TMEM275 - TMEM275

TMEM275 (Transmembran oqsili 275[1]) a oqsil odamlarda TMEM275 tomonidan kodlangan gen.[2] TMEM275 ikkita, juda konservalangan, spiral trans-membrana mintaqalar.[3][4] Ichida yashashi taxmin qilinmoqda plazma membranasi yoki endoplazmatik to'r membrana.[5]

Gen

Lokus

Yilda odamlar, gen joylashgan xromosoma tasmasi 1p33 minus ipida.[2][6] U, ayniqsa, 1-xromosomada chr1: 46,532,166-46,543,969 da joylashgan.[6] TMEM275 11,804 ot kuchiga teng.[6]

TMEM275 Genomik joylashuvdagi gen: Ensemblga ko'ra guruhlar.[7] TMEM275 ning 1-xromosoma ichidagi genomik joylashishini ifodalaydigan qizil chiziq.[6]

Gen mahallasi

Yuqori oqimda minus ip, TMEM275 ning yana biri gen; KNCN.[8]

Bu erda qizil rangda tasvirlangan TMEM275-ning qushlarning ko'rinishi, uning genlari joylashgan joyda.

Transkriptlar

TMEM275 gen to'rttasini kodlaydi exons, ulardan faqat uchtasi oxirgi mRNA transkriptiga kiritilgan.[9] Uchtadan ikkitasi 5 'ga to'g'ri keladi UTR va kodlash ketma-ketligi 177 kodlari aminokislotalar.[2][6] TMEM275 ikkita ikkita potentsialga ega ekanligi aniqlandi izoformlar uning ma'lumotnomasidan tashqarida stenogramma. Malumot izoform ekson 1 ni o'z ichiga olmaydi, X1 izoform esa qisqartirilgan 5 'ga ega UTR va izoform X2 qisqartirilgan 3 'ga ega UTR.[10][11][12] Biroq, ning barcha versiyalari mRNA transkriptlari o'sha hosilni 177 aminokislotalar ketma-ketligi.

Oqsil

Umumiy xususiyatlar

TMEM275 oqsil bashorat qilingan 177 aminokislotani o'z ichiga oladi molekulyar massa 17,2 kDa va a pI 8.13 dan.[13] TMEM275 ning yuqori darajasi borligi aniqlandi alanin va prolin ko'pgina oqsillarga qaraganda aminokislota qoldiqlari.[14] Qaraganingizda ortologik boshqa turlar tarkibidagi oqsillar ketma-ketligi, alanin borligi butun vaqt davomida saqlanib qolgan, ammo prolin borligi haqida bir xil gaplarni aytish mumkin emas.

Tahlil EMBL-EBI SAPS bioinformatika dasturi orqali o'tkazildi. [2]

Birlamchi ketma-ketlik

TMEM275-lar oqsil 177 dan iborat aminokislotalar.[7] Oqsil yoki polipeptid bilan kodlangan zanjir kodlash ketma-ketligi jarayoni orqali amalga oshiriladi tarjima va quyida qiziqish uyg'otadigan boshqa mintaqalar qatorida ko'rsatilgan. Bundan tashqari, poly-A, yoki mavjud poliadenillanish signali, 3'UTR oxirigacha.

TMEM275 ning mRNA ketma-ketligini aminokislotalar bilan belgilangan kontseptual tarjima. Shuningdek, tarjimadan keyingi ba'zi o'zgartirishlar va qiziqish joylari mavjud.

Domenlar

TMEM275 ikkita, yuqori konservalangan, spiral trans-membranali hududlarga ega.[3][4] Mintaqalar binafsha rangdagi kontseptual tarjimada yuqoridagi aminokislota ketma-ketligi ichida ko'rinishi mumkin. Evolyutsiya ari tahlili shuni ko'rsatdiki trans-membrana domenlar hamma uchun yuqori darajada saqlanib qolgan orlog taksonlar.

Protter orqali chizilgan ikkita spiralli transmembrana domenlarini viyual tasviri[2] va EMBOSS Pepwheel[15].

Ikkilamchi tuzilish

Bashorat qilinganlarni tahlil qilish uchun ko'plab dasturlardan foydalanilgan ikkilamchi tuzilish TMEM275 uchun. Bu juda xilma-xil tuzilishga ega ekanligi aniqlandi. Biroq, bashorat ma'lumotlari qo'llab-quvvatlaydi alfa spiral ikkalasining tuzilishi transmembranali domenlar.[16][17][18][19][20]

Tartibga solish

Gen darajasini tartibga solish

Targ'ibotchi

Bashorat qilingan targ'ibotchi mintaqa 1116 bp uzunlikda va joylashgan xromosoma 1 minus ipda va 46535401- 46536515 gacha cho'zilgan.[21]

Promomer (sariq), ekzonlar (yashil), intronlar (kulrang), tarjima qilinmagan hududlar (ko'k) va mumkin bo'lgan transkripsiyani boshlash joylari (qizil) bilan izohlangan TMEM275-ning qushlarning ko'rinishi.

Transkripsiya faktorini bog'laydigan saytlar

Top 20-ni tahlil qilish uchun Genomatix orqali ElDorado ishlatilgan transkripsiya omili majburiy saytlar ichida targ'ibotchi.[22]

TMEM275 ning GXP_8972667 ning vakili diagrammasi targ'ibotchi, Genomatix tomonidan topilgan eng yaxshi 20 ta TF majburiy sayt o'yinlari bilan belgilangan va yuqori matritsali o'xshashlik ballari bilan qaror qilingan, iloji boricha yaqinligi transkripsiyani boshlash saytlari va / yoki primatlar orqali yuqori konservatsiya.

Ifoda namunasi

TMEM275-lar RNK darajalari taxminan 11 xaftada juda yuqori homiladorlik ichida ichak.[23] Ba'zi bir muhim cho'qqilarga 10, 16 va 20 xaftada o'pka, buyrak va buyrak usti to'qimalari kiradi.[24] Shuningdek, odamning tekshirilgan 20 ta to'qimasidan RNK uning ichida bo'lganligi aniqlandi homila miya to'qimasi.[25] To'qimalar turlari bo'yicha keyingi sinovlar TMEM275 ning moyak, miya va prostata bilan to'qima o'ziga xos xususiyatiga ega bo'lishi mumkinligini aniqlaydi.[26] Qalqonsimon bez va tuxumdonlar bilan birga.[27]

Oqsillar darajasini tartibga solish

Subcellular localization

TMEM275 ichida bo'lishi taxmin qilinmoqda plazma membranasi yoki endoplazmatik to'r membrana.[5]

Tarjimadan keyingi modifikatsiyalar

Turli xil PTMlar TMEM275 bilan bog'lanish uchun tahlil qilindi. Bunga a mavjudligini qidirish kiradi SUMO -motiv, atsetilatsiya joylari, signal peptidlarining mavjudligi va har qanday O-GlcNAc uchastkasi va N-miristillanish bashoratlari.[28][29][30]

Ajratish joyi
Ajratish joyi ning metionin TMEM275 ning aminokislota ketma-ketligi ichida ko'rsatilgan.[7]
Fosforillanish
TMEM275 uchun fosforillanish bashorati PTM. Tahlil NetPhos server orqali o'tkazildi va ballar mumkin bo'lgan saytlarning qalin joylarini o'z ichiga oladi.[7]

Gomologiya

Paraloglar

Hech narsa ma'lum emas paraloglar TMEM275 uchun.

Gomologlar

Yo'q gomologlar yoki gomologik domenlar TMEM275 ichida mavjud.

Ortologlar

Hammasi bo'lib 105 organizmlar odamning TMEM275 genlari bilan ortologlari borligi aniqlandi, ularning hammasi Teleostomi yoki jag ' umurtqali hayvonlar, qoplama.[31] Ortologik TMEM275: 49 bo'lgan 105 organizmdan 49 tasi mavjud sutemizuvchilar, 27 bor qushlar, 3 ta toshbaqalar, 3 ta kaltakesaklar, 3 ta amfibiyalar, 19 ta suyakli baliqlar, va 1 - bu alligator.[31]

Shaxsiy foizlar bo'yicha eng o'xshash ketma-ketliklarga ega guruh ajablanarli emas edi Sutemizuvchilar. Ushbu ortologik oqsillarning odamlarga nisbatan foizlari 52,1% dan 70,9% gacha bo'lgan. TMEM275 ortologiga ega bo'lgan, ammo unchalik o'xshash bo'lmagan guruh Aktinopterygii yoki suyakli baliqlar. Ularning foiz o'xshashligi 38,5% dan 47,6% gacha. A o'tkazilishi bilan foiz o'xshashliklari aniqlandi juftlik bilan har bir tur ichidagi har bir ortologik oqsilni inson oqsiliga qarshi tahlil qilish.[32]

Insonning TMEM275 va ularning turlari va turlarini, umumiy nomi, taksonomik guruhi, ajralib chiqish sanasi, qo'shilish raqami, ketma-ketlik uzunligi, odamning TMEM275-ga nisbatan ketma-ketligi va insonning TMEM275-ga nisbatan o'xshashligi bilan taqqoslash uchun tanlangan ortologlarning jadval ko'rinishi. Ajralish sanasi bo'yicha, keyin foiz identifikatsiyasi bo'yicha saralanadi.

Filogeniya

Gen ko'rinishi

TMEM275 suyak baliqlari ichida yoki 435 MYA paydo bo'lganga o'xshaydi Aktinopterygii.

O'zaro ta'sir qiluvchi oqsillar

Hech narsa ma'lum emas edi oqsillarning o'zaro ta'siri TMEM275 uchun.

Klinik ahamiyati

TMEM275-ning tibbiy ma'lumotlarga aloqasi yo'q kasallik.

Adabiyotlar

  1. ^ "TMEM275 Gen - GeneCards | TM275 Protein | TM275 Antikor". www.genecards.org. Olingan 2020-05-01.
  2. ^ a b v d e "TMEM275 transmembran oqsili 275 [Homo sapiens (odam)] - Gen - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2020-05-01.
  3. ^ a b "Protter - interaktiv oqsil xususiyatlarini vizualizatsiya qilish". wlab.ethz.ch. Olingan 2020-05-04.
  4. ^ a b "TMEM275 transmembran oqsili 275 [Homo sapiens (odam)] - Gen - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2020-05-04.
  5. ^ a b "PSORT II bashorati". psort.hgc.jp. Olingan 2020-05-05.
  6. ^ a b v d e "TMEM275 Gen - GeneCards | TM275 Protein | TM275 Antikor". www.genecards.org. Olingan 2020-05-04.
  7. ^ a b v d "Gen: TMEM275 (ENSG00000282881) - Xulosa - Homo sapiens - Ensembl genom brauzeri 100". useast.ensembl.org. Olingan 2020-05-04.
  8. ^ "KNCN kinosilin [Homo sapiens (odam)] - Gen - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2020-05-04.
  9. ^ "Genome Data Viewer". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2020-05-04.
  10. ^ "TA'MINLANGAN: Homo sapiens transmembran oqsili 275 (TMEM275), transkript varianti X1, mRNA". 2020-03-02. Iqtibos jurnali talab qiladi | jurnal = (Yordam bering)
  11. ^ "TA'MINLANGAN: Homo sapiens transmembran oqsili 275 (TMEM275), transkript varianti X2, mRNA". 2020-03-02. Iqtibos jurnali talab qiladi | jurnal = (Yordam bering)
  12. ^ "Homo sapiens transmembran oqsili 275 (TMEM275), mRNA". 2019-07-07. Iqtibos jurnali talab qiladi | jurnal = (Yordam bering)
  13. ^ "ExPASy - hisoblash pI / Mw vositasi". web.expasy.org. Olingan 2020-05-01.
  14. ^ "SAPS . www.ebi.ac.uk. Olingan 2020-05-04.
  15. ^ "EMBOSS: pepwheel". www.bioinformatics.nl. Olingan 2020-05-01.
  16. ^ "PHYRE2 oqsillarini katlamani tanib olish serveri". www.sbg.bio.ic.ac.uk. Olingan 2020-05-05.
  17. ^ "NPS @: kelishuvning ikkilamchi tuzilishini bashorat qilish". npsa-prabi.ibcp.fr. Olingan 2020-05-05.
  18. ^ "CFSSP: Chou & Fasmanning ikkilamchi tuzilishini prognoz qilish serveri". www.biogem.org. Olingan 2020-05-05.
  19. ^ "JPred: Proteinning ikkilamchi tuzilishini taxmin qiluvchi server". www.compbio.dundee.ac.uk. Olingan 2020-05-05.
  20. ^ "Bioinformatika bo'yicha qo'llanma". toolkit.tuebingen.mpg.de. Olingan 2020-05-05.
  21. ^ "Genomatix: izohlash va tahlil". www.genomatix.de. Olingan 2020-05-01.
  22. ^ "TMEM275 - ElDorado - GenoMatix". www.genomatix.de. Olingan 2020-05-05.
  23. ^ "Inson homilasi rivojlanishida to'qimalarga xos doiraviy RNK induksiyasi". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2020-05-05.
  24. ^ "TMEM275 Gen Expression - Gen - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2020-05-05.
  25. ^ "Insonning 20 ta to'qimasidan umumiy RNKning RNK sekvensiyasi - TMEM275 Gen Expression - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2020-05-05.
  26. ^ "HPA RNA-seq normal to'qimalari - TMEM275 Gen Expression - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2020-05-05.
  27. ^ "Illumina bodyMap2 transkriptom - TMEM275 Gen Expression - Gene - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2020-05-05.
  28. ^ "TERMINUS - terminalga xush kelibsiz". terminus.unige.ch. Olingan 2020-05-05.
  29. ^ "SignalP-5.0". www.cbs.dtu.dk. Olingan 2020-05-05.
  30. ^ "SUMOplot ™ tahlil dasturi | Abcepta". www.abcepta.com. Olingan 2020-05-05.
  31. ^ a b "TMEM275 ortologlari". NCBI. Olingan 2020-05-01.
  32. ^ "EMBOSS ignasi . www.ebi.ac.uk. Olingan 2020-05-01.