KDM1A - KDM1A

Buni chalkashtirib yubormaslik kerak LSD yoki Lizerjik kislota dietilamid.
KDM1A
Mavjud tuzilmalar
PDBOrtholog qidiruvi: PDBe RCSB
Identifikatorlar
TaxalluslarKDM1A, AOF2, BHC110, KDM1, LSD1, CPRF, lizin demetilaza 1A
Tashqi identifikatorlarOMIM: 609132 MGI: 1196256 HomoloGene: 32240 Generkartalar: KDM1A
Gen joylashuvi (odam)
Xromosoma 1 (odam)
Chr.Xromosoma 1 (odam)[1]
Xromosoma 1 (odam)
KDM1A uchun genomik joylashuv
KDM1A uchun genomik joylashuv
Band1p36.12Boshlang23,019,443 bp[1]
Oxiri23,083,689 bp[1]
Ortologlar
TurlarInsonSichqoncha
Entrez

23028

99982

Ansambl

ENSG00000004487

ENSMUSG00000036940

UniProt

O60341

Q6ZQ88

RefSeq (mRNA)

NM_001009999
NM_015013
NM_001363654

NM_133872
NM_001347221
NM_001356567

RefSeq (oqsil)

NP_001009999
NP_055828
NP_001350583

NP_001334150
NP_598633
NP_001343496

Joylashuv (UCSC)Chr 1: 23.02 - 23.08 MbChr 4: 136.55 - 136.6 Mb
PubMed qidirmoq[3][4]
Vikidata
Insonni ko'rish / tahrirlashSichqonchani ko'rish / tahrirlash

Lizinga xos histon demetilaza 1A (LSD1) sifatida ham tanilgan lizin (K) - o'ziga xos demetilaza 1A (KDM1A) bu a oqsil KDM1A tomonidan kodlangan odamlarda gen.[5] LSD1 - bu a flavin - mustaqil monoamin oksidaz, mumkin demetilat mono va di-metillangan lizinlar, xususan histon 3, 4 va 9 lizinlar (H3K4 va H3K9).[6] Ushbu ferment muhim rol o'ynashi mumkin embriogenez va to'qimalarga xos farqlash, shuningdek, oosit o'sishi.[7] KDM1A 30 dan oshiqroq tavsiflangan bo'lsa-da, kashf etilgan birinchi histon demetilaza edi.[8]

Tuzilishi

Ushbu gen SWIRM domenini o'z ichiga olgan yadro oqsilini kodlaydi, a FAD - bog'lash motifi va amin oksidaza domen. Ushbu protein bir nechta tarkibiy qismdir giston deatsetilaza komplekslar, garchi u histon demetilaza sifatida ishlash orqali genlarni susaytiradi.

Funktsiya

LSD1 (lizinga xos demetilaza 1), shuningdek KDM1 deb nomlanuvchi, bir nechta oqsillardan birinchisi lizin topilgan demetilazlar. FADga bog'liq bo'lgan oksidlanish reaktsiyasi orqali LSD1 giston H3K4me2 ni maxsus ravishda yo'q qiladi H3K4me1 yoki H3K4me0. Bilan kompleks hosil qilganda androgen retseptorlari (va ehtimol boshqa) yadro gormoni retseptorlari ), LSD1 substratlarini H3K9me2 ga o'zgartiradi. Endi ma'lum bo'lgan LSD1 kompleksi muvofiqlashtirilgan vositachilik qiladi histon fermentativ faollik orqali modifikatsiyalash kaliti, shuningdek kompleksdagi giston modifikatsiyasini o'qiydiganlar.

KDM1A genining funktsiyasi mustaqil tekshiruv asosida siRNA nokdaun bilan samarali tekshirilishi mumkin.[9]

O'zaro aloqalar

KDM1A demetilatsiya faoliyati uchun zarur bo'lishi mumkin bo'lgan juda ko'p turli xil majburiy sheriklarga ega.[10] O'tkir miyeloid leykemiyada (AML) GFI1B kasallikning tarqalishi uchun zarur bo'lgan KDM1A bilan o'zaro aloqani saqlab turishi aniq ko'rsatildi.[11]

Klinik ahamiyati

KDM1A muhim rol o'ynaydi epigenetik sperma va tuxum zigota hosil qilish uchun birlashganda paydo bo'ladigan "qayta dasturlash".[12][13] KDM1A uchun genni yo'q qilish o'sishi va differentsiatsiyasiga ta'sir qilishi mumkin embrional ildiz hujayralari.[14] Sichqoncha embrionlarini yo'q qilish o'limga olib keladi; embrionlar 7.5-kundan keyin rivojlanmaydi.[15][16] KDM1A saraton kasalligida ham rol o'ynaydi deb o'ylashadi, chunki kambag'al natijalar ushbu genning yuqori ekspresiyasi bilan bog'liq bo'lishi mumkin.[17][18] Shuning uchun KDM1A ning inhibatsiyasi saraton kasalligini davolash mumkin bo'lishi mumkin.[19][20][21][22]

Mutatsiyalar

KDM1A ga tegishli bo'lgan yangi mutatsiyalar uchta bemorda qayd etilgan, ularning har biri rivojlanishning sustlashishi qisman mutatsiyalarga bog'liq deb hisoblanadi.[23][24] Barcha hujjatlashtirilgan mutatsiyalar missense almashtirishlaridir.[25][26][27] Zarar ko'rgan oilalardan biri bundan keyingi holatlarni aniqlash maqsadida jamoat veb-saytini yaratdi.[28]

Shuningdek qarang

Adabiyotlar

  1. ^ a b v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000004487 - Ansambl, 2017 yil may
  2. ^ a b v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000036940 - Ansambl, 2017 yil may
  3. ^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
  4. ^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
  5. ^ "Entrez Gen: Lisin (K) o'ziga xos demetilaza 1A".
  6. ^ Rudolph T, Beuch S, Reuter G (avgust 2013). "Lizinga xos histon demetilaza LSD1 va xromatinning dinamik boshqaruvi". (ko'rib chiqish). Biologik kimyo. 394 (8): 1019–28. doi:10.1515 / hsz-2013-0119. PMID  23612539.
  7. ^ Pedersen MT, Helin K (2010 yil noyabr). "Rivojlanish va kasallikdagi histon demetilazlari". (ko'rib chiqish). Hujayra biologiyasining tendentsiyalari. 20 (11): 662–71. doi:10.1016 / j.tcb.2010.08.011. PMID  20863703.
  8. ^ Shi Y, Lan F, Matson C, Mulligan P, Uhetstin JR, Koul PA, Casero RA, Shi Y (dekabr 2004). "LSD1 yadroli amin oksidaz homolog vositachiligida giston demetilatsiyasi". Hujayra. 119 (7): 941–53. doi:10.1016 / j.cell.2004.12.012. PMID  15620353.
  9. ^ Munkachsi G, Sztupinski Z, Xerman P, Ban B, Penzvalto Z, Szarvas N, Dyurfi B (sentyabr 2016). "Gen massivi ma'lumotlaridan foydalangan holda RNAi sukunat samaradorligini tasdiqlash 429 ta mustaqil tajribada 18,5% muvaffaqiyatsizlik darajasini ko'rsatadi". Molekulyar terapiya. Nuklein kislotalari. 5 (9): e366. doi:10.1038 / mtna.2016.66. PMC  5056990. PMID  27673562.
  10. ^ Vang Y, Chjan X, Chen Y, Sun Y, Yang F, Yu V, Liang J, Sun L, Yang X, Shi L, Li R, Li Y, Chjan Y, Li Q, Yi X, Shan Y (avgust 2009 ). "LSD1 - bu NuRD kompleksining tarkibiy bo'linmasi va ko'krak bezi saratonida metastaz dasturlarini maqsad qiladi". Hujayra. 138 (4): 660–72. doi:10.1016 / j.cell.2009.05.050. PMID  19703393.
  11. ^ Vinyard ME, Su C, Siegenfeld AP, Waterbury AL, Freedy AM, Gosavi PM, Park Y, Kwan EE, Senzer BD, Doench JG, Bauer DE, Pinello L, Liau BB (may, 2019). "CRISPR-supressorni skanerlash LSD1 ning AMLda ferment bo'lmagan rolini ochib beradi". Tabiat kimyoviy biologiyasi. 15 (5): 529–539. doi:10.1038 / s41589-019-0263-0. PMID  30992567.
  12. ^ Ancelin K, Syx L, Borensztein M, Ranisavljevich N, Vassilev I, Briseño-Roa L, Liu T, Metzger E, Servant N, Barillot E, Chen CJ, Schüle R, Heard E (2016-02-02). "Onalik LSD1 / KDM1A - zigotik genomni faollashtirish paytida xromatin va transkripsiya landshaftlarining muhim regulyatori". eLife. 5. doi:10.7554 / eLife.08851. PMC  4829419. PMID  26836306.
  13. ^ "Embrional qayta dasturlashda buzilishlar kattalar sichqonining harakatini o'zgartiradi". phys.org. Olingan 2016-06-01.
  14. ^ Amente S, Lania L, Majello B (oktyabr 2013). "Stemness va saraton transkripsiyasi dasturlarida histon LSD1 demetilaza". Biochimica et Biofhysica Acta (BBA) - Genlarni tartibga solish mexanizmlari. 1829 (10): 981–6. doi:10.1016 / j.bbagrm.2013.05.002. PMID  23684752.
  15. ^ Vang J, Xevi S, Kurash JK, Ley X, Gay F, Bajko J, Su H, Sun V, Chang X, Xu G, Gaudet F, Li E, Chen T (yanvar 2009). "LSD1 (KDM1) lizin demetilazasi global DNK metilatsiyasini ta'minlash uchun talab qilinadi". Tabiat genetikasi. 41 (1): 125–9. doi:10.1038 / ng.268. PMID  19098913.
  16. ^ Vang J, Scully K, Zhu X, Cai L, Zhang J, Prefontaine GG, Krones A, Ohgi KA, Zhu P, Garcia-Bassets I, Liu F, Taylor H, Lozach J, Jayes FL, Korach KS, Glass CK, Fu XD, Rozenfeld MG (2007 yil aprel). "Rivojlanish genlarini faollashtirish va repressiya dasturlarida qarama-qarshi LSD1 komplekslari ishlaydi". Tabiat. 446 (7138): 882–7. doi:10.1038 / nature05671. PMID  17392792.
  17. ^ Kahl P, Gullotti L, Heukamp LC, Wolf S, Fridrixs N, Vorreuther R, Solleder G, Bastian PJ, Ellinger J, Metzger E, Schüle R, Buettner R (2006 yil dekabr). "Androgen retseptorlari koaktivatorlari lizinga xos histon demetilaza 1 va to'rt yarim LIM domen oqsili 2 prostata bezi saratoni takrorlanish xavfini bashorat qilmoqda". Saraton kasalligini o'rganish. 66 (23): 11341–7. doi:10.1158 / 0008-5472. CAN-06-1570. PMID  17145880.
  18. ^ Lim S, Janzer A, Bekker A, Zimmer A, Shyule R, Buettner R, Kirfel J (mart 2010). "Lizinga xos demetilaza 1 (LSD1) ko'krak bezi saratoni va agressiv biologiyani bashorat qiluvchi biomarkerda yuqori darajada namoyon bo'ladi". Kanserogenez. 31 (3): 512–20. doi:10.1093 / karsin / bgp324. PMID  20042638.
  19. ^ Stavropoulos P, Hoelz A (iyun 2007). "Lizinga xos demetilaza 1 potentsial terapevtik maqsad sifatida". (ko'rib chiqish). Terapevtik maqsadlar bo'yicha mutaxassislarning fikri. 11 (6): 809–20. doi:10.1517/14728222.11.6.809. PMID  17504018.
  20. ^ Chen Y, Jie V, Yan V, Chjou K, Xiao Y (2012). "Lizinga xos histon demetilaza 1 (LSD1): o'simta terapiyasi uchun potentsial molekulyar nishon". (ko'rib chiqish). Eukaryotik gen ekspressionidagi tanqidiy sharhlar. 22 (1): 53–9. doi:10.1615 / critreveukargeneexpr.v22.i1.40. PMID  22339659.
  21. ^ Crea F, Sun L, May A, Chiang YT, Farrar WL, Danesi R, Helgason CD (2012). "Prostata bezi saratonida giston lizin demetilazalarining paydo bo'ladigan roli". (ko'rib chiqish). Molekulyar saraton. 11: 52. doi:10.1186/1476-4598-11-52. PMC  3441810. PMID  22867098.
  22. ^ Lynch JT, Xarris VJ, Somervaille TC (dekabr 2012). "LSD1 inhibisyonu: saraton kasalligida terapevtik strategiya?". (ko'rib chiqish). Terapevtik maqsadlar bo'yicha mutaxassislarning fikri. 16 (12): 1239–49. doi:10.1517/14728222.2012.722206. PMID  22957941.
  23. ^ "Genetik pichan ichidagi igna: yangi UW veb-sayti oilalarga, olimlarga qanday yordam beradi". Sietl Tayms. 2016-05-07. Olingan 2016-05-27.
  24. ^ "Kamdan kam genetik sharoitlar bilan ajralib turadigan oilalar uchun umid uchqunlari". KQED sizning kelajagingiz. Olingan 2016-06-01.
  25. ^ Tunovich S, Barkovich J, Sherr EH, Slavotinek AM (iyul 2014). "KBG sindromi va Kabuki sindromi xususiyatlariga ega bo'lgan erkaklarda De novo ANKRD11 va KDM1A gen mutatsiyalari". Amerika tibbiyot genetikasi jurnali. A qism. 164A (7): 1744–9. doi:10.1002 / ajmg.a.36450. PMID  24838796.
  26. ^ Chong JX, Yu JH, Lorentzen P, Park KM, Jamal SM, Tabor HK, Rauch A, Saenz MS, Boltshauser E, Patterson KE, Nickerson DA, Bamshad MJ (avgust 2016). "Ijtimoiy tarmoq orqali Mendeliya sharoitlari uchun gen kashfiyoti: KDM1A-dagi novo-variantlar rivojlanishning sustlashishiga va yuzning o'ziga xos xususiyatlariga sabab bo'ladi". Tibbiyotdagi genetika. 18 (8): 788–95. doi:10.1038 / gim.2015.161. PMC  4902791. PMID  26656649.
  27. ^ Pilotto S, Speranzini V, Marabelli C, Rusconi F, Toffolo E, Grillo B, Battaglioli E, Mattevi A (2016 yil aprel). "Intellektual nogironlikning yangi tavsiflangan shakli bilan bog'liq LSD1 / KDM1A mutatsiyalari demetilaza faolligini pasaytiradi va transkripsiya omillari bilan bog'lanadi". Inson molekulyar genetikasi. 25 (12): 2578–2587. doi:10.1093 / hmg / ddw120. PMID  27094131.
  28. ^ "Miloning sayohati".

Tashqi havolalar

Ushbu maqolada Amerika Qo'shma Shtatlarining Milliy tibbiyot kutubxonasi ichida joylashgan jamoat mulki.