Protein-ligandni biriktirish - Protein–ligand docking

Protein-ligandni biriktirish a molekulyar modellashtirish texnika. Protein-ligandni biriktirishning maqsadi a-ning joylashishini va yo'nalishini bashorat qilishdir ligand (kichik molekula) a ga bog'langanda oqsil retseptorlari yoki fermentlari.[1] Farmatsevtika tadqiqotlari docking texnikasini turli maqsadlarda qo'llaydi, eng muhimi virtual skrining ehtimol giyohvand moddalarga nomzodlarni tanlash uchun mavjud bo'lgan kimyoviy moddalarning katta ma'lumotlar bazalari.

Oqsillar bilan o'zaro ta'sir qiluvchi kichik molekulalar yoki peptidlarning joylashishini, geometriyasini va energiyasini hisoblaydigan bir qator protein-ligand biriktiruvchi dasturiy ta'minot mavjud. AutoDock va AutoDock Vina, rDock, FlexAID, Molekulyar ish muhiti va Glide.

Proteinning moslashuvchanligi

So'nggi yigirma yil ichida hisoblash qobiliyati keskin oshdi, bu kompyuter yordamida dori vositalarini loyihalashda yanada murakkab va hisoblashning intensiv usullaridan foydalanishga imkon berdi. Biroq, docking metodologiyasida retseptorlarning moslashuvchanligi bilan shug'ullanish hali ham dolzarb masaladir.[2] Ushbu qiyinchilikning asosiy sababi bu turdagi hisob-kitoblarda hisobga olinishi kerak bo'lgan juda ko'p erkinlik darajasidir. Biroq, aksariyat hollarda, uni e'tiborsiz qoldirish, haqiqiy dunyo sharoitida majburiy pozitsiyani bashorat qilish nuqtai nazaridan yomon natijalarga olib keladi.[3] Ushbu muammoni bartaraf etish uchun qo'pol donli oqsil modellaridan foydalanish istiqbolli yondashuvga o'xshaydi.[2] Dag'al taneli modellar holatida ko'pincha amalga oshiriladi oqsil-peptidni biriktirish, chunki ular ko'pincha konformatsiyaning keng ko'lamli o'tishlarini o'z ichiga oladi oqsil retseptorlari.[4]

Shuningdek qarang

Adabiyotlar

  1. ^ Teylor, R.D .; Jewsbury, PJ .; Esseks, JW (2002-03-01). "Proteinli molekulalarni biriktirish usullarini ko'rib chiqish". Kompyuter yordamida molekulyar dizayn jurnali. 16 (3): 151–166. doi:10.1023 / A: 1020155510718. ISSN  1573-4951. PMID  12363215.
  2. ^ a b Antunes, Dinler A; Devurs, Dide; Kavraki, Lidiya E (2015-09-28). "Dori-darmonlarni loyihalashda oqsil moslashuvchanligi muammolarini tushunish" (PDF). Giyohvand moddalarni kashf qilish bo'yicha mutaxassislarning fikri. 10 (12): 1301–1313. doi:10.1517/17460441.2015.1094458. hdl:1911/88215. ISSN  1746-0441. PMID  26414598.
  3. ^ Cerqueira, N. M. F. S. A.; Bras, N. F.; Fernandes, P. A .; Ramos, M. J. (2009-07-10). "MADAMM: avtomatlashtirilgan molekulyar modellashtirish protokoli bilan ko'p bosqichli ulanish". Proteinlar: tuzilishi, funktsiyasi va bioinformatika. 74 (1): 192–206. doi:10.1002 / prot.22146. PMID  18618708.
  4. ^ Ciemny, Maciej; Kurtsinski, Mateush; Kamel, Karol; Kolinski, Anjey; Olam, Navsod; Schueler-Furman, Ora; Kmiecik, Sebastyan (2018-05-04). "Protein-peptidni biriktirish: imkoniyatlar va muammolar". Bugungi kunda giyohvand moddalarni kashf etish. 23 (8): 1530–1537. doi:10.1016 / j.drudis.2018.05.006. ISSN  1359-6446. PMID  29733895.

Tashqi havolalar

  • BioLiP, ligand va oqsillarning o'zaro ta'sirlar ma'lumotlar bazasi