NXF1 - NXF1

NXF1
PDB 1fo1 EBI.jpg
Mavjud tuzilmalar
PDBOrtholog qidiruvi: PDBe RCSB
Identifikatorlar
TaxalluslarNXF1, MEX67, TAP, yadroviy RNK eksport faktor 1
Tashqi identifikatorlarOMIM: 602647 MGI: 1858330 HomoloGene: 38176 Generkartalar: NXF1
Gen joylashuvi (odam)
Xromosoma 11 (odam)
Chr.Xromosoma 11 (odam)[1]
Xromosoma 11 (odam)
NXF1 uchun genomik joylashuv
NXF1 uchun genomik joylashuv
Band11q12.3Boshlang62,792,123 bp[1]
Oxiri62,806,302 bp[1]
RNK ekspressioni naqsh
Ps.Bng da PBB GE NXF1 208922 s

Ps.Bng da PBB GE NXF1 220934 s
Qo'shimcha ma'lumotni ifodalash ma'lumotlari
Ortologlar
TurlarInsonSichqoncha
Entrez

10482

53319

Ansambl

ENSG00000162231

ENSMUSG00000010097

UniProt

Q9UBU9

Q99JX7

RefSeq (mRNA)

NM_006362
NM_001081491

NM_001276704
NM_016813

RefSeq (oqsil)

NP_001074960
NP_006353

NP_001263633
NP_058093

Joylashuv (UCSC)Chr 11: 62.79 - 62.81 MbChr 19: 8.76 - 8.77 Mb
PubMed qidirmoq[3][4]
Vikidata
Insonni ko'rish / tahrirlashSichqonchani ko'rish / tahrirlash

Yadro RNK eksporti omili 1, shuningdek, nomi bilan tanilgan NXF1 yoki TAP, a oqsil odamlarda bu kodlangan NXF1 gen.[5][6]

Funktsiya

Ushbu gen yadroviy RNK eksport qiluvchi genlar oilasining bir a'zosi. Ushbu oilaning umumiy domen xususiyatlari - bu RNP tipidagi RNP-bog'lovchi domen (RBD), leytsinga boy 4 ta takroriy (LRR), yadro transport faktori 2 (NTF2) ga o'xshash domen, bu NTF2 bilan bog'liq eksport oqsili bilan heterodimerizatsiya qilishga imkon beradi. 1 (NXT1 ) va a hamma joyda bilan o'zaro aloqada vositachilik qiladigan assotsiatsiyalangan domen nukleoporinlar. Muqobil ravishda qo'shish natijasida transkript variantlari paydo bo'ladi. Eksport faoliyati uchun LRR va NTF2 o'xshash domenlar talab qilinadi. Ushbu genning kodlangan oqsillari orasida yadro va sitoplazma va in Vivo jonli ravishda poli (A) + RNK bilan bog'lanadi. Bu Mex67p xamirturush oqsilining umurtqali gomologi.[6][7] Kodlangan oqsil mRNK eksportini engib, D tipidagi CTE (tashkiliy transport elementi) RNK ning to'yingan miqdoridan kelib chiqadi. retroviruslar.[8] Sichqonlardagi gomologik Nxf1 genining variantli alleli endogen retrovirus (intrakisternal A zarracha) ning intronga qo'shilishi natijasida yuzaga keladigan mutatsiyalar sinfini bostiradi.[9][10]

O'zaro aloqalar

NXF1 ga ko'rsatildi o'zaro ta'sir qilish bilan TNPO2,[11] MAGOH,[12] U2 kichik yadroli RNK yordamchi omil 1,[13] DHX9,[14] HuD[15] va NUP214.[16][17]

Proteinga teging

Molekulyar biologiyada NXF1 oqsilining yana bir nomi TAP. Xususan, ushbu yozuv C-terminali o'z ichiga olgan domen UBA (oqsil domeni).

TAP_C
PDB 1oai EBI.jpg
uba domeni va fxfg nukleoporin peptidi orasidagi murakkab
Identifikatorlar
BelgilarTAP_C
PfamPF03943
Pfam klanCL0214
InterProIPR005637
SCOP21go5 / QOIDA / SUPFAM

Ushbu yozuv NXF shuttling oilasini o'z ichiga oladi transport retseptorlari uchun yadroviy mRNK eksporti, bunga quyidagilar kiradi:

Tap-C domeni to'rttadan iborat alfa spirallari bir-biriga qarshi o'ralgan. Tartibga solish spirallar 1, 2 va 3 UBA-da ko'rilganiga o'xshaydi katlama. va moslashuvchan 12-qoldiqli Pro-ga boy bog'lovchi tomonidan keyingi modulga qo'shiladi.[18][19]

Funktsiya

MRNAlarning yadro eksporti Tap oqsili vositachiligida bo'ladi.

Tuzilishi

Kran o'zi va NXF oilasining boshqa a'zolari bilan multimerik kompleks hosil qilishi mumkin. Tap-ning uchta funktsional sohasi yaxshi tavsiflangan: RNK bilan bog'lanish sohasi, Nuclear Transport Factor 2 (NTF2) o'xshash domeni va Ubikitin bilan bog'liq (UBA) domeni.

Adabiyotlar

  1. ^ a b v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000162231 - Ansambl, 2017 yil may
  2. ^ a b v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000010097 - Ansambl, 2017 yil may
  3. ^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
  4. ^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
  5. ^ Yoon DW, Lee H, Seol V, DeMaria M, Rosenzweig M, Jung JU (may 1997). "Kran: herpesvirus saimiri uchi bilan o'zaro ta'sir qiluvchi va limfotsitlar agregatsiyasini keltirib chiqaradigan yangi uyali protein". Immunitet. 6 (5): 571–82. doi:10.1016 / S1074-7613 (00) 80345-3. PMID  9175835.
  6. ^ a b Grüter P, Tabernero C, fon Kobbe C, Shmitt C, Saavedra C, Bachi A, Vilm M, Felber BK, Izaurralde E (aprel, 1998). "TAP, Mex67p inson gomologi, yadrodan CTE ga bog'liq RNK eksportini amalga oshiradi". Molekulyar hujayra. 1 (5): 649–59. doi:10.1016 / S1097-2765 (00) 80065-9. PMID  9660949.
  7. ^ Katahira J, Strässer K, Podtelejnikov A, Mann M, Jung JU, Xurt E (may 1999). "Mex67p vositachiligidagi yadroviy mRNA eksport yo'li xamirturushdan odamga saqlanib qoladi". EMBO jurnali. 18 (9): 2593–609. doi:10.1093 / emboj / 18.9.2593. PMC  1171339. PMID  10228171.
  8. ^ "Entrez Gen: NXF1 yadroviy RNK eksport faktor 1".
  9. ^ Floyd JA, Gold DA, Concepcion D, Poon TH, Vang X, Keytli E, Chen D, Uord EJ, Chinn SB, Fridman RA, Yu HT, Morivaki K, Shirishi T, Xemilton BA (Noyabr 2003). "Nxf1 ning tabiiy alleli retrovirusning kiritiladigan mutatsiyasini bostiradi". Tabiat genetikasi. 35 (3): 221–8. doi:10.1038 / ng1247. PMC  2756099. PMID  14517553.
  10. ^ Concepcion D, Flores-Garcia L, Hamilton BA (may 2009). "Muqobil qo'shimchani aniq sozlash orqali Nxf1 tomonidan retrotranspozon ta'siridagi mutatsiyalarning multipotent genetik bostirilishi". PLOS Genetika. 5 (5): e1000484. doi:10.1371 / journal.pgen.1000484. PMC  2674570. PMID  19436707.
  11. ^ Shamsher MK, Ploski J, Radu A (oktyabr 2002). "Karyopherin beta 2B yadrodan mRNA eksportida ishtirok etadi". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 99 (22): 14195–9. Bibcode:2002 yil PNAS ... 9914195S. doi:10.1073 / pnas.212518199. PMC  137860. PMID  12384575.
  12. ^ Kataoka N, Diem MD, Kim VN, Yong J, Dreyfuss G (noyabr 2001). "Magoh, Drosophila mago nashi oqsilining inson gomologi, qo'shilishga bog'liq ekzon-ekzon birikmasi kompleksining tarkibiy qismidir". EMBO jurnali. 20 (22): 6424–33. doi:10.1093 / emboj / 20.22.6424. PMC  125744. PMID  11707413.
  13. ^ Zolotuxin AS, Tan Vt, Bear J, Smulevitch S, Felber BK (2002 yil fevral). "U2AF TAP (NXF1) ning mRNA bilan bog'lanishida ishtirok etadi". Biologik kimyo jurnali. 277 (6): 3935–42. doi:10.1074 / jbc.M107598200. PMID  11724776.
  14. ^ Tang H, Vong-Staal F (oktyabr 2000). "D-retrovirus tipidagi transport elementiga bog'langan ikkita hujayrali oqsil bo'lgan RNK helikaz A va Tap o'rtasidagi o'ziga xos o'zaro ta'sir". Biologik kimyo jurnali. 275 (42): 32694–700. doi:10.1074 / jbc.M003933200. PMID  10924507.
  15. ^ Saito K, Fujiwara T, Katahira J, Inoue K, Sakamoto H (Avgust 2004). "TAP / NXF1, birlamchi mRNA eksport qiluvchi retseptorlari, neyronal RNK bilan bog'langan HuD oqsili bilan o'zaro ta'sir qiladi". Biokimyoviy va biofizik tadqiqotlar bo'yicha aloqa. 321 (2): 291–7. doi:10.1016 / j.bbrc.2004.06.140. PMID  15358174.
  16. ^ Herold A, Suyama M, Rodrigues JP, Braun IC, Kutay U, Carmo-Fonseca M, Bork P, Izaurralde E (dekabr 2000). "TAP (NXF1) konsullangan modulli arxitekturaga ega bo'lgan RNK eksport qiluvchi omillarning ko'p qavatli oilasiga tegishli". Molekulyar va uyali biologiya. 20 (23): 8996–9008. doi:10.1128 / MCB.20.23.8996-9008.2000. PMC  86553. PMID  11073998.
  17. ^ Shmitt I, Gerace L (2001 yil noyabr). "Tap-ning C-terminal Shuttle domeni vositachiligidagi yadro transportining in vitro tahlili". Biologik kimyo jurnali. 276 (45): 42355–63. doi:10.1074 / jbc.M103916200. PMID  11551912.
  18. ^ a b Grant RP, Xurt E, Noyxaus D, Styuart M (aprel 2002). "Tap / NXF1 ning C-terminalli FG-nukleoporin bog'lanish domenining tuzilishi". Tabiatning strukturaviy biologiyasi. 9 (4): 247–51. doi:10.1038 / nsb773. PMID  11875519. S2CID  11338341.
  19. ^ a b Suyama M, Doerks T, Braun IC, Sattler M, Izaurralde E, Bork P (iyul 2000). "TAP tarkibiy domenlarini bashorat qilish uning p15 va nukleoporinlar bilan o'zaro ta'sirining tafsilotlarini ochib beradi". EMBO hisobotlari. 1 (1): 53–8. doi:10.1093 / embo-report / kvd009. PMC  1083685. PMID  11256625.

Tashqi havolalar

  • PDBe-KB inson yadrosi RNK eksport faktori 1 (NXF1) uchun PDB-da mavjud bo'lgan barcha tuzilmalar ma'lumotlarining umumiy ko'rinishini beradi.