SMCO4 - SMCO4

SMCO4
Identifikatorlar
TaxalluslarSMCO4, C11orf75, FN5, o'ralgan spiral domenlari 4 bo'lgan bir martalik membrana oqsillari
Tashqi identifikatorlarOMIM: 609477 HomoloGene: 137340 Generkartalar: SMCO4
Gen joylashuvi (odam)
Xromosoma 11 (odam)
Chr.Xromosoma 11 (odam)[1]
Xromosoma 11 (odam)
SMCO4 uchun genomik joylashuv
SMCO4 uchun genomik joylashuv
Band11q21Boshlang93,478,472 bp[1]
Oxiri93,543,391 bp[1]
Ortologlar
TurlarInsonSichqoncha
Entrez

56935

n / a

Ansambl

ENSG00000166002

n / a

UniProt

Q9NRQ5

n / a

RefSeq (mRNA)

NM_020179

n / a

RefSeq (oqsil)

NP_064564

n / a

Joylashuv (UCSC)Chr 11: 93.48 - 93.54 Mbn / a
PubMed qidirmoq[2]n / a
Vikidata
Insonni ko'rish / tahrirlash

SMCO4 (Dumaloq spiral domenlari 4 bo'lgan bitta o'tkazuvchan membrana oqsillari 4) insondir gen kodini FN5 oqsil. FN5 oqsili bir martalik transmembran oqsili, demak, oqsilning bir uchi ichida qoladi sitoplazma, oqsilning boshqa uchi esa uning ichki qismiga ta'sir qiladi hujayra.

Gen xususiyatlari

SMCO4 geni joylashgan 11-xromosoma, 11q13.3-q23.3 ning o'ziga xos xromosoma koordinatalari bilan Homo sapiens.[3] SMCO4 ikkita umumiy taxallusga ega: C11orf75 (Xromosoma 11 ochiq o'qish doirasi 75) va FN5.[4]

mRNA xususiyatlari

SMCO4 7 ga ega izoformlar yilda Homo sapiens.[5] SMCO4 izoform 1 9 ga ega exons, qolgan izoformalarda esa har xil miqdordagi ekzonlar mavjud. Ushbu izoformlar quyidagi jadvalda keltirilgan, ma'lumot uchun ularning kirish raqamlari ko'rsatilgan.

IsoformSMCO4 izoform x1SMCO4 izoform x2SMCO4 izoform x3SMCO4 izoform x4SMCO4 izoform x5SMCO4 izoform x6SMCO4 izoform x6
NCBIga qo'shilish #XM_011542907.1XM_011542908.2XM_011542909.1XM_011542910.2XM_017018019.1XM_017018020.1XM_011542911.2

Oqsil

Tartib uzunligi (bp)Oqsillar ketma-ketligi uzunligi (aa)[3]Molekulyar Og'irligi (kD)[6]Izoelektrik nuqta[6]
979596.710.75

MRQLKGKPKKETSKDKKERKQAMQEARQQITTVVLPTLAVVVLLIVVFVYVATRPTITE

Kodlangan oqsil SMCO4 boy fosforlanadigan aminokislotalar va yuqori pH qiymatiga ega. Bashorat qilingan oqsillarni takrorlash mavjud emas. Protein tashqi membranasida mavjudligini isbotlovchi dalillar mavjud mitoxondriya.[7] Yo'qligi N-terminalli signal peptidi oqsilni tark etish qobiliyatiga ega emasligini ko'rsatadi organelle u transmembran oqsili ekanligi haqidagi bilim bilan o'zaro bog'liqdir.

Tuzilishi

FN5 oqsilining tuzilishi hanuzgacha ma'lum emas, ammo oqsil sifatlari oqsil tuzilishini bashorat qilishda foydalidir. Proteinning biron birini qabul qilishi haqida hech qanday dalil yo'q Beta-burilish; uning ikkilamchi tuzilish faqat tarkib topgan bo'lar edi alfa-spirallar. Ikki alohida spiral mavjud: transmembran spirali va alfa spirali.

Ushbu rasm FN5 oqsilini qabul qilishi mumkin bo'lgan strukturaning animatsion tasviridir. C-terminali qizil rangda, N-terminali esa ko'k rangda ko'rsatilgan.

Ifoda

Protein Atlas ma'lumotlar bazasidan olingan ushbu rasm tanadagi turli sohalarda SMCO4 genining ekspression darajasini ko'rsatadi.

Ifodalarni tahlil qilish

SMCO4 odamlarda ifoda eng yuqori bo'lishi taxmin qilingan tuprik bezlari.[8][9] Umuman olganda, bor edi RNK insonning 37 to'qimasida ko'rsatilgan to'qima ekspressioni va 71 tarkibidagi oqsilning ifodasi hujayra turlari.[9]

Ifodalarni tartibga solish

SMCO4 emas hamma joyda odamlar bo'ylab ifoda etilgan. Dalil mavjud ifoda SMCO4 ni turli xil omillar osonlikcha boshqaradi va doimiy ifoda etish ehtimoli yo'q. Ushbu ekspresyonni tartibga solishning bir misoli, SMCO4 ekspressionining mavjudligini oshirganligini ko'rsatadigan tajribadan kelib chiqadi Gamma-tokotrienol.[10][11]

Bashorat qilingan o'zaro ta'sirlar

SMCO4 quyidagi oqsillar bilan o'zaro ta'sir qilishi taxmin qilinmoqda:[12]

BNIP3LBCL2 / adenovirus E1B 19kDa oqsil bilan o'zaro ta'sir qiluvchi oqsil 3 ga o'xshash
SYNE4Yadro konvertini o'z ichiga olgan Spektrinni takrorlang oila a'zosi 4
CCDC155155 tarkibidagi spiral-domen domeni

Tabiatni muhofaza qilish

Ikki mikroRNKlar, miR-124-3p.1 va miR-183-5p.1, har xil darajada yuqori darajada saqlanib qolgan deb o'ylashadi umurtqali hayvonlar. BularicroR io RNKlari ikkalasi ham tabiatan neyrondir.[13]

Ortologlar

Ortologlar ning SMCO4 sutemizuvchilar, qushlar, sudralib yuruvchilar, amfibiyalar, hasharotlar va parazitlar kabi turli xil turlarda topilgan. Primatlar doimiy ravishda odamning SMCO4 ketma-ketligi bilan eng yuqori ketma-ketlik identifikatoriga ega ekanligi aniqlandi, so'ngra yo'q bo'lib ketgan baliq turlari Latimeriya chalumnae. Xamirturush turlarida SMCO4 mavjudligiga oid dalillar yo'q edi.

Adabiyotlar

  1. ^ a b v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000166002 - Ansambl, 2017 yil may
  2. ^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
  3. ^ a b Kehrer-Sawatzki H, Moschgath E, Maier C, Legius E, Elgar G, Krone V (iyun 2000). "Fugu rubripes NL1 va FN5 genlarining NF1 (neyrofibromatoz turi 1) genining 5 'yo'nalishi bo'yicha tavsifi va odamning o'xshashlarini xaritalash". Gen. 251 (1): 63–71. doi:10.1016 / s0378-1119 (00) 00188-8. PMID  10863097.
  4. ^ https://genecards.weizmann.ac.il/geneloc-bin/display_map.pl?range_type=within_id&chr_nr=11&around_id=574243&around_marker=SMCO4&start_bp=93478472&end_bp=935868&&_b&&==&&=us/. Yo'qolgan yoki bo'sh sarlavha = (Yordam bering)
  5. ^ "Dumaloq spiral 4 (Homo sapiens (odam)] bilan bir martalik SMCO4 membranali oqsil".
  6. ^ a b http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi. Yo'qolgan yoki bo'sh sarlavha = (Yordam bering)[doimiy o'lik havola ]
  7. ^ PSORT II Server. GenScript http://www.genscript.com/tools/psort. Yo'qolgan yoki bo'sh sarlavha = (Yordam bering)
  8. ^ "EST profili".
  9. ^ a b "SMCO4".
  10. ^ "Ko'krak bezi saratoni MCF-7 hujayralariga gamma-tokotrienol ta'siri".
  11. ^ "Tokotrienollar: saraton kasalligiga qarshi kurashning yangi usuli".
  12. ^ "SMCO4 qidiruvi uchun 107 ikkilik o'zaro ta'sirlar topildi". IntAct molekulyar ta'sir o'tkazish ma'lumotlar bazasi. EMBL-EBI. Olingan 2018-08-25.
  13. ^ Dostie J, Mourelatos Z, Yang M, Sharma A, Dreyfuss G (2003 yil fevral). "Yangi mikroRNKlarni o'z ichiga olgan neyron hujayralaridagi ko'plab mikroRNPlar". RNK. 9 (2): 180–6. doi:10.1261 / rna.2141503. PMC  1370383. PMID  12554860.