OLIGO Primer tahlil dasturi - OLIGO Primer Analysis Software

OLIGO Primer tahlil dasturi
Tuzuvchi (lar)Molecular Biology Insights, Inc.
Barqaror chiqish
7.54 / 23.03.2011 yil
Operatsion tizimWindows, Macintosh
PlatformaMac, kompyuter
TuriBioinformatika
Litsenziyatijorat
Veb-saythttp://oligo.net/

OLIGO Primer tahlil dasturi birinchi bo'lib ommaviy bo'lgan dasturiy ta'minot uchun DNK primer dizayni.[1][2] Ushbu dasturiy ta'minotni tavsiflovchi dastlabki hujjatlar 1989 va 1990 yillarda nashr etilgan,[3][4] va 1990 va 2000-yillarda ketma-ket yangilanishlarning barchasi ilmiy jurnallarda 600 martadan va patentlarda 500 martadan ko'proq keltirilgan (muvofiq Scopus ). Dastur keng qamrovli real vaqt PCR primeri qidiruv va tahlil vositalarini tekshiradi, shuningdek boshqa vazifalarni bajaradi siRNA va molekulyar mayoq qidiruvlar, ochiq o'qish doirasi va cheklash fermenti tahlil va hk. tomonidan yaratilgan va saqlanib kelinmoqda Voytsex Rychlik va Pyotr Richlik. OLIGO ilmiy jurnallarda bir necha bor ko'rib chiqilgan, birinchi marta 1991 yilda Biokimyo va molekulyar biologiyaning tanqidiy sharhlari,[5] va keyingi yangilanishlari uchun (OLIGO 7 2011 yildagi eng so'nggi versiyasi).[6][7][8][9]

Oligo Primer Analysis dasturiy ta'minoti turli xil ilmiy ishlarda (so'nggi nashrlarning misollari keltirilgan) ishlatilgan, ular orasida: real vaqtda PCR,[10] apoptoz tadqiqotlari,[11] antigen yozish,[12] turlarni aniqlash,[13] turlar evolyutsiyasi bo'yicha tadqiqotlar,[14] mRNA ekspression darajasini o'lchash,[15] oligonukleotid asosida massivni duragaylash ishlari,[16] degenerativ primer tadqiqotlar,[17] mikrosatellit tahlillari,[18] DNK mikroarray aniqlash,[19] teskari PCR,[20] genom yurish,[21] nukleotid polimorfizmlarini o'rganish,[22] mikroorganizmlarni yoki viruslarni aniqlash,[23] genotiplash,[24] klonlash,[25] vektor (gen) qurilishi,[26] genom ketma-ketligi,[27] mutantlarni yoki o'ziga xos bo'lmagan o'zgaruvchanlikni aniqlash,[28] genetik kasalliklarni o'rganish,[29] siRNK va genlarni susaytirish,[30] FISH tahlili (bitta hujayraning ekspresiyasini o'rganish),[31] chayon zondlari,[32] va DNKni kuchaytirishning yangi usullarini ishlab chiqish.[33]

Adabiyotlar

  1. ^ John SantaLucia, Jr. (2007) PCR astar dizayni uchun asosiy printsiplar va dasturiy ta'minot: Molekulyar biologiya jildida metodikada PCRni optimal dizayni uchun jismoniy printsiplar va Visual-OMP dasturlari. 402: PCR Primer dizayni; Ed. A. Yuryev; Humana Press Inc., Totova, NJ. 3-33 betlar.
  2. ^ John D. Offerman, Wojciech Rychlik (2003) Bioinformatika bilan tanishishda Oligo Primer tahlil dasturi: nazariy va amaliy yondashuv. Ed. Stiven A. Krawets va Devid D. Uomble; Humana Press Inc., Totova, NJ. 345-361 betlar.
  3. ^ Voytsex Richlik va Robert E. Rxodlar (1989) Filtrni duragaylash, ketma-ketligi va DNKning in vitro ko'payishi uchun maqbul oligonukleotidlarni tanlash uchun kompyuter dasturi; Nuklein kislotalarni tadqiq qilish 17, 8543-8551.
  4. ^ Vojsex Richlik, Uilyam J. Spenser va Robert E. Rhoads (1990) Vitroda DNKni kuchaytirish uchun tavlanish haroratini optimallashtirish; Nuklein kislotalari rez. 18, 6409-6412.
  5. ^ Bej AK, Mahbubani MH, Atlas RM (1991). "Nuklein kislotalarni polimeraza zanjiri reaktsiyasi (PCR) bilan kuchaytirish va boshqa usullar va ularning qo'llanilishi". Krit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 26 (3–4): 301–34. doi:10.3109/10409239109114071. PMID  1718663.
  6. ^ Kamel A. Abd-Elsalam (2003) PCR astar dizayni uchun bioinformatik vositalar va qo'llanma; Afrika biotexnologiya jurnali 2, 91-95.
  7. ^ Voytsex Rychlik (2007). "OLIGO 7 Primer tahlil dasturi". Usullari Mol. Biol. Molekulyar biologiya ™ usullari. 402: 35–60. doi:10.1007/978-1-59745-528-2_2. ISBN  978-1-58829-725-9. PMID  17951789.
  8. ^ "Oligo Primer Analysis Software from Molecular Biology Insights".
  9. ^ Wojciech Rychlik (1993) Polimeraza zanjiri reaktsiyasi uchun astarlarni tanlash, Molekulyar biologiya jildida. 15: PCR protokollari: joriy usullar va qo'llanmalar; Ed. B.A. Oq; Humana Press Inc., Totova, NJ. 31-40 betlar.
  10. ^ Arnet Borros (2009) Polimeraza zanjiri reaktsiyasi paytida elektrokimyo tomonidan ionli faollikni kuzatishi; Analitik biokimyo 385, 26-33.
  11. ^ Arabinda Das, Naren L. Banik va Swapan K. Ray (2008) Asetazolomid va Deksametazonning inson glioblastomasi T98G va U87MG hujayralaridagi Temozolomid vositachiligidagi apoptozga modulyatsion ta'siri; Saraton kasalligini tekshirish 26, 352 - 358.
  12. ^ Sara H. Haddok, Kristin Kvartararo, Patrik Kuli va Dat D. Dao (2002) HLA-DQA1 ni DNK Mikroarray yordamida past aniqlikda yozish, Molekulyar biologiyada usullar 170, 201-210.
  13. ^ Marko Severgnini, Paola Kremonesi, Klarissa Konsolandi, Giada Karedda, Janluka De Bellis va Byanka Kastiglioni (2009) ORMA: 16S rRNA geni va oligonukleotidlar dizaynidagi turlarga xos o'zgarishlarni aniqlash vositasi; Nuklein kislotalarni tadqiq qilish 37 (16), e109.
  14. ^ Arhat Abjanov (2009). "Darvinning chivinlari: evolyutsiyadagi gaga morfologik o'zgarishlarini tahlil qilish". Sovuq bahor porti protokollari. 1 (3): 481–500. doi:10.1101 / pdb.emo119. PMID  20147092.
  15. ^ Canhui Liu, Chitra Chauhan, Charlz R. Katholi va Tomas R. Unnasch (2009) Splice lideri qo'shilish domeni B. malayida heterologik gen ekspresiyasi uchun saqlanib qolgan motifni ifodalaydi; Molekulyar va biokimyoviy parazitologiya 166, 15-21.
  16. ^ Daril A. Skott, Merel Klaassens, Eshli M. Xolder, Kevin P. Lalli, Karatsiolo J. Fernandes, Robert-Yan Galyard, Dik Tibboel, Annelis de Klayn va Brendan Li (2007) Genom-keng Oligonukleotid asosidagi massivning qiyosiy genomi Izolyatsiya qilinmagan tug'ma diafragma churrasini gibridizatsiya tahlili; Inson molekulyar genetikasi. 16, 424-430.
  17. ^ Omar J. Jabado, Gustavo Palasios, Vishal Kapur, Jefri Xui, Nil Renvik, Tszay Junxui, Tomas Briz va V. Yan Lipkin (2006) Gren SCPrimer: Ko'p ketma-ketlikdagi tekisliklardan degenerativ astarlarni loyihalash uchun tezkor keng qamrovli vosita; Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 34, 6605-6611.
  18. ^ Alberto Arias, Rut Freire, Jozefina Mendez va Ana Insua (2010) Malika taroqidagi mikrosatellit markerlarni ajratish va tavsiflash. Aequipecten opercularis va ularni populyatsiyaning genetik tadqiqotida qo'llash; Suvdagi yashash resurslari 23, 199 - 207.
  19. ^ Frédérique Bidard, Sandrine Imbeaud, Nancie Reymond, Olivier Lespinet, Philippe Silar, Corinne Clavé, Herve Delacroix, Véronique Berteaux-Lecellier and Robert Debuchy (2010) Gen ekspressioni mikroraylovi uchun zondlarni optimallashtirish uchun umumiy asos va uning qo'ziqorinlarga qo'llanilishi. Podospora anserina; BMC tadqiqotlari 3, 171.
  20. ^ Kazutaka Yamada, Takeshi Terahara, Shinya Kurata, Toyokazu Yokomaku, Satoshi Tsuneda va Shigeaki Harayama (2008) teskari PCR yordamida atrof-muhit DNKsidan butun genlarni olish, qulflangan nuklein kislotalarni o'z ichiga olgan primerlar yordamida maqsadli genlarni oldindan kuchaytirish; Atrof-muhit mikrobiologiyasi 10, 978 - 987.
  21. ^ Tokuji Tsuchiya; Nanako Kameya va Ikuo Nakamura (2009). "Straight Walk: katta genomli o'simlik turlari uchun ligatsiya vositasida genom yurishining o'zgartirilgan usuli". Analitik biokimyo. 388 (1): 158–160. doi:10.1016 / j.ab.2009.02.002. PMID  19454221.
  22. ^ O. A. Gra, A. S. Glotov, J. M. Kozhekbayeva, O. V. Makarova va T. V. Nasedkina (2008) GST, NAT2 va MTRR ning genetik polimorfizmi va bolalik davrida o'tkir leykemiyaga moyilligi; Molekulyar biologiya 42, 187-197.
  23. ^ T. Vey, G. Lu va G. R. G. Clover (2009) Kartoshkada kartoshkaning sariq venasi virusini, tamaki rattle virusini va pomidorning yuqumli xloroz virusini aniqlash uchun Multiplex RT-PCR; O'simliklar patologiyasi 58, 203-209.
  24. ^ Kristel Van Laethema, Yoeri Schrootena, Kris Covensa, Natalie Dekeersmaekera, Paul De Munterc, Erik Van Wijngaerdenc, Marc Van Ransta, and Anne-Mieke Vandamme (2008) Diverse HIV-1 guruhidan ko'paytirish va sekretiratsiyasi bo'yicha genotipik tahlil. Subtiplar; Virusli usullar jurnali 153, 176-181.
  25. ^ Elena K. Xlestkina, Uttam Kumar va Marion S. Röder (2010) Kirish- bug'doy tarkibidagi kaurenoik kislota oksidaza genlari; Molekulyar naslchilik 25, 251-258.
  26. ^ Guozheng Conga, Jianhua Zhoua, Shandian Gaoa, Junzheng Dua, Junjun Shaoa, Tong Lina, Huiyun Chang va Tsingge Xie (2008) Rekombinant Retrovirus vektorini qurish, oyoq va og'iz kasalliklari virusini laboratoriya geni va uning sigir buyragida ifloslanishi ( MDBK) hujayralar; Xitoy biotexnologiya jurnali 24, 740-745.
  27. ^ Lei Vey, Xiaobing Vu va Zhigang Jiang (2009) Snow leopard Panthera uncia ning to'liq mitoxondriyal genom tuzilishi; Molekulyar biologiya hisobotlari 36, 871-878.
  28. ^ Devid S. Perlin, Sergey Balashov va Stiven Park (2008) Mutatsiyalarni multipleksli aniqlash; Molekulyar biologiyadagi metodlar 429, 23-31.
  29. ^ Mishel Salemi, Corrado Romano, Concetta Barone, Francesco Cali, Filippo Caraci, Carmelo Romano, Cataldo Scavuzzo, Francesco Scillato, Maria Grazia Salluzzo, Maria Piccione, Manuela Martines, Giovanni Corsello, Ferdinando Nicoletti, and Paolo Bosco-2009 () Daven sindromi subventsiyasida moyaklar tushirilmagan SPANX-C (Xq27 mintaqasi) genlarining dozalarini tahlil qilish; Genetika jurnali 88, 93-97.
  30. ^ Anastasiya Xvorova, Angela Reynolds va Sumedha D. Jayasena (2003) Funktsional siRNA va miRNAs Strand Bias-ni namoyish etadi; Hujayra, 115, 209-216.
  31. ^ Rossanna C. Pezo, Saumil J. Gandi, L. Endryu Shirli, Richard G. Pestell, Leonard H. Augenlicht va Robert H. Singer (2008) Bir hujayrali transkripsiya uchastkasini faollashtirish inson kolorektal o'smalarida kimyoviy terapiyani javobini taxmin qilmoqda; Saraton kasalligini o'rganish 68, 4977-4982.
  32. ^ Rachael Carters, Jennifer Ferguson, Rupert Gaut, Pol Ravetto, Nikola Thelwell va David Whitcombe (2008) Scorpions lyuminestsent signalizatsiya molekulalarini loyihalash va ulardan foydalanish; Molekulyar biologiyadagi metodlar 429, 99-115.
  33. ^ Chunsun Chjan va Da Xing (2010) Mikrofluik gradiyentli PCR (MG-PCR): mikrofluik DNKni kuchaytirishning yangi usuli; Biomedikal 12, 1-12 mikroelektrlari.

Boshqa primer dizayn dasturlari