Qo'shni to'r - Neighbor-net
 | Bu maqola aksariyat o'quvchilar tushunishi uchun juda texnik bo'lishi mumkin. Iltimos uni yaxshilashga yordam bering ga buni mutaxassis bo'lmaganlarga tushunarli qilish, texnik ma'lumotlarni olib tashlamasdan. (2019 yil dekabr) (Ushbu shablon xabarini qanday va qachon olib tashlashni bilib oling) |
NeighborNet[1] qurish algoritmi filogenetik tarmoqlar bu bo'shashganga asoslangan qo'shni qo'shilish algoritm. Qo'shni qo'shilish kabi, usul ham oladi masofa matritsasi kirish sifatida va aglomeratsiya klasterlari bilan ishlaydi. Biroq, NeighborNet algoritmi bir-birining ustiga chiqadigan va hosil bo'lmaydigan klasterlar to'plamiga olib kelishi mumkin ierarxiya, va a deb nomlangan filogenetik tarmoq turi yordamida ifodalanadi grafani ajratadi. Agar masofa matritsasi Kalmanson kombinatoriya sharoitlari keyin Neighbor-net tegishli doiraviy buyurtmani qaytaradi.[2][3] Usul SplitsTree va R / Fangorn[4][5] paketlar.
Neighbour-net dasturining misollarini virusologiyada topish mumkin,[6] bog'dorchilik,[7] dinozavrlar genetikasi,[8] qiyosiy tilshunoslik va arxeologiya.[9]
Adabiyotlar
- ^ Bryant D, Moulton V (2004 yil fevral). "Neighbor-net: filogenetik tarmoqlarni qurish uchun aglomerativ usul". Molekulyar biologiya va evolyutsiya. 21 (2): 255–65. doi:10.1093 / molbev / msh018. PMID 14660700.
- ^ Bryant D, Moulton V, Spillner A (iyun 2007). "Qo'shnilar tarmog'i algoritmining izchilligi". Molekulyar biologiya algoritmlari. 2: 8. doi:10.1186/1748-7188-2-8. PMC 1948893. PMID 17597551.
- ^ Levi D, Pachter L (2011 yil avgust). "Qo'shnilar tarmog'i algoritmi". Amaliy matematikaning yutuqlari. 47 (2): 240–58. doi:10.1016 / j.aam.2010.09.002.
- ^ Shliep KP (2011 yil fevral). "phangorn: filogenetik tahlil R". Bioinformatika. 27 (4): 592–3. doi:10.1093 / bioinformatika / btq706. PMC 3035803. PMID 21169378.
- ^ Schliep K, Potts AA, Morrison DA, Grimm GW (2017). "Filogenetik daraxtlar va tarmoqlarni o'zaro bog'lash". Ekologiya va evolyutsiyadagi usullar. 8 (10): 1212–1220. doi:10.1111 / 2041-210X.12760.
- ^ Schmidt-Chanasit J, Bialonski A, Heinemann P, Ulrich RG, Gyunter S, Rabenau HF, Doerr HW (mart 2009). "Germaniyada 1-turdagi herpes simplex virusi bo'yicha 10 yillik molekulyar tadqiqotlar A va B genotiplarining barqaror va yuqori tarqalishini namoyish etadi". Klinik virusologiya jurnali. 44 (3): 235–7. doi:10.1016 / j.jcv.2008.12.016. PMID 19186100.
- ^ Kilian B, Ozkan H, Deusch O, Effgen S, Brandolini A, Kohl J va boshq. (2007 yil yanvar). "Mustaqil bug'doy B va G genomining kelib chiqishi Aegilopsning nasabli haplotiplaridan o'tishda". Molekulyar biologiya va evolyutsiya. 24 (1): 217–27. doi:10.1093 / molbev / msl151. PMID 17053048.
- ^ Buckley M, Walker A, Ho SY, Yang Y, Smit C, Eshton P va boshq. (2008 yil yanvar). Ommaviy spektrometriya natijasida mastodon va tirannosaurus reeksidan oqsillar ketma-ketligini "izohlash""". Ilm-fan. 319 (5859): 33, muallifning javobi 33. Bibcode:2008 yil ... 319 ... 33B. doi:10.1126 / science.1147046. PMC 2694913. PMID 18174420.
- ^ Shennan S (200). Madaniy evolyutsiyadagi naqsh va jarayon. Kaliforniya universiteti matbuoti.
  | Ushbu bioinformatika bilan bog'liq maqola a naycha. Siz Vikipediyaga yordam berishingiz mumkin uni kengaytirish. |