TCAIM - TCAIM

TCAIM
Identifikatorlar
TaxalluslarTCAIM, C3orf23, TOAG-1, TOAG1, T-hujayra faollashuvi inhibitori, mitoxondrial, T-hujayraning faollashuvi inhibitori, mitoxondriyal
Tashqi identifikatorlarMGI: 1196217 HomoloGene: 45481 Generkartalar: TCAIM
Gen joylashuvi (odam)
Xromosoma 3 (odam)
Chr.Xromosoma 3 (odam)[1]
Xromosoma 3 (odam)
TCAIM uchun genomik joylashuv
TCAIM uchun genomik joylashuv
Band3p21.31Boshlang44,338,119 bp[1]
Oxiri44,409,451 bp[1]
Ortologlar
TurlarInsonSichqoncha
Entrez

285343

382117

Ansambl

ENSG00000179152

ENSMUSG00000046603

UniProt

Q8N3R3

Q66JZ4

RefSeq (mRNA)

NM_001013405

RefSeq (oqsil)

NP_001013423

Joylashuv (UCSC)Chr 3: 44.34 - 44.41 MbChr 9: 122.81 - 122.84 Mb
PubMed qidirmoq[3][4]
Vikidata
Insonni ko'rish / tahrirlashSichqonchani ko'rish / tahrirlash

TCAIM a oqsil odamlarda kodlanganligi TCAIM gen[5][6] (T-hujayra faollashuvi inhibitori, mitoxondriyal).


Gen

Gen joylashgan xromosoma 3, 3p21.31 holatida va 71 333 taglik uzunlikda. Rasm grafigi 1.2-rasmda quyida keltirilgan. TCAIM oqsili 496 qoldiqdan iborat va vazni 57925 Da. U to'rt xilda mavjud izoformlar. TCAIM turli xil turlari orasida juda yaxshi saqlanib qolgan, ammo taniqli proteinlar oilalari uchun homologiyalar mavjud emas funktsiyalari topildi.[7]

Stenogramma

8 ta muqobil ravishda birlashtirilgan ekzonlar mavjud, ular 4-ni kodlashadi transkript variantlari. 3520 bp bo'lgan birlamchi transkript ortologlar orasida yaxshi saqlanib qolgan, inson izoformasi 1 ortologik oqsillar bilan yuqori identifikatsiyaga ega. X1 transkriptida 11 ta ekzonlar mavjud bo'lib, ular a ni beradi polipeptid ya'ni 496 ta aminokislota qoldig'i.[8]

Genomik kontekstli illyustratsiya C3orf23 uchun genomik kontekstli illyustratsiya. Ushbu segmentda xromosomalarning taxminan 150000 tayanch jufti tasvirlangan. Yashil chiziqlar bilan qizil olmoslar transkripsiyaning boshlanishini tasvirlaydi. C3orf23 pastki genga qarama-qarshi transkripsiyada, yuqoridagi gen bilan bir xil yo'nalishda transkripsiyalanadi.

Oqsil

Umumiy xususiyatlar

MulkOldindan proteinTarkib qilingan oqsilYetuk oqsil
Aminokislota uzunligi496470470
Izoelektrik nuqta8.78.58.2-8.6
Molekulyar vazn58 kdal55 kdal~55-57

The izoelektrik nuqta inson oqsillari uchun o'rtacha (6,81) o'rtacha.[9]

Tuzilishi

Bashorat qilingan o'ng tomonga ko'rsatiladi uchinchi darajali tuzilish oqsil. U asosan uzoq vaqtdan iborat alfa-spirallar oqsil uzunligi bo'ylab tarqalgan bir necha spiral mintaqalar va iplar bilan. Oqsilning uchlari N- va C- terminal uchlariga qarama-qarshi lasan mintaqalaridan iborat.

ITASSER dasturi tomonidan ishlab chiqarilgan TCAIMning taxminiy uchinchi tuzilishi.[10]

Ifoda

TCAIM o'rtacha ifoda etilgan (50-75%) tanadagi ko'pchilik to'qimalarda.[11] Biroq, NCBI GEO-da kasallik holatlarining TCAIM-ga ta'sirini muhokama qiladigan tadqiqot mRNA ifoda oqsil ekspressioni aslida ko'tarilganligini aniqladi HPV ijobiy HPV salbiy to'qimalariga nisbatan to'qimalar. Boshqa bir tadqiqot shuni ko'rsatdiki, TCAIM ekspressioni bo'lgan odamlarda ko'tarilgan 2-toifa diabet va insulin qarshiligi. TCAIMning ifodasi turli holatlarda kasallikning o'ziga xos holatiga bog'liq.[12]

Inson tanasidagi TCAIM ifodasi.[11]

Subcellular localization

Oqsil tarkibida mitoxondriyal mavjud signal peptidi uni mahalliylashtirish mitoxondriyal matritsa.[13] Orqali tahlil qilish EXPASY mahalliylashtirish dasturi[14] ushbu topilmani tasdiqladi. Inson oqsilining yuqori izoelektrik nuqtasi buning yana bir dalilidir mitoxondrial mitokondriyal matritsaning yuqori pH qiymati tufayli lokalizatsiya.

Tarjimadan keyingi modifikatsiyalar

Tozalash joylari

Protein dastlab kesilgan 26 ta aminokislotani N-terminalidan olib tashlash uchun. Bu mitoxondriyada lokalizatsiya qilinganidan keyin signal peptidini anglatadi.[13]

Fosforillanish

Bir qator taxmin qilinmoqda fosforillanish o'ngdagi rasmda ko'rinib turganidek saytlar. Serin qoldiqlari fosforillanishga qaraganda ko'proq uchraydi treonin yoki tirozin qoldiqlar.

TCAIM fosforillanish joylari.[15]

O bilan bog'langan glikosilatsiya

Bashorat qilingan qatorlar o'ng tomonda ko'rsatiladi bog'langan saytlar. Hozircha hech kim eksperimental tarzda aniqlanmagan.[qachon? ]

TCAIM O bilan bog'langan glikosilatlanish joylari.[16]

Gomologiya va evolyutsiya

Gomologlar

Hizalama Homo sapiens TCAIM va Danio rerio (Zebrafish) gomologlar SDSC dastgohi yordamida amalga oshirildi. Ikki ortelog o'rtasida taxminan 55% identifikatsiya mavjud bo'lib, global hizalanish ballari 1817 ga teng. Ikki ortolog o'zlarining ketma-ketligi davomida bir-biriga o'xshashdir. Ikki gen o'rtasidagi farqlar, hizalamada tarqalgan konservalangan va yarim himoyalangan qoldiqlarning tasodifiy segmentlari bilan bog'liq. Bu farq ikkala organizm o'rtasidagi bog'liqlik bilan bog'liq bo'lishi mumkin.[17]

TCAIM evolyutsiyasi bilan taqqoslaganda sitoxrom S va fibrinogen.

Evolyutsion tarix

TCAIM tezroq ajralib chiqdi sitoxrom S, lekin nisbatan bir oz sekinroq fibrinogen.[18]

Funktsiya

Haqida ko'p narsa ma'lum emas funktsiya; bu oqsil rol o'ynashi mumkinligi taxmin qilinmoqda apoptoz ning T hujayralari. TCAIM mitoxondriya orqali tug'ma immunitet signalida rol o'ynashi mumkin.[19]

Klinik ahamiyati

Vogel va boshqalar tomonidan tadqiqot o'tkazildi. Ular ilgari TCAIM transplantatsiya qilingan bemorlarning transplantatsiyasi va to'qimalarida yuqori darajada ifoda etilganligini va oqsil mitoxondriyada joylashganligini aniqladilar. Ushbu tadqiqotda ular TCAIM CD11c (+) bilan o'zaro ta'sir qilishi va ular bilan tartibga solinishini aniqladilar. dendritik hujayralar.[19] Hendrikson va boshqalarning yana bir maqolasi. el TCAIM haqida qisqacha eslatib o'tadi. Ular yadro bilan kodlangan mitoxondriyal genlarning genetik variantlari ta'sir qilishini aniqladilar OITS rivojlanish.[7] Uchinchi maqola - TCAIM (mitoxondriyal genlar bilan birgalikda) marker bemorlarda ular qabul qila oladimi yoki yo'qligini taxmin qilishadi allograft yoki rad eting.[20]

Adabiyotlar

  1. ^ a b v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000179152 - Ansambl, 2017 yil may
  2. ^ a b v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000046603 - Ansambl, 2017 yil may
  3. ^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
  4. ^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
  5. ^ Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, Derge JG, Klausner RD, Collins FS, Wagner L, Shenmen CM, Schuler GD, Altschul SF, Zeeberg B, Buetow KH, Schaefer CF, Bhat NK, Hopkins RF, Jordan H, Mur T , Maks SI, Vang J, Xsi F, Diatchenko L, Marusina K, Fermer AA, Rubin GM, Xong L, Stapleton M, Soares MB, Bonaldo MF, Kasavant TL, Scheetz TE, Braunshteyn MJ, Usdin TB, Toshiyuki S, Karninchi. P, Prange C, Raha SS, Loquellano NA, Peters GJ, Abramson RD, Mullaxi SJ, Bosak SA, McEwan PJ, McKernan KJ, Malek JA, Gunaratne PH, Richards S, Worley KC, Hale S, Garcia Garcia, Gay LJ, Hulyk SW, Villalon DK, Muzny DM, Sodergren EJ, Lu X, Gibbs RA, Fahey J, Helton E, Ketteman M, Madan A, Rodrigues S, Sanches A, Whiting M, Madan A, Young AC, Shevchenko Y, Bouffard GG , Blakesley RW, Touchman JW, Green ED, Dickson MC, Rodriguez AC, Grimwood J, Schmutz J, Myers RM, Butterfield YS, Krzywinski MI, Skalska U, Smailus DE, Schnerch A, Schein JE, Jones SJ, Marra MA (dekabr 2002). "15000 dan ortiq to'liq uzunlikdagi odam va sichqonchani cDNA sekanslarini yaratish va dastlabki tahlil qilish". Proc Natl Acad Sci U S A. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002 yil PNAS ... 9916899M. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC  139241. PMID  12477932.
  6. ^ "Entrez Gen: C3orf23 xromosomasi 3 ochiq o'qish doirasi 23".
  7. ^ a b Hendrickson SL, Lautenberger JA, Chinn LW, Malasky M, Sezgin E, Kingsley LA, Goedert JJ, Kirk GD, Gomperts ED, Buchbinder SP, Troyer JL, O'Brien SJ (2010). "Yadro kodlangan mitoxondriyal genlarning genetik variantlari OITS rivojlanishiga ta'sir qiladi". PLOS ONE. 5 (9): e12862. Bibcode:2010PLoSO ... 512862H. doi:10.1371 / journal.pone.0012862. PMC  2943476. PMID  20877624.
  8. ^ "TCAIM T hujayralari faollashuvining inhibitori, mitoxondriyal [Homo sapiens (odam)] - Gen - NCBI".
  9. ^ Kozlowski, Lukasz P. "Proteome-pI - Proteome Isoelectric Point ma'lumotlar bazasi statistikasi". isoelectricpointdb.org. Qabul qilingan 2017-04-30.
  10. ^ J Yang, R Yan, A Roy, D Xu, J Poisson, Y Chjan. I-TASSER Suite: Proteinlarning tuzilishi va funktsiyalarini bashorat qilish. Tabiat usullari, 12: 7-8, 2015.
  11. ^ a b Uhlén M va boshq, 2015. Inson proteomining to'qimalarga asoslangan xaritasi. SciencePubMed: 25613900 DOI: 10.1126 / science.1260419
  12. ^ "GDS161 / RC_N95260_at".
  13. ^ a b https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=TCAIM
  14. ^ "ExPASy: SIB Bioinformatics Resurs Portali - Kategoriyalar".
  15. ^ Zexian Lyu, Yongbo Vang, Xen Cheng, Vankun Deng, Chjitshen Pan, Shahid Ullah, Dzyan Ren va Yu Syu. 2015 yil, yuborilgan
  16. ^ Oddiy O-GalNAc glikoproteomini SimpleCell texnologiyasi orqali aniq xaritalash.Steentoft C, Vaxrushev SY, Joshi HJ, Kong Y, Vester-Kristensen MB, Shjoldager KT, Lavrsen K, Dabelsteen S, Pedersen NB, Markos-Silva L, Gupta R, Bennett E.P., Mandel U, Brunak S, Wandall HH, Levery SB, Clausen H.EMBO J, 32 (10): 1478-88, 15 may 2013. (doi: 10.1038 / emboj.2013.79. Epub 2013 yil 12-aprel)
  17. ^ Myers EW, Miller V (1988). "Chiziqli fazoda optimal hizalamalar". Bio-fanlarda kompyuter dasturlari. 4 (1): 11–7. CiteSeerX  10.1.1.107.6989. doi:10.1093 / bioinformatika / 4.1.11. PMID  3382986.
  18. ^ https://genome.ucsc.edu/index.html[to'liq iqtibos kerak ]
  19. ^ a b Vogel SZ, Schlickeiser S, Jyurhott K, Akyuez L, Shumann J, Appelt C, Vogt K, Schröder M, Vaeth M, Berberich-Siebelt F, Lutz MB, Grütz G, Savitski B (2015). "TCAIM dendritik hujayralardagi T-hujayralarni primerlash qobiliyatini TLR tomonidan indikatsiya qilingan Ca2 + oqimini va IL-2 ishlab chiqarishni inhibe qilish orqali pasaytiradi". Immunologiya jurnali. 194 (7): 3136–46. doi:10.4049 / jimmunol.1400713. PMID  25750433.
  20. ^ Savitski B, Bushell A, Steger U, Jons N, Rish K, Siepert A, Lehmann M, Shmitt-Knosalla I, Fogt K, Gebur I, Vud K, Volk HD (2007). "Allograftni rad etish yoki doimiy qabul qilishni bashorat qilish uchun gen markerlarini aniqlash". Amerikalik transplantatsiya jurnali. 7 (5): 1091–102. doi:10.1111 / j.1600-6143.2007.01768.x. PMID  17456197. S2CID  20348485.

Tashqi havolalar

Qo'shimcha o'qish