Orac (MD dasturi) - Orac (MD program)

Ushbu maqola a haqida molekulyar dinamikasi dastur. So'zning ko'proq ma'nolari uchun Orak, qarang ORAC.
Orak
Asl muallif (lar)Massimo Marchi, Piero Procacci
Tuzuvchi (lar)CEA, Saclay, Parij, FR; Florensiya universiteti, IT
Dastlabki chiqarilish1990; 30 yil oldin (1990)
Barqaror chiqish
5.4.1 / 2010; 10 yil oldin (2010)
Ko'rib chiqish versiyasi
6.0 / 2016; 4 yil oldin (2016)
YozilganFortran
Operatsion tizimUnix, Linux
PlatformaIA-32, x86-64, NUMA
Mavjud:Ingliz tili
TuriMolekulyar dinamikasi
LitsenziyaGPL
Veb-saytwww.chim.unifi.bu/ orac

Kompyuterda dasturiy ta'minot, Orak klassik molekulyar dinamikasi dasturi, murakkab molekulyar tizimlarni atomistik darajada simulyatsiya qilish. 1989-1990 yillarda kod Massimo Marchi tomonidan International Business Machines-da bo'lgan paytida yozilgan (IBM ), Kingston (AQSh). 1995 yilda kod yanada ishlab chiqilgan Center européen de calcul atomique et moléculaire (CECAM). U dasturlash tilida yozilgan Fortran. 1997 yilda u a ostida chiqarildi GNU umumiy jamoat litsenziyasi (GPL).[1] Eng so'nggi nashr [2] of Orac standarti yordamida parallel ravishda bajarilishi mumkin Xabarni uzatish interfeysi (MPI) kutubxonalari replika almashinuvi simulyatsiyalar, bir nechta yuruvchilar metadinamika[3] simulyatsiyalar va ko'p sonli boshqariladigan molekulyar dinamikalar[4] muvozanatsiz traektoriyalar.

Shuningdek qarang

Adabiyotlar

  1. ^ Procacci, P.; Darden, T.A .; Paci, E .; Marchi, M. (1997). "ORAC: Haqiqiy elektrostatik o'zaro ta'sirlar bilan murakkab molekulyar tizimlarni simulyatsiya qilish uchun molekulyar dinamik dastur". Hisoblash kimyosi jurnali. 18 (15): 1848–1862. CiteSeerX  10.1.1.554.895. doi:10.1002 / (SICI) 1096-987X (19971130) 18:15 <1848 :: AID-JCC2> 3.0.CO; 2-O.
  2. ^ Marsili, S .; Signorini, G.F .; Chelli, R .; Marchi, M .; Procacci, P. (2010). "ORAC: Biyomolekulyar tizimlarda erkin energiya sathlarini atomistik darajada o'rganish uchun molekulyar dinamikani simulyatsiya qilish dasturi". Hisoblash kimyosi jurnali. 31 (5): 1106–1116. doi:10.1002 / jcc.21388. PMID  19824035.
  3. ^ Laio, A .; Gervasio, F. L. (2008). "Metadinamika: noyob hodisalarni simulyatsiya qilish va biofizika, kimyo va materialshunoslikdagi erkin energiyani qayta qurish usuli". Fizikada taraqqiyot haqida hisobotlar. 71 (12): 126601. Bibcode:2008RPPh ... 71l6601L. doi:10.1088/0034-4885/71/12/126601.
  4. ^ Isralevits, B .; Gao, M .; Shulten, K. (2001). "Oqsillarning boshqariladigan molekulyar dinamikasi va mexanik funktsiyalari". Strukturaviy biologiyaning hozirgi fikri. 11 (2): 224–230. doi:10.1016 / S0959-440X (00) 00194-9. PMID  11297932.

Tashqi havolalar