MyGrid - MyGrid

myGrid konsortsiumi
Shakllanish2001
Turielektron fan tashkilot
MaqsadOlimlar uchun dasturiy vositalarni ishlab chiqish
Manzil
Kerol Gobl
Veb-saytwww.mygrid.org.uk

The myGrid konsortsium "elektron olimlarga ilm-fanni rivojlantirishda va olimlar bilan aloqada bo'lishlarida yordam berish" uchun mo'ljallangan asboblar to'plamini ishlab chiqaradi va foydalanadi. Asboblar yaratilishini qo'llab-quvvatlaydi elektron laboratoriyalar va turli xil domenlarda ishlatilgan tizimlar biologiyasi, ijtimoiy fan, musiqa, astronomiya,[1] multimedia va kimyo.[2][3]

Konsortsium rahbarlik qiladi Kerol Gobl Kompyuter fanlari kafedrasi Manchester universiteti, Buyuk Britaniya.

MyGrid tomonidan ishlab chiqarilgan va foydalaniladigan vositalar

MyGrid konsortsiumi tomonidan ishlab chiqilgan vositalarga quyidagilar kiradi.

  • The Taverna dastgohi loyihalashtirish, tahrirlash va bajarish uchun ilmiy ish oqimlari[4][5][6]
  • myExperiment ish oqimlari va tegishli ma'lumotlarni almashish uchun[7]
  • BioKatalog ning davlat reestri Veb-xizmatlar hayot olimlari uchun[8]
  • Izlang[9][10] SysModb: Mikroorganizmlar tizimlari biologiyasi ma'lumotlar bazasi bilan hamkorlikda ishlab chiqarilgan[11][12] Tizimlar biologiyasidan ma'lumotlar, modellar va jarayonlarni topish, almashish va almashish
  • MethodBox[13][14] Ma'lumotlar to'plamlarini ko'rib chiqing va bilimlaringizni o'rtoqlashing.
  • O'ng maydon[15][16] Elektron jadvallarga ontologik izoh qo'shish orqali ma'lumotlaringizning ma'nosini baham ko'rish
  • Buyrak va siydik yo'llari uchun ma'lumotlar bazasi (KUPKB)[17][18][19]
  • Ever uchun ish oqimlari (wf4ever)[20][21] Ilmiy ish oqimini saqlash

Tarix

Konsortsium uchta alohida bosqichga ega:

1-bosqich

Konsortsium 2001 yilda tashkil topgan bo'lib, Universitetlardagi hamkorlarni birlashtirgan "Manchester", Sautgempton, Nyukasl, Nottingem va Sheffild, The Evropa molekulyar biologiya laboratoriyasi -Evropa bioinformatika instituti[22] (EMBL-EBI) Kembrijda va sanoat sheriklari GlaxoSmithKline, Merck KGaA, AstraZeneca, Quyosh mikrosistemalari, IBM, GeneticXchange, Epistemics and Cerebra, (avval Tarmoq xulosasi). Buyuk Britaniya Muhandislik va fizika fanlari tadqiqot kengashi loyihaning birinchi bosqichini 3,5 million funt sterling bilan moliyalashtirdi.[23]

Hozirgi kungacha, Tarmoq rivojlanish global ilmiy hamjamiyatning ma'lumotlari va vositalarini yuqori samarali muhitda foydalanishlari uchun zarur bo'lgan saqlash, hisoblash va resurslarni boshqarishning asosiy masalalariga qaratilgan. Biroq, e-Science nuqtai nazaridan Gridning maqsadi geografik jihatdan taqsimlangan olimlarga tadqiqot maqsadlariga yanada samarali erishishga imkon beradigan hamkorlik va qo'llab-quvvatlovchi muhitni ta'minlashdir. MyGrid mavjud taqsimlangan resurslardan foydalanishda olimlarni qo'llab-quvvatlaydigan mavjud Grid infratuzilmasi ustida yuqori darajadagi funktsiyalarni ishlab chiqadi, ishlab chiqadi va namoyish etadi.

Loyiha an elektron fan dastgoh chaqirildi Taverna[4][5][6] qo'llab-quvvatlaydigan:

  • eksperimental tekshirishning ilmiy jarayoni, dalillarni to'plash va natijalarni assimilyatsiya qilish;
  • olimning jamiyat ma'lumotlaridan foydalanishi; va
  • ilmiy hamkorlik, dinamik guruhlarga kelib chiqadigan tadqiqot muammolarini hal qilishga imkon beradi.

MyGrid loyihasi ham rivojlandi myExperiment Tavernadan va boshqa ilmiy ish oqimlarini baham ko'rishga ruxsat berish Ilmiy ish oqimlari tizimlari.

Taverna ishchi dastgohi resurslarni tanlash, ma'lumotlarni boshqarish va jarayonlarni tatbiq etish bilan bog'liq shaxsiylashtirish imkoniyatlarini taqdim etish orqali alohida olimlarni qo'llab-quvvatlaydi. Loyihalash va ishlab chiqish faoliyati ko'plab tarqatiladigan jamoatchilik bilan ajralib turadigan bioinformatikadagi muammolar yordamida xabardor qilinadi va baholanadi. myGrid ikkita amaliy muhitni ishlab chiqadi, ulardan biri individual olimlarni funktsional tahlil qilishda qo'llab-quvvatlaydi genomik ma'lumotlar va naqsh izohini qo'llab-quvvatlaydigan boshqa narsa ma'lumotlar bazasi. Ushbu ikkala vazifa ilmiy jarayonlarni aniq aks ettirish va kuchga kiritishni talab qiladi va ishlashning qiyin talablariga ega.

2-bosqich

2006 yildan 2009 yilgacha bo'lgan 2-bosqichda konsortsium 2 million funt evaziga moliyalashtiriladi[24] qismi sifatida O'rta dasturiy ta'minot infratuzilmasi instituti. Konsortsiumning a'zoligi Manchester universiteti va EMBL-EBI.

3 bosqich

2008 yil dekabrda Buyuk Britaniyaning Muhandislik va fizika fanlari tadqiqot kengashi jamoaning yangilangan grant taklifini ma'qulladi. Grant 1,15 million funt sterlingga mo'ljallangan[25] va 2009 yil yanvar oyida boshlangan. 3-bosqich uchun myGrid jamoasi a'zolari quyidagilar Manchester universiteti va Sauthempton universiteti. Loyiha 4 ta mavzu bo'yicha tashkil etilgan: elektron fan uchun bilimlarni boshqarish, elektron laboratoriyalarda metamalumotlarni boshqarish, ilmiy oqimlarni loyihalash, boshqarish va rasmiylashtirish va elektron olimlar uchun ijtimoiy hisoblash. Ijtimoiy hisoblash mavzusi atrofga yo'naltirilgan myExperiment[7] Virtual tadqiqot muhiti (VRE) ijtimoiy kuratsiya va ilmiy almashish uchun Tadqiqot ob'ektlari.

Adabiyotlar

  1. ^ Hook, R. N .; Romaniello, M .; Ullgren, M .; Jarvelaynen, P .; Maysala, S .; Oittinen, T .; Savolainen, V .; Solin, O .; Tyynelä, J .; Peron, M .; Izzo, C .; Licha, T. (2008). "ESO Reflex: Retseptlarni ishlatish uchun grafik ish mexanizmi". 2007 yil ESO asboblarini kalibrlash bo'yicha seminar. ESO Astrofizika simpoziumi Evropa janubiy rasadxonasi. p. 169. doi:10.1007/978-3-540-76963-7_23. ISBN  978-3-540-76962-0.
  2. ^ Stivens, R. D.; Robinson, A. J .; Gobl, C. A. (2003). "MyGrid: Axborot tarmog'idagi shaxsiylashtirilgan bioinformatika". Bioinformatika. 19: i302 – i304. doi:10.1093 / bioinformatika / btg1041. PMID  12855473.
  3. ^ Stivens, R. D.; Tipni, H. J .; Vro, C. J .; Oinn, T. M.; Senger, M.; Lord, P. V.; Gobl, C. A.; Guruch, A.; Tassabehji, M. (2004). "MyGrid yordamida Uilyams-Buren sindromini o'rganish". Bioinformatika. 20: i303 – i310. doi:10.1093 / bioinformatika / bth944. PMID  15262813.
  4. ^ a b Xall, D .; Volstenkroft, K .; Stivens, R.; Gobl, C. A.; Pokok, M. R .; Lab.; Oinn, T. (2006). "Taverna: xizmatlarning oqimlarini yaratish va boshqarish vositasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 34 (Veb-server muammosi): W729-W732. doi:10.1093 / nar / gkl320. PMC  1538887. PMID  16845108. ochiq kirish
  5. ^ a b Oinn, T .; Grinvud, M.; Addis, M .; Alpdemir, M. N .; Ferris, J .; Glover, K .; Gobl, S; Goderis, A .; Xall, D .; Marvin, D .; Lab.; Lord, P.; Pokok, M. R .; Senger, M.; Stivens, R .; Vipat, A .; Wroe, C. (2006). "Taverna: hayot fanlari uchun ish muhitini yaratish bo'yicha darslar" (PDF). Muvofiqlik va hisoblash: Amaliyot va tajriba. 18 (10): 1067–1100. doi:10.1002 / cpe.993. S2CID  10219281.
  6. ^ a b Oinn, T .; Lab.; Kell, D. B.; Gobl, C. A.; Goderis, A .; Grinvud, M.; Xall, D .; Stivens, R.; Turi, D.; Zhao, J. (2007). "Taverna / myGrid: Ish oqimlari tizimini hayot fanlari hamjamiyatiga moslashtirish". Elektron fan uchun ish oqimlari. 300-319 betlar. doi:10.1007/978-1-84628-757-2_19. ISBN  978-1-84628-519-6.
  7. ^ a b Gobl, C. A.; Bhagat, J .; Aleksejevlar, S .; Kruikshank, D.; Mayklides, D .; Nyuman, D.; Borkum, M.; Bechhofer, S .; Roos, M .; Lab.; De Roure, D. (2010). "MyExperiment: bioinformatika ish oqimlarini almashish uchun ombor va ijtimoiy tarmoq". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 38 (Veb-server muammosi): W677-W682. doi:10.1093 / nar / gkq429. PMC  2896080. PMID  20501605.
  8. ^ Bhagat, J .; Tanoh, F.; Nzuobontane, E .; Loran, T .; Orlowski, J .; Roos, M .; Volstenkroft, K .; Aleksejevlar, S .; Stivens, R .; Pettifer, S .; Lopez, R .; Goble, C. A. (2010). "BioCatalogue: hayot fanlari uchun veb-xizmatlarning universal katalogi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 38 (Veb-server muammosi): W689-W694. doi:10.1093 / nar / gkq394. PMC  2896129. PMID  20484378.
  9. ^ Volstenkroft, K .; Ouen, S .; Du Priz, F.; Krebs, O .; Myuller, V.; Gobl, S; Snoep, J. L. (2011). "Izlash". Tizimlar biologiyasidagi metodlar. Enzimologiyadagi usullar. 500. 629–655 betlar. doi:10.1016 / B978-0-12-385118-5.00029-3. ISBN  9780123851185. PMID  21943917.
  10. ^ "Ilm izlang | Tizimlar biologiyasidagi ma'lumotlar, modellar va jarayonlarni topish, almashish va almashish uchun". Olingan 2012-06-21.
  11. ^ Booth, I. R. (2007). "SysMO: kelajakka qaytish". Tabiat sharhlari Mikrobiologiya. 5 (8): 566. doi:10.1038 / nrmicro1719. PMID  17632975.
  12. ^ "Haqida | SysMO-DB". Olingan 2012-06-21.
  13. ^ Thew, S .; Jarvis, P .; Ensvort, J .; Buchan, I. (2010). "Semirib ketish atlasi va uslublar qutisi: sog'liqni saqlash bo'yicha razvedka ish oqimlarini almashish uchun ochiq asosga". Sog'liqni saqlash texnologiyalari va informatika bo'yicha tadqiqotlar. 160 (Pt 1): 496-500. PMID  20841736.
  14. ^ "MethodBox Home". Arxivlandi asl nusxasi 2011-09-18. Olingan 2012-06-21.
  15. ^ Volstenkroft, K .; Ouen, S .; Xorridj, M .; Krebs, O .; Myuller, V.; Snoep, J. L .; Du Priz, F.; Gobl, S (2011). "RightField: elektron jadvallarga ontologiya izohini kiritish". Bioinformatika. 27 (14): 2021–2022. doi:10.1093 / bioinformatika / btr312. PMID  21622664.
  16. ^ "RightField.org.uk | SysMO-DB". Olingan 2012-06-21.
  17. ^ Klayn, J .; Yupp, S .; Moulos, P .; Fernandez, M.; Buffin-Meyer, B.; Casemayou, A .; Chaaya, R .; Charonis, A .; Baskandlar, J. -L .; Stivens, R .; Schanstra, J. P. (2012). "KUPKB: buyrak kasalligi to'g'risida multiomik ma'lumotlarga kirish uchun yangi veb-dastur". FASEB jurnali. 26 (5): 2145–2153. doi:10.1096 / fj.11-194381. PMID  22345404.
  18. ^ Yupp, S .; Klayn, J .; Shanstra, J .; Stivens, R. (2011). "Buyrak va siydik yo'llarining bilim bazasini rivojlantirish". Biomedikal semantika jurnali. 2: S7. doi:10.1186 / 2041-1480-2-S2-S7. PMC  3102896. PMID  21624162.
  19. ^ "Buyrak va siydik yo'llarini bilish bazasi". Olingan 2012-06-21.
  20. ^ "Uy - wf4ever". Olingan 2012-06-21.
  21. ^ Bechhofer, S .; Buchan, I .; De Roure, D.; Missier, P .; Ensvort, J .; Bhagat, J .; Divan, P .; Kruikshank, D.; Delderfild, M.; Dunlop, I .; Gamble, M.; Mayklides, D .; Ouen, S .; Nyuman, D.; So'fiy S .; Gobl, C. (2011). "Nima uchun bog'langan ma'lumotlar olimlar uchun etarli emas" (PDF). Kelajak avlodlari uchun kompyuter tizimlari. 29 (2): 599. doi:10.1016 / j.future.2011.08.004. S2CID  16783450.
  22. ^ "EBI-dagi myGrid loyihasi". Arxivlandi asl nusxasi 2012-06-20.
  23. ^ "myGrid: E-Scientist GR / R67743 / 01-ni bevosita qo'llab-quvvatlash". Olingan 2012-06-20.
  24. ^ "myGrid: OMII-UK tuguni (mymes: e-Scientists uchun myGrid qidiruv dasturi) EP / D044324 / 1". Olingan 2012-06-20.
  25. ^ "myGrid: EP / G026238 / 1 elektron biologiyasini yangilash uchun platforma". Olingan 2012-06-20.