SHIFTCOR - SHIFTCOR
| Tarkib | |
|---|---|
| Tavsif | Protein kimyoviy siljishini qayta yo'naltirish uchun |
| Ma'lumot turlari qo'lga olindi | Ma'lumot kiritish: BMRB yoki SHIFTY formatidagi kimyoviy smenali topshiriqlar va mos keladigan 3D oqsil tuzilishi (PDB formati); Ma'lumotlar chiqishi: Yo'naltiruvchi tuzatilgan kimyoviy smenali topshiriqlar |
| Aloqa | |
| Ilmiy-tadqiqot markazi | Alberta universiteti |
| Laboratoriya | Doktor Devid Uishart |
| Birlamchi iqtibos | [1] |
| Kirish | |
| Veb-sayt | http://shiftcor.wishartlab.com/ |
| Turli xil | |
| Kuratsiya siyosati | Qo'l bilan davolangan (so'nggi yangilanish: 2003 yil) |
SHIFTCOR (Shift tuzatish) - bu bepul veb-server hamda mustaqil kompyuter dasturi oqsil kimyoviy siljishini qayta yo'naltirish.[1] Kimyoviy siljish murojaat qilish biomolekulyarda ayniqsa keng tarqalgan muammo hisoblanadi NMR mavjud bo'lganlarning 25 foizigacha NMR kimyoviy siljish topshiriqlarga noto'g'ri havola qilingan.[1] Ushbu mos yozuvlar muammolarining ba'zilari 1,0 dan 2,5 ppm gacha bo'lgan tizimli xatolarga olib kelishi mumkin (ayniqsa 13C va 15N kimyoviy siljishlarda). Bunday kattalikdagi xatolar, oqsillar orasidagi topshiriqlarni taqqoslash yoki tarkibiy jihatdan izohlash uchun har qanday urinish bilan vayron bo'lishi mumkin kimyoviy siljishlar. Qaysi oqsillar noto'g'ri berilganligini yoki ularga noto'g'ri ishora qilinganligini aniqlash, ular topilganidan keyin xatolarni tuzatish kabi qiyin bo'lishi mumkin. SHIFTCOR dasturi ularni aniqlash va tuzatishda yordam berish uchun ishlab chiqilgan kimyoviy siljish murojaat qilish muammolari. Xususan, u 1H, 13C va 15N magistrallarini taqqoslaydi, aniqlaydi, to'g'rilaydi va qayta yo'naltiradi kimyoviy siljishlar kuzatilganlarni taqqoslash orqali peptidlar va oqsillarni kimyoviy siljishlar bashorat qilingan bilan kimyoviy siljishlar 3D tuzilishidan olingan (yordamida) PDB qiziqtiradigan oqsil (lar) ning koordinatalari) [1][1]. Bashorat qilingan kimyoviy siljishlar yordamida hisoblab chiqiladi ShiftX dastur.[2] Dastlab SHIFTCOR dasturi RefDB deb nomlangan to'g'ri qayta havola qilingan oqsil kimyoviy siljish topshiriqlari ma'lumotlar bazasini yaratish uchun ishlatilgan.[1] RefDB veb-ma'lumot bazasi bo'lib, 2000 dan ortiq to'g'ri havola qilingan oqsil kimyoviy siljish topshiriqlaridan iborat. Dastlab faqat mustaqil dastur sifatida mavjud bo'lgan SHIFTCOR, keyinchalik veb-server sifatida umumiy foydalanish uchun chiqarildi.
Shuningdek qarang
- Kimyoviy siljish
- NMR
- Oqsil
- Protein tuzilishi ma'lumotlar bazasi
- Protein kimyoviy siljishini qayta yo'naltirish
- Proteinning ikkilamchi tuzilishi
- Oqsillarni kimyoviy siljishini bashorat qilish
- Kimyoviy siljish ko'rsatkichi
- Protein NMR
Adabiyotlar
- ^ a b v d e Chjan, H; Nil, S .; Wishart, DS (2003). "RefDB: Bir xil yo'naltirilgan oqsil kimyoviy siljishlar ma'lumotlar bazasi". J. Biomol. NMR. 25 (3): 173–195. doi:10.1023 / A: 1022836027055. PMID 12652131.
- ^ Nil, S; Nip, A .; Chjan, X.; Wishart, DS (2003). "Oqsil 1H, 13C va 15N kimyoviy siljishini tezkor va aniq hisoblash". J. Biomol. NMR. 26 (3): 215–240. doi:10.1023 / A: 1023812930288. PMID 12766419.