO: 0001948 oqsil bilan bog'lanish; • histon demetilaza faolligi (o'ziga xos H4-R3); • bir qatorli RNK bilan bog'lanish; • RNK bilan bog'lanish; • bir xil protein bilan bog'lanish; • oksidoreduktaza faolligi; • peptidil-lizin 5-dioksigenaza faolligi; • giston demetilaza faolligi; • retseptorlari faolligini signalizatsiya qilish; • GO: 0001105 transkripsiya koaktivatori faoliyati; • demetilaza faolligi; • oksidlovchi RNK demetilaza faolligi; • P-TEFb kompleksini bog'lash;
Uyali komponent	• sitozol; • hujayra membranasi; • nukleoplazma; • nukleus; • hujayra yadrosi; • ribonukleoprotein; • sitoplazma;
Biologik jarayon	• apoptotik hujayrani tanib olish; • hujayralarni differentsiatsiyasi; • transkripsiyani tartibga solish, DNK-andozalari; • Timusdagi T hujayralarining differentsiatsiyasi; • buyrak rivojlanishi; • o'pka rivojlanishi; • histon H3-R2 demetilatsiyasi; • mRNKni qayta ishlash; • o'sib chiqqan angiogenez; • mRNK qo'shilishini regulyatsiya qilish, splitseozoma orqali; • transkripsiya, DNK-andozali; • histon H4-R3 demetilatsiyasi; • ko'p hujayrali organizm rivojlanishi; • apoptotik hujayralarni tozalash; • yurak rivojlanishi; • hujayra yuzasi retseptorlari signalizatsiya yo'li; • qon tomirlarining rivojlanishi; • kamera tipidagi ko'zda retinaning rivojlanishi; • RNK qo'shilishi; • makrofagni faollashtirish; • peptidil-lizinni 5-gidroksi-L-lizinga gidroksillashtirish; • oksidlanish-qaytarilish jarayoni; • eritrotsitlarning rivojlanishi; • xromatin moddasi; • transkripsiyaning ijobiy regulyatsiyasi, DNK-andozalari; • oqsil demetilatsiyasi; • oksidlovchi RNK demetilatsiyasi; • RNK polimeraza II promotoridan transkripsiyaning ijobiy regulyatsiyasi; • oqsil gomoligomerizatsiyasi;
	Manbalar:Amigo / QuickGO
Ortologlar
	23210
	107817
	ENSG00000070495
	ENSMUSG00000056962
	Q6NYC1
	9-savol
	NM_001081461; NM_015167
	NM_033398; NM_001363363
	NP_001074930; NP_055982
	NP_203971; NP_001350292
	Vikidata
Insonni ko'rish / tahrirlash	Sichqonchani ko'rish / tahrirlash

Ikki tomonlama arginin demetilaza va lizil-gidroksilaza JMJD6 bu ferment odamlarda kodlanganligi JMJD6 gen.^[5]^[6]

Funktsiya

Ushbu gen yadro oqsilini a bilan kodlaydi JmjC domeni. JmjC domen tarkibidagi oqsillar quyidagilarga tegishli alfa-ketoglutaratga bog'liq gidroksilaza superfamily. Ularning oqsil sifatida ishlashi taxmin qilinmoqda gidroksilazalar yoki histon demetilazlar. Ushbu protein birinchi marta taxminiy deb topildi fosfatidilserin ishtirok etgan retseptorlari fagotsitoz ning apoptotik hujayralar. Keyingi tadqiqotlar shuni ko'rsatadiki, oqsil fosfatidilserin retseptorini tanigan va to'g'ridan-to'g'ri apoptotik hujayralar klirensida ishlamaydigan monoklonal antikor bilan o'zaro ta'sir qilishi mumkin. Ushbu gen uchun turli xil izoformlarni kodlovchi bir nechta transkript variantlari topildi.^[6] Fiziologik darajada JMJD6 angiogenezda, tomirlarning paydo bo'lishida muhim rol o'ynaydi, JMJD6 ning patofiziologik jarayonlardagi keyingi rollari, masalan, sutemizning shish paydo bo'lishida.^[7] Bu erda JMJD6 darajasining yuqori darajasi sichqonlarda agressivlik va metastaz bilan bog'liq ko'krak bezi saratonida topilgan.^[8]

Adabiyotlar

^ ^a ^b ^v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000070495 - Ansambl, 2017 yil may
^ ^a ^b ^v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000056962 - Ansambl, 2017 yil may
^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
^ Vandivier RW, Fadok VA, Hoffmann PR, Bratton DL, Penvari C, Brown Brown, Brain JD, Accurso FJ, Henson PM (mart 2002). "Elastaz vositachiligidagi fosfatidilserin retseptorlari parchalanishi kist fibrozisi va bronxoektazadagi hujayralarning apoptotik klirensini buzadi". Klinik tadqiqotlar jurnali. 109 (5): 661–70. doi:10.1172 / JCI13572. PMC 150889. PMID 11877474.
^ ^a ^b "Entrez Gen: 6 ta JMJD6 jumonji domeni".
^ Boeckel JN, Guarani V, Koyanagi M, Roexe T, Lengeling A, Shermuly RT, Gellert P, Braun T, Zeiher A, Dimmeler S (Fevral 2011). "Jumonji tarkibidagi oqsil 6 (Jmjd6) angiogen unib chiqishi uchun talab qilinadi va VEGF-retseptorlari 1 ning qo'shilishini tartibga soladi". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 108 (8): 3276–81. doi:10.1073 / pnas.1008098108. PMC 3044381. PMID 21300889.
^ Aprelikova O, Chen K, El Touny LH, Brignatz-Guittard C, Xan J, Qiu T, Yang XH, Li MP, Zhu M, Green JE (2016 yil 14-aprel). "JMJD6 epigenetik modifikatori sut bezlari o'smalarida kuchayadi va hujayra transformatsiyasini, o'smaning rivojlanishini va metastazni kuchaytirish uchun c-Myc bilan hamkorlik qiladi". Epigenetika klinikasi. 8 (38): 38. doi:10.1186 / s13148-016-0205-6. PMC 4831179. PMID 27081402.

Qo'shimcha o'qish

Boeckel JN, Guarani V, Koyanagi M, Roexe T, Lengeling A, Shermuly RT, Gellert P, Braun T, Zeiher A, Dimmeler S (Fevral 2011). "Jumonji tarkibidagi oqsil 6 (Jmjd6) angiogen unib chiqishi uchun talab qilinadi va VEGF-retseptorlari 1 ning qo'shilishini tartibga soladi". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 108 (8): 3276–81. doi:10.1073 / pnas.1008098108. PMC 3044381. PMID 21300889.
Webby CJ, Wolf A, Gromak N, Dreger M, Kramer H, Kessler B, Nielsen ML, Shmitz C, Butler DS, Yates JR, Delahunty CM, Hahn P, Lengeling A, Mann M, Proudfoot NJ, Schofield CJ, Bottger A (2009 yil iyul). "Jmjd6 RNK qo'shilishi bilan bog'liq bo'lgan U2AF65 oqsilining lizil-gidroksillanishini katalizlaydi" (PDF). Ilm-fan. 325 (5936): 90–3. doi:10.1126 / science.1175865. hdl:10033/78493. PMID 19574390. S2CID 38938528.
Zaxarova L, Dadsetan S, Fomina AF (oktyabr 2009). "Endogen Jmjd6 geni mahsuloti hujayra yuzasida ifodalanadi va etuk bo'lmagan monotsitga o'xshash faollashtirilgan THP-1 hujayralaridagi fagotsitozni boshqaradi". Uyali fiziologiya jurnali. 221 (1): 84–91. doi:10.1002 / jcp.21829. PMID 19492415. S2CID 12228555.
Hahn P, Böse J, Edler S, Lengeling A (2008). "Jmjd6 ning genomik tuzilishi va ifodasi va oqsillarni o'z ichiga olgan JmjC domeni sharoitida evolyutsion tahlil". BMC Genomics. 9: 293. doi:10.1186/1471-2164-9-293. PMC 2453528. PMID 18564434.
Chang B, Chen Y, Chjao Y, Bruik RK (oktyabr 2007). "JMJD6 - bu histon argininli demetilaza". Ilm-fan. 318 (5849): 444–7. doi:10.1126 / science.1145801. PMID 17947579.
Klose RJ, Kallin EM, Chjan Y (sentyabr 2006). "JmjC-domen tarkibidagi oqsillar va giston demetilatsiyasi". Genetika haqidagi sharhlar. 7 (9): 715–27. doi:10.1038 / nrg1945. PMID 16983801. S2CID 30005607.
Uilyamson P, Schlegel RA (2005). "Yashirish va qidirish: fosfatidilserin retseptorining maxfiy identifikatori". Biologiya jurnali. 3 (4): 14. doi:10.1186 / jbiol14. PMC 549716. PMID 15453906.
Böse J, Gruber AD, Helming L, Shibe S, Wegener I, Hafner M, Beales M, Köntgen F, Lengeling A (2005). "Fosfatidilserin retseptorlari embriogenez jarayonida muhim funktsiyalarga ega, ammo apoptotik hujayralarni olib tashlashda emas". Biologiya jurnali. 3 (4): 15. doi:10.1186 / jbiol10. PMC 549712. PMID 15345036.
Nagase T, Ishikava K, Miyajima N, Tanaka A, Kotani H, Nomura N, Ohara O (fevral 1998). "Insonning noma'lum genlarini kodlash ketma-ketligini prognoz qilish. IX. In vitro katta oqsillarni kodlashi mumkin bo'lgan miyadan 100 ta yangi cDNA klonlarining to'liq ketma-ketliklari". DNK tadqiqotlari. 5 (1): 31–9. doi:10.1093 / dnares / 5.1.31. PMID 9628581.
Fadok VA, Bratton DL, Rose DM, Pearson A, Ezekewitz RA, Henson PM (may 2000). "Apoptotik hujayralarni fosfatidilseringa xos klirensi uchun retseptor". Tabiat. 405 (6782): 85–90. doi:10.1038/35011084. PMID 10811223. S2CID 205006217.
Ajmone-Cat MA, De Simone R, Nikolini A, Minghetti L (2003 yil yanvar). "Fosfatidilserinning p38 mitogen bilan faollashtirilgan oqsil kinaziga, tsiklik AMP ta'sir qiluvchi elementni bog'laydigan oqsilga va dam oladigan va faollashtirilgan mikrogliy hujayralarida yadro omil-kappaB aktivatsiyasiga ta'siri". Neyrokimyo jurnali. 84 (2): 413–6. doi:10.1046 / j.1471-4159.2003.01562.x. PMID 12559004. S2CID 29957905.
Chan A, Seguin R, Magnus T, Papadimitriou C, Toyka KV, Antel JP, Gold R (2003 yil sentyabr). "Apoptotik yallig'lanish hujayralarining mikrogliya bilan fagotsitozi va uning terapevtik oqibatlari: CNS otoimmun yallig'lanishini to'xtatish va interferon-beta bilan modulyatsiya qilish". Glia. 43 (3): 231–42. doi:10.1002 / glia.10258. PMID 12898702. S2CID 9085775.
Vang X, Vu YC, Fadok VA, Li MC, Gengyo-Ando K, Cheng LC, Ledvich D, Xsu PK, Chen JY, Chou BK, Xenson P, Mitani S, Xue D (Noyabr 2003). "CED-5 va CED-12 orqali C. elegans phosphatidylserine retseptorlari vositasida hujayra murdasini yutish". Ilm-fan. 302 (5650): 1563–6. doi:10.1126 / science.1087641. PMID 14645848. S2CID 25672278.
Cui P, Qin B, Liu N, Pan G, Pei D (2004 yil fevral). "Ko'p yadroli lokalizatsiya signallari orqali fosfatidilserin retseptorlari oqsilining yadroviy lokalizatsiyasi". Eksperimental hujayra tadqiqotlari. 293 (1): 154–63. doi:10.1016 / j.yexcr.2003.09.023. PMID 14729065.
Cao WM, Murao K, Imachi H, Hiramine C, Abe H, Yu X, Dobashi H, Vong NC, Takahara J, Ishida T (aprel 2004). "Fosfatidilserin retseptorlari timopik hamshira hujayralari tomonidan apoptotik hujayralarni tanib olishda yuqori zichlikdagi lipoprotein retseptorlari bilan hamkorlik qiladi". Molekulyar endokrinologiya jurnali. 32 (2): 497–505. doi:10.1677 / jme.0.0320497. PMID 15072554.
Cikala M, Alexandrova O, Devid CN, Pröshel M, Stiening B, Kramer P, Bottger A (iyun 2004). "Hydra-dan fosfatidilserin retseptorlari Fe (II) ga bog'liq oksigenaza faolligiga ega bo'lgan yadro oqsilidir". BMC hujayra biologiyasi. 5: 26. doi:10.1186/1471-2121-5-26. PMC 442123. PMID 15193161.
Hong JR, Lin GH, Lin CJ, Vang WP, Li CC, Lin TL, Wu JL (2004 yil noyabr). "Fosfatidilserin retseptorlari o'lik apoptotik hujayralarni yutishi va zebrafishdagi normal embrion rivojlanishi uchun talab qilinadi". Rivojlanish. 131 (21): 5417–27. doi:10.1242 / dev.01409. PMID 15469976.
Köninger J, Balaz P, Vagner M, Shi X, Cima I, Zimmermann A, di Sebastiano P, Büxler MW, Friess H (2005 yil yanvar). "Surunkali pankreatitda fosfatidilserin retseptorlari: makrofagning mustaqil rolini tasdiqlovchi dalil". Jarrohlik yilnomalari. 241 (1): 144–51. doi:10.1097 / 01.sla.0000149304.89456.5a. PMC 1356857. PMID 15622002.

Ushbu maqola gen kuni inson xromosomasi 17 a naycha. Siz Vikipediyaga yordam berishingiz mumkin uni kengaytirish.

[refGRCh38Ensembl-1] v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000070495 - Ansambl, 2017 yil may

[refGRCm38Ensembl-2] v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000056962 - Ansambl, 2017 yil may

[3] "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.

[4] "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.

[pmid11877474-5] Vandivier RW, Fadok VA, Hoffmann PR, Bratton DL, Penvari C, Brown Brown, Brain JD, Accurso FJ, Henson PM (mart 2002). "Elastaz vositachiligidagi fosfatidilserin retseptorlari parchalanishi kist fibrozisi va bronxoektazadagi hujayralarning apoptotik klirensini buzadi". Klinik tadqiqotlar jurnali. 109 (5): 661–70. doi:10.1172 / JCI13572. PMC 150889. PMID 11877474.

[entrez-6] "Entrez Gen: 6 ta JMJD6 jumonji domeni".

[7] Boeckel JN, Guarani V, Koyanagi M, Roexe T, Lengeling A, Shermuly RT, Gellert P, Braun T, Zeiher A, Dimmeler S (Fevral 2011). "Jumonji tarkibidagi oqsil 6 (Jmjd6) angiogen unib chiqishi uchun talab qilinadi va VEGF-retseptorlari 1 ning qo'shilishini tartibga soladi". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 108 (8): 3276–81. doi:10.1073 / pnas.1008098108. PMC 3044381. PMID 21300889.

[aprelikova-8] Aprelikova O, Chen K, El Touny LH, Brignatz-Guittard C, Xan J, Qiu T, Yang XH, Li MP, Zhu M, Green JE (2016 yil 14-aprel). "JMJD6 epigenetik modifikatori sut bezlari o'smalarida kuchayadi va hujayra transformatsiyasini, o'smaning rivojlanishini va metastazni kuchaytirish uchun c-Myc bilan hamkorlik qiladi". Epigenetika klinikasi. 8 (38): 38. doi:10.1186 / s13148-016-0205-6. PMC 4831179. PMID 27081402.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

Oksidoreduktazalar: dioksigenazlar, shu jumladan steroid gidroksilazalar (EC 1.14)
1.14.11: 2-oksoglutarat	Prolil gidroksilaza HIF proil-gidroksilaza EGLN1 EGLN2 EGLN3 P4HTM Lisil gidroksilaza
1.14.13: NADH yoki NADPH	Flavin tarkibidagi monooksigenaza FMO1 FMO2 FMO3 FMO4 FMO5 Azot oksidi sintezi NOS1 NOS2 NOS3 Xolesterol 7 alfa-gidroksilaza Metan monooksigenaza 3A4 14a-demetilaza 24-gidroksixolesterol 7a-gidroksilaza
1.14.14: kamaytirilgan flavin yoki flavoprotein	19A1 2D6 2E1
1.14.15: kamaytirilgan temir-oltingugurt oqsili	11B1 11B2 11A1
1.14.16: kamaytirilgan pteridin (BH4 ga bog'liq )	Fenilalanin gidroksilaza Tirozin gidroksilaza Triptofan gidroksilaza
1.14.17: kamaytirilgan askorbat	Dopamin beta-gidroksilaza
1.14.18 -19: boshqa	Tirozinaza Stearoyl-CoA desaturaza-1
1.14.99 - turli xil	Siklooksigenaza Geme oksigenaz (HMOX1 ) Skvalen monooksigenaza 17A1 21A2 Ekdizon 20-monooksigenaza

Fermentlar
Faoliyat	Faol sayt Majburiy sayt Katalitik uchlik Oksiyon teshigi Fermentlarning buzilishi Katalitik jihatdan mukammal ferment Koenzim Kofaktor Ferment katalizi
Tartibga solish	Allosterik regulyatsiya Hamkorlik Ferment inhibitori Ferment aktivatori
Tasnifi	EC raqami Superfamily ferment Fermentlar oilasi Fermentlar ro'yxati
Kinetika	Fermentlar kinetikasi Eadi-Xofsti diagrammasi Xanlar-Vulf fitnasi Lineweaver - Burk fitnasi Michaelis-Menten kinetikasi
Turlari	EC1 Oksidoreduktazalar (ro'yxat ) EC2 Transferazalar (ro'yxat ) EC3 Gidrolazalar (ro'yxat ) EC4 Lizalar (ro'yxat ) EC5 Izomerazalar (ro'yxat ) EC6 Ligazlar (ro'yxat ) EC7 Translokaza (ro'yxat )