Bashoratli protein - Predictprotein

Protein
Asl muallif (lar)Burkhard Rost
Tuzuvchi (lar)Gay Yachdav Laszlo Kajan
Dastlabki chiqarilish1992
Barqaror chiqish
1.0.88
Operatsion tizimUNIX asosidagi
TuriBioinformatika
LitsenziyaGPLv2
Veb-saytwww.predictprotein.org

Protein (PP) - bu zamonaviy ommaviy ketma-ketlik ma'lumotlar bazalarini qidiradigan, hizalamalar yaratadigan va oqsil tuzilishi va funktsiyalari jihatlarini bashorat qiladigan avtomatik xizmat. Foydalanuvchilar oqsillar ketma-ketligini yuboradilar va ma'lumotlar bazasini taqqoslash va bashorat qilish usullari natijalari bilan bitta faylni oladilar. PP 1992 yilda Internetga ulangan Evropa molekulyar biologiya laboratoriyasi; 1999 yildan beri u ishlaydi Kolumbiya universiteti va 2009 yilda u ko'chib o'tdi Technische Universität München. Ko'pgina serverlar muayyan jihatlarni amalga oshirgan bo'lishiga qaramay, PP tuzilmani bashorat qilishda eng ko'p ishlatiladigan ommaviy server bo'lib qolmoqda: 104 mamlakatda foydalanuvchilarning 1,5 milliondan ortiq so'rovlari ko'rib chiqildi; 13000 dan ortiq foydalanuvchilar 10 yoki undan ortiq turli xil so'rovlarni yuborishdi. PP veb-sahifalari 4 qit'adagi 17 mamlakatda aks ettirilgan. Tizim bioinformatikada tajribasi bo'lmagan tajriba mutaxassislarining talablarini qondirish uchun optimallashtirilgan. Bu shuni anglatadiki, biz faqat yuqori sifatli usullarni qo'llashga e'tibor qaratdik va unchalik ishonchli yoki unchalik muhim bo'lmagan usullarni qoldirgan natijalarni yig'ishga harakat qildik.

Chegaralar ierarxiyasini kiritish orqali mahsulotni soddalashtirishga urinish

Natijalarni talqin qilish qulayligini soddalashtirish uchun iloji boricha ko'proq ma'lumotni "oldindan hazm qilishga" urinish PPning o'ziga xos ustunidir. Masalan, sukut bo'yicha PP ma'lumotlar bazasida faqat so'rov oqsiliga o'xshash tuzilishga ega bo'lgan oqsillarni qaytaradi.[1] Membrana spirallari, o'ralgan spiral mintaqalari, signal peptidlari va yadroviy lokalizatsiya signallari kabi alohida bashoratlar, agar berilgan ehtimollik chegaralaridan past bo'lsa, qaytarilmaydi.

Har bir so'rov 20 dan ortiq turli xil usullarning qo'llanilishini keltirib chiqaradi

Foydalanuvchilar quyidagi natijalarga ega bo'lgan bitta chiqish faylini oladilar. Ma'lumotlar bazasini izlash: shunga o'xshash ketma-ketliklar standart va juft BLAST,[2] takroriy PSI-BLAST qidiruvi.[3] BLASTning juftlik bo'yicha qidiruvlari NCBI saytidan olinadiganlar bilan bir xil bo'lishiga qaramay, takrorlangan PSI-BLAST takrorlash paytida noto'g'ri pozitsiyalar to'planib qolmasligi uchun sinchkovlik bilan filtrlangan ma'lumotlar bazasida amalga oshiriladi.[4][5] PROSITE ma'lumotlar bazasida funktsional motiflarni standart qidirish.[6] PP endi CHOP protsedurasi orqali tarkibiy domenlar uchun taxminiy chegaralarni aniqlaydi. Strukturani bashorat qilish usullari: PHD va PROF dasturlari tomonidan taxmin qilingan ikkinchi darajali tuzilish, erituvchiga kirish imkoniyati va membrana spirallari,[7][8] PROFtmb tomonidan bashorat qilingan membrana iplari,[9] COILS tomonidan coiled-coil mintaqalari,[10] va PROFcon orqali qoldiq aloqalar,[11] murakkabligi past mintaqalar SEG tomonidan belgilanadi [12] va muntazam ikkinchi darajali tuzilishga ega bo'lmagan uzoq mintaqalar NORSp tomonidan aniqlanadi.[13][14] PHD / PROF dasturlari faqat PP orqali amalga oshiriladi. PS ning PSI-BLAST qidiruvlarini avtomatik ravishda takrorlashning o'ziga xos usuli va ketma-ketlik oilalariga nimani kiritishimiz to'g'risida qaror qabul qilish usuli ham PP uchun xosdir. Hozirgi vaqtda PP ga aniq kiritilgan funktsiyalarning o'ziga xos jihatlari, bularning barchasi biron bir tarzda sub-uyali lokalizatsiya bilan bog'liq: biz PredictNLS orqali yadro lokalizatsiya signallarini aniqlaymiz,[15][16] biz LOCnet orqali maqsadli signallardan mustaqil ravishda lokalizatsiyani taxmin qilamiz;[17] va hujayra tsiklini boshqarishda ishtirok etgan oqsillarga izohlar.[18]

Mavjudligi

Veb-xizmat

PredictProtein veb-xizmati www.predictprotein.org saytida mavjud. Foydalanuvchilar aminokislotalar ketma-ketligini yuborishlari va buning o'rniga taqdim etilgan ketma-ketlik uchun avtomatik izohlar to'plamini olishlari mumkin. Xizmat o'zaro ta'sir qilish vaqtini tezlashtiradigan oldindan hisoblangan natijalar ma'lumotlar bazasi tomonidan qo'llab-quvvatlanadi.

Bulutli echim

PredictProtein bulutli echimi Debian ochiq operatsion tizimiga asoslanadi,[19] va uning to'plamini bepul sifatida taqdim etadi [20] Debian dasturiy ta'minot to'plamlari. Bio-Linux - bu bioinformatika va hisoblash biologiyasi uchun operatsion tizim. Uning so'nggi 7 versiyasi Ubuntu Linux bazasida 500 dan ortiq bioinformatika dasturlarini taqdim etadi.[21] Ubuntu Debian lotinidir, o'z qo'shimchalari bilan Debian-ga asoslangan operatsion tizim. Cloud BioLinux - bu Bio-Linux va Ubuntu-dan olingan keng qamrovli bulutli echim. Debian lotinlari paketlarni bir-biri bilan osongina almashishi mumkin. Masalan, Debian paketlari avtomatik ravishda Ubuntu-ga qo'shiladi,[22] va shuningdek, Cloud BioLinux-da foydalanish mumkin (protsedura [23]).

Shuningdek qarang

Adabiyotlar

  1. ^ Rost, B. (1999). "Alacakaranlık oqsillar ketma-ketligi hizalamaları". Protein muhandisligi. 12 (2): 85–94. doi:10.1093 / protein / 12.2.85. PMID  10195279.
  2. ^ Altschul S.F. va Gish, V. (1996) Mahalliy tekislash statistikasi. Usullari Enzimol., 266, 460-480.
  3. ^ Altschul S., Madden, T., Shaffer, A., Zhang, J., Zhang, Z., Miller, V. va Lipman, D. (1997 Gapped Blast and PSI-Blast: yangi avlod oqsillar ma'lumotlar bazasini qidirish dasturlari. Nuklein kislotalari, 25, 3389-3402.)
  4. ^ Przybylski D. va Rost, B. (2002) Hizalamalar o'sib boradi, ikkilamchi tuzilmani bashorat qilish yaxshilanadi. Oqsillar, 46, 195-205.
  5. ^ Jones D.T. (1999) Pozitsiyaga xos skorlama matritsalariga asoslangan oqsillarning ikkilamchi tuzilishini bashorat qilish. J. Mol. Biol., 292, 195-202.
  6. ^ Hofmann K., Bucher, P., Falket, L. va Bayroch, A. (1999) PROSITE ma'lumotlar bazasi, uning 1999 yildagi holati. Nuklein kislotalari rez., 27, 215-219.
  7. ^ Rost B. (1996) PHD: profilga asoslangan neyron tarmoqlari bo'yicha bir o'lchovli oqsil tuzilishini bashorat qilish. Usullari Enzimol., 266, 525-539
  8. ^ Rost B. (2001) Proteinning ikkilamchi tuzilishini bashorat qilish o'sishda davom etmoqda. J. Struktur. Biol., 134, 204-218.
  9. ^ Bigelou, X .; Rost, B. (2006). "PROFtmb: bakterial transmembrana beta barrel oqsillarini bashorat qilish uchun veb-server". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 34 (Veb-server muammosi): W186-W188. doi:10.1093 / nar / gkl262. PMC  1538807. PMID  16844988.
  10. ^ Lupas A., Van Deyk, M. va Stock, J. (1991) oqsillar ketma-ketligidan o'ralgan spirallarni taxmin qilish. Ilm-fan, 252, 1162–1164.
  11. ^ Punta, M.; Rost, B. (2005). "PROFcon: uzoq masofali aloqalarni yangi bashorat qilish". Bioinformatika. 21 (13): 2960–2968. doi:10.1093 / bioinformatika / bti454. PMID  15890748.
  12. ^ Wootton JC va Federhen, S. (1996) ketma-ketlik ma'lumotlar bazalarida kompozitsiyaga asoslangan mintaqalarni tahlil qilish. Usullari Enzimol., 266, 554-571.
  13. ^ Liu J., Tan, H. va Rost, B. (2002) Loop oqsillari evolyutsiyada saqlanib qolgan ko'rinadi. J. Mol. Biol., 322, 53-64
  14. ^ Liu J. va Rost, B. (2003) NORSp: muntazam ikkinchi darajali tuzilishga ega bo'lmagan uzoq mintaqalarni bashorat qilish. Nuklein kislotalari rez., 31, 3833-3835
  15. ^ Kokol M., Nair, R. va Rost, B. (2000) Yadro lokalizatsiya signallarini topish. EMBO Rep., 1, 411-415.
  16. ^ Nair R., Karter, P. va Rost, B. (2003) NLSdb: yadroviy lokalizatsiya signallari ma'lumotlar bazasi. Nuklein kislotalari rez., 31, 397-399
  17. ^ Nair R. va Rost, B. (2003) Evolyutsion va tarkibiy ma'lumotlarni birlashtirib, hujayra osti lokalizatsiyasini yaxshiroq taxmin qilish. Oqsillar, 53, 917-930
  18. ^ Vrzzzzinskiy K.O. va Rost, B. (2004) Hujayra siklini boshqarishda katalogizatsiya oqsillari. Usullari Mol. Biol., 241, 219-223
  19. ^ Amor, JJ va boshqalar. Cho'chqalardan chiziqlarga: Debian orqali sayohat. DebConf5 (Debian yillik dasturchilar yig'ilishi) materiallarida. 2005. Citeseer.
  20. ^ Debian bepul dasturiy ta'minot (DFSG). Mavjud: http://www.debian.org/social_contract#guidelines
  21. ^ Dawn Field, BT, Tim Booth, Stewart Houten, Dan Swan, Nikolas Bertrand, Milo Thurston. Bio-Linux 7. 2012 yil; Mavjud: http://nebc.nerc.ac.uk/tools/bio-linux/bio-linux-7-info
  22. ^ Debian orqali yangi paketlar. Mavjud: https://wiki.ubuntu.com/UbuntuDevelopment/NewPackages#NEW_packages_through_Debian
  23. ^ Krampis, K. va boshq., Cloud BioLinux: genomika hamjamiyati uchun oldindan tuzilgan va talab bo'yicha bioinformatik hisoblash. BMC Bioinformatika, 2012. 13: s. 42

Tashqi havolalar