NBPF15 - NBPF15

NBPF15
Identifikatorlar
TaxalluslarNBPF15, AB14, AG3, NBPF16, neyroblastoma sindirish nuqtasi oila a'zosi 15, NBPF a'zosi 15, MGC8902
Tashqi identifikatorlarOMIM: 610414, 614005 HomoloGene: 41035 Generkartalar: NBPF15
Gen joylashuvi (odam)
Xromosoma 1 (odam)
Chr.Xromosoma 1 (odam)[1]
Xromosoma 1 (odam)
NBPF15 uchun genomik joylashuv
NBPF15 uchun genomik joylashuv
Band1q21.1Boshlang144,421,386 bp[1]
Oxiri144,461,674 bp[1]
Ortologlar
TurlarInsonSichqoncha
Entrez

284565

n / a

Ansambl

ENSG00000266338

n / a

UniProt

Q8N660

n / a

RefSeq (mRNA)

NM_001102663
NM_001170755
NM_173638

n / a

RefSeq (oqsil)

NP_001164226
NP_775909

n / a

Joylashuv (UCSC)Chr 1: 144.42 - 144.46 Mbn / a
PubMed qidirmoq[2]n / a
Vikidata
Insonni ko'rish / tahrirlash

Neyroblastoma sindromi oilasi, 15 a'zosi, shuningdek, nomi bilan tanilgan NBPF15, a oqsil odamlarda bu kodlangan NBPF15 gen.[3] Genning uzunligi 18762 bp.ni tashkil qiladi mRNA ya'ni 3837 ot kuchiga teng. Gen 1q21.1 xromosomasida joylashgan. Uning pastki hujayrali joylashuvi yadro va sitoplazma.[4] Unda ma'lum bo'lgan narsa mavjud NBPFni takrorlash, bu ikkiexon NBPF genlar oilasining barcha 21 a'zolariga xos bo'lgan ketma-ketlik. Takrorlash ajdodlarning ekzoni deb hisoblanadi va NBPF oilasi primat evolyutsiyasi bilan bog'liq.[5]

Funktsiya

NBPF16 funktsiyasi to'liq tushunilmagan. Bu mumkin bo'lgan rollar bilan bog'liq bo'lgan NBPF oqsillari oilasining a'zosi onkogenez va o'smani bostiruvchi genlar.[5]

Oqsil

Oqsil 670 dan iborat aminokislotalar. Gen DUF1220 deb nomlangan noma'lum funktsiyalarning beshta domenini o'z ichiga oladi. DUF1220 domenlari NBPF genlar oilasining barcha a'zolarida uchraydi, ammo ularning soni har bir a'zosi o'rtasida farq qiladi. Kodlash va kodlash hududlarida yuqori intergenik va intragenik ketma-ketlikni saqlaydigan takroriy tuzilish. Gomologik rekombinatsiya har xil allellar orasida osonlikcha paydo bo'lishiga imkon beradi. Uning takrorlanishi va NBPF genlar oilasining boshqa a'zolari 1-xromosomadagi segmentar takrorlanishlardan kelib chiqqan deb o'ylashadi.[5]

Bashorat qilingan xususiyatlar

NBPF16-ning ishlatilishi taxmin qilingan xususiyatlari bioinformatika vositalar:

Ifoda

Gen uchun ekspression ma'lumotlari mavjud emas, ammo aksariyat ko'rsatmalar uning tanada hamma joyda ifoda etilganligiga ishora qiladi.

Gomologiya

Ortologlar

Ajoyib narsa yo'q ortologlar primatlar tashqarisida. Ushbu ortologlar BLAT-dan to'plangan.[9] va BLAST qidiruvlari[10]

TurlarOrganizmning umumiy nomiTartib identifikatoriKetma-ket o'xshashlikUzunlik (AA)
Homo sapiensInson100%100%670
Pan trogloditlariShimpanze90%92%509
Makaka mulattaRhesus makakasi57%68%620
Gallus gallusTovuq36%54%1394
Rattus norvegicusNorvegiya kalamush34%67%2324
Bos taurusQoramol34%50%816
Ksenopus laevisAfrika tirnoqli qurbaqa33%52%728
Muskul mushakUy sichqonchasi32%55%2446

Paraloglar

NBPF genlar oilasining boshqa 21 a'zosi borligi sababli, 21 nafari bor paraloglar NBPF16. Ularning barchasi yuqori konservatsiya va takrorlanadigan tuzilmalarni namoyish etadi.

Adabiyotlar

  1. ^ a b v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000266338 - Ansambl, 2017 yil may
  2. ^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
  3. ^ "Entrez Gen: NBPF16 neyroblastoma sindromi oilasi, a'zo 16". Olingan 13 may 2009.
  4. ^ "SDSC Biology Workbench". San-Diego superkompyuter markazi. Olingan 13 may 2009.
  5. ^ a b v Vandepoele K, Van Roy N, Stes K, Speleman F, van Roy F (2005 yil avgust). "NBPF yangi genlar oilasi: primat evolyutsiyasi paytida genlarning takrorlanishi natijasida hosil bo'lgan murakkab tuzilish". Molekulyar biologiya va evolyutsiya. 22 (11): 2265–2274. doi:10.1093 / molbev / msi222. PMID  16079250.
  6. ^ Brendel V, Bucher P, Nurbakhsh IR, Blaisdell BE, Karlin S (mart 1992). "Oqsillar ketma-ketligini statistik tahlil qilish usullari va algoritmlari". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 89 (6): 2002–6. Bibcode:1992 yil PNAS ... 89.2002B. doi:10.1073 / pnas.89.6.2002. PMC  48584. PMID  1549558.
  7. ^ "PI dasturi (Isoelektrik nuqta bashorati)". Arxivlandi asl nusxasi 2008 yil 26 oktyabrda.
  8. ^ Bendtsen JD, Nilsen H, fon Heijne G, Brunak S (2004 yil iyul). "Signal peptidlarining yaxshilangan bashorati: SignalP 3.0". Molekulyar biologiya jurnali. 340 (4): 783–95. CiteSeerX  10.1.1.165.2784. doi:10.1016 / j.jmb.2004.05.028. PMID  15223320.
  9. ^ "BLAT Search Genome". Olingan 13 may 2009.
  10. ^ "BLAST". Olingan 13 may 2009.

Qo'shimcha o'qish