TMEM39B - TMEM39B

TMEM39B
Identifikatorlar
Taxalluslar
Tashqi identifikatorlarGenerkartalar: [1]
Ortologlar
TurlarInsonSichqoncha
Entrez

n / a

n / a

Ansambl

n / a

n / a

UniProt

n / a

n / a

RefSeq (mRNA)

n / a

n / a

RefSeq (oqsil)

n / a

n / a

Joylashuv (UCSC)n / an / a
PubMed qidirmoqn / an / a
Vikidata
Insonni ko'rish / tahrirlash

Transmembran oqsili 39B (TMEM39B) odamlarda TMEM39B geni bilan kodlangan oqsil.[1] TMEM39B bu a ko'p qavatli membrana oqsillari sakkizta transmembranali domenlar bilan.[1] Protein plazma membranasi va pufakchalarga joylashadi.[1][2] TMEM39B-ning aniq funktsiyasi hali ilmiy jamoatchilik tomonidan yaxshi tushunilmagan, ammo differentsial ifoda hayot kechirishi bilan bog'liq B hujayrali limfoma, va TMEM39B ning nokdauni pasayish bilan bog'liq avtofagiya bilan yuqtirilgan hujayralarda Sindbis virusi.[3][4] Bundan tashqari, TMEM39B oqsili va SARS-CoV-2 ORF9C (ORF14 nomi bilan ham tanilgan) oqsil.[5] TMEM39B ko'pchilik to'qimalarda mo''tadil darajada namoyon bo'ladi, moyak, platsenta, oq qon hujayralari, buyrak usti bezi, timus va homila miyasida yuqori ekspression mavjud.[6][7]

Gen

Odamlarda TMEM39B geni 1p35.2 plyus ipida joylashgan.[1] Gen 14 eksondan iborat bo'lib, 30.08 kb ni tashkil qiladi, 32.072.031 dan 32.102.866 gacha.[1] Uning yon tomoni KHDRBS1 yuqori oqim va KPNA6 quyi oqim.[1] TMEM39B gen mintaqasi shuningdek o'z ichiga oladi mikroRNK - MIR5585 genini kodlash.[1]

Stenogramma

TMEM39B uchun turli xil promouterlar tomonidan ishlab chiqarilgan to'rtta tasdiqlangan transkript variantlari mavjud muqobil qo'shish.[1] Transkript variant 1 eng uzun va eng ko'p proteinli izoformga tarjima qilingan.

TMEM39B ning transkript variantlari[1]
Transkript variantiRefSeq kirishUzunlik (bp)TavsifExons soni
Transkript variant 1NM_018056.41778 bpIzoform 1-ni kodlaydi9
Transkript variant 2NM_001319677.12106 bpKengaytirilgan 5 'UTR, izoform 2 ni kodlaydi9
Transkript variant 3NM_001319678.21542 bp5 'kodlash mintaqasining bir qismi etishmayapti, izoform 3 kodlanadi7
Transkript 4-variantNM_001319679.21539 bp5 'kodlash mintaqasining bir qismi etishmayapti, izoform 3 kodlanadi7
AceView-dan olingan TMEM39B-ning tasdiqlangan transkript variantlari.[8]

Oqsil

Isoformlar

TMEM39B uchun uchta tasdiqlangan oqsil izoformasi mavjud.[1] Isoform 1 eng uzun, qolgan ikkita izoform esa quyi oqim ichidagi start kodonidan foydalanadi.[1]

TMEM39B ning oqsil izoformlari
Protein izoformiProtein hajmiMolekulyar og'irlikTavsif
Isoform 1492 aa56 kDaEng uzun va eng ko'p izoform
Isoform 2365 aa42 kDaN-terminalda qisqaroq, quyi oqim ichidagi start kodonidan foydalaniladi
Isoform 3293 aa33 kDaN-terminalda qisqaroq, quyi oqim ichidagi start kodonidan foydalaniladi

Umumiy xususiyatlar

Protter tomonidan bashorat qilingan TMEM39B topologiyasining diagrammasi.[9]

Insonning TMEM39B oqsil izoformasi 1 492 aminokislotadan iborat va taxmin qilingan molekulyar og'irligi 56 kDa ga teng.[1] Oqsilning bazal izoelektrik nuqtasi (pI) 9,51 ga teng.[10] Inson proteomining tarkibi bilan taqqoslaganda, TMEM39B serin, gistidin va lösin foizining yuqori foiziga va glutamat va aspartatning past foiziga ega bo'lib, uni umuman asosiy qiladi.[11] Unda ikki juft tandem takrorlanishi mavjud: 21-28 aminokislotalardan "GSSG" va 107-114 aminokislotalardan "PPSH".[11] 168-195 aminokislotalaridan tashqari ettita qoldiq oralig'ida joylashgan to'rtta leychinning davriy motifi mavjud bo'lib, u leytsin fermuarini hosil qilishi taxmin qilinmaydi. 183-202 aminokislotalaridan uch marta takrorlanadigan "F..Y" motifi va 409-416 aminokislotalarning qoldiqlarida fenilalanin motifi mavjud.[11] E'tiborga molik zaryad klasterlari, zaryadlarning ishlashi yoki bo'shliqlari mavjud emas, shuningdek saralash signallari mavjud emas.[11]

Topologiya

TMEM39B izoform 1 sakkizta transmembran mintaqani o'z ichiga oladi va N-va C-terminallar sitosolda joylashishi taxmin qilinmoqda.[9]

Tartibga solish

Gen darajasida tartibga solish

Targ'ibotchi

TMEM39B uchun promouterlar.

TMEM39B GenoMatix ElDorado tomonidan taxmin qilingan bir nechta promouterlik mintaqalariga ega.[12] Aksariyat promouterlar xuddi shu mintaqada bir-biriga o'xshashdir, bu erda boshqa promouterdan foydalanish faqat birinchi eksonni o'tkazib yuborishiga olib keladi.

Transkripsiya omillari

TMEM39B transkript variant 1 promouteri ko'plab transkripsiya omillarini bog'laydigan joylarni o'z ichiga oladi. Transkripsiya omillari SMARCA3, TLX1 va CMYB ning bog'lanish joyi yaqinida yuqori yaqinlikka ega bo'lgan bog'lanish joylari mavjud transkripsiya omili IIB, shuning uchun ular gen transkripsiyasining potentsial regulyatorlari.[13]

TMEM39B Transkripsiya omillari.
Transkripsiya omiliTavsifMatritsaning o'xshashligi
TCF11TCF11 / LCR-F1 / Nrf1 homodimerlari1
TFIIBTranskripsiya omili II B (TFIIB) tanib olish elementi1
ETV1Ets variant 10.996
ZNF300KRAB tarkibidagi sink barmoq oqsili 3000.994
CMYBc-Myb, gematopoezda muhim, qushlarning mioblastoz virusi onkogen v-myb bilan uyali0.994
ASCL1Achaete-scute oilasi bHLH transkripsiyasi 1-omil0.99
OSR2G'alati-o'tkazib yuborilgan 20.99
E2F1E2F transkripsiyasi omili 10.989
ZNF35Insonning sink barmog'idagi oqsil ZNF350.986
GKLFIchak bilan boyitilgan Krueppelga o'xshash omil0.981
PURALFAPurin bilan boy element A bog'laydigan oqsil0.974
SMARCA3SWI / SNF bilan bog'liq, matritsa bilan bog'liq, xromatinning aktinga bog'liq regulyatori, a oilasi, a'zo 30.973
NFATAktivlashtirilgan T-hujayralarining yadro omili0.971
ZF5Sink barmog'i / POZ domenining transkripsiyasi omili0.962
INSM1Sink barmoq oqsil insulinomasi bilan bog'liq 1 (IA-1)0.958
ZBTB1414 (ZFP-5, ZFP161) o'z ichiga olgan sink barmog'i va BTB domeni.0.914
KLF6Krueppel tipidagi 3 ta barmoq barmoqlari (KLF6, ZF9) bilan yadro promotorini bog'laydigan oqsil (CPBP).0.891
GABPAGA bog'laydigan oqsil transkripsiyasi omili, alfa0.891
TLX1T-hujayrali leykemiya homeobox 10.873
ZNF704Sink barmoq oqsili 7040.847

Ifoda namunasi

RNK sekvensiyasi ma'lumotlari shuni ko'rsatadiki, TMEM39B barcha to'qimalarda, moyak, platsenta, oq qon hujayralari, buyrak usti bezi, timus va homila miyasida yuqori darajalarda namoyon bo'ladi.[6][7] Mikroarray ma'lumotlari shuni ko'rsatadiki, TMEM39B ko'plab to'qimalarda o'rtacha darajada, ma'lum bir to'qima namunasida ifodalangan genlarning 58 foizida ifodalangan.[14] Faoliyat darajasi bo'yicha TMEM39B eng yuqori darajada BDCA4 + dendritik hujayralar, CD19 + B-hujayralar va CD14 + monotsitlardagi boshqa genlarga nisbatan ifodalangan.[14]

Transkript darajasida tartibga solish

miRNA bilan bog'lanish joylari

TMEM39B oqsilining 3 'UTR tarkibida bog'lanish joylari mavjud miRNAlar miR-1290, miR-4450 va miRNA-520d-5p.[15] Ushbu miRNKlarning bog'lanishiga olib kelishi mumkin RNKning sustlashuvi.

TMEM39B transkript variantining 5 'UTR 1. Mfold tomonidan ishlab chiqarilgan tuzilma.[16]
TMEM39B transkript variantining 3 'UTR 1. Mfold tomonidan yaratilgan tuzilma.[16]

mRNK bilan bog'laydigan oqsillar

RNK bilan bog'langan oqsillar SFRS13A, ELAVL1 va KHDRBS3 3 'UTR va oqsillarda bog'lanish joylari mavjud KHSRP, SFRS9 va YBX1 5 'UTR da majburiy saytlarga ega.[17][18]

Ikkilamchi tuzilish

TMEM39B ning 5 'va 3' UTR ning taxmin qilingan ikkilamchi tuzilishi barqarorlik va bog'lanishda rol o'ynashi mumkin bo'lgan bir nechta dastani ko'chadan iborat.[16]

Oqsillar darajasida regulyatsiya

Tarjimadan keyingi modifikatsiyalar

TMEM39B transkript variantining kontseptual tarjimasi 1.

TMEM39B oqsilida taxmin qilingan ko'plab saytlar mavjud tarjimadan keyingi modifikatsiyalar, shu jumladan fosforillanish, SUMOylation, atsetilatsiya va glikosilatsiya.[19][20][21][22][23][24][25] Cys13, Cys87 va Cys264 da bashorat qilingan S-palmitoylyatsiya saytlari ortologlarda saqlanadi. SUMOlyation Lys279 va Lys359 da prognoz qilingan. Fosforillanish, glikatsiya va O-bog'langan-N-asetilglukozaminilatsiyani oqsilning sitosolik mintaqalarida, TMEM39B transkripsiyasi 1-variantining kontseptual tarjimasida izohlanganidek bashorat qilinadi.

Sub-uyali lokalizatsiya

TMEM39B oqsili yordamida pufakchalarga joylashtirilganligi aniqlandi immunohistokimyo.[2]

Gomologiya va evolyutsiya

Paraloglar

Insonning TMEM39B genida 3q13.33 da joylashgan SUSR2 taxallusi (rpl-43 mutantlaridagi SQST-1 agregatlarining supressori) deb nomlangan TMEM39A nomli paralog mavjud.[26] TMEM39A oqsilida 488 ta aminokislotalar mavjud va ular TMEM39B bilan 51,2% identifikatorga ega.[27] TMEM39A paralogining funktsiyasi yaxshi tushunilmagan bo'lsa-da, uning variantlari otoimmun kasallikning katta xavfi bilan bog'liq.[28] TMEM39A paralogining o'zaro aloqasi ham aniqlandi Ensefalomiyokardit virusi (EMCV) kapsid oqsillar virusni regulyatori sifatida avtofagiya yo'l.[29]

Ortologlar

TMEM39B kabi turlarda ham ortologlar mavjud xaftaga tushadigan baliqlar.[27] Sutemizuvchi ortologlar odamning TMEM39B-ga juda o'xshash, ularning identifikatorlik darajasi 85% dan yuqori. Qushlar, sudralib yuruvchilar va amfibiyalardagi ortologlarda odamning TMEM39B identifikatsiyasi foizi 70% dan 85% gacha. Baliqlarda foizlar 40% dan 75% gacha. TMEM39B faqat umurtqali hayvonlarda saqlanadi, ammo TMEM39A paralogida artropodlar kabi uzoq turlarda ortologlar mavjud.[27] NCBI-dan tanlangan orloglarning ro'yxati Portlash quyida ko'rsatiladi.[27]

TMEM39B ortologlari[27]
Tur va turlarUmumiy ismTaksonomik guruhOdamlardan ajralib chiqish sanasi (MYA)[30]Kirish #Tartib uzunligi (aa)Inson oqsilining ketma-ketligiOdam oqsiliga ketma-ket o'xshashlik
Homo sapiensInsonSutemizuvchilar0NP_060526.2492100100
Muskul mushakUy sichqonchasiSutemizuvchilar89NP_955009.149296.198
Ornithorhynchus anatinusPlatypusSutemizuvchilar180XP_028937398.148985.890.5
Gallus gallusQizil o'rmon qushiAves318NP_001006313.24898591.5
Thamnophis elegansG'arbiy quruqlikdagi ilonReptiliya318XP_032083369.149181.588.5
Xenopus tropicalisG'arbiy tirnoqli qurbaqaAmfibiya352NP_001005048.148375.283.2
Oryzias latipesYapon medakasiAktinopterygii433XP_004082414.148874.385.2
Danio rerioZebrafishAktinopterygii433NP_956154.149174.284.9
Erpetoichthys calabaricusReffishAktinopterygii433XP_028675900.148971.884.6
Callorhinchus miliiAvstraliyalik sharpaChondrichthyes465XP_007902480.14907385.1
Amblyraja radiataTikanli skeytChondrichthyes465XP_032900681.150470.583.5
Scyliorhinus torazameBulutli mushukChondrichthyes465GCB75241.137355.565.4

Evolyutsiya

TMEM39B geni 465 million yil avval odamlardan ajralib chiqqan xaftaga tushadigan baliqlarda (xondrichthyes) eng uzoq masofada paydo bo'ladi.[30] TMEM39A paralogining ortologlari taxminan 763 million yil oldin odamlardan ajralib chiqqan artropodlarda uchraydi va bu TMEM39B ning ota-bobolaridan bo'lgan TMEM39A shaklini ko'paytirish orqali hosil bo'lganligini taxmin qiladi.[30]

TMEM39B nisbatan sekin sur'atlarda rivojlanadi; aminokislotalar ketma-ketligining 1% o'zgarishi taxminan 13,9 million yilni talab qiladi. Ortologlarning ketma-ket o'xshashligiga asoslanib, TMEM39B nisbatan 1,5 baravar tezroq rivojlanadi sitoxrom v va nisbatan 7 baravar sekinroq fibrinogen alfa.

O'zaro ta'sir qiluvchi oqsillar

Immunitet oqsillari

Birgalikda immunoprecipitatsiya, MS ga yaqinlik va ikkita gibrid ekranlarni qo'llagan holda, TMEM39B oqsilining turli membranali glikoproteinlar bilan o'zaro aloqasi borligi aniqlandi.[31][32][33] Ko'p o'zaro ta'sir qiluvchi oqsillar immun funktsiyalariga ega, shu jumladan IL13RA1 (interlökin-13 retseptorlari subfa birligi alfa-1), KLRD1 (qotil hujayra lektinga o'xshash retseptorlari subfamily D, a'zo 1) va SEMA7A (semaforin-7A). SEMA7A aktivator sifatida ishlaydi T hujayralari va monotsitlar, KLDR1 esa tabiiy qotil hujayralardagi antigenni kodlaydi.[34][35] IL13RA1 vositachilik qilish taklif qilingan JAK-STAT signalizatsiyasi, bu immunitet hujayralarining faollashishini tartibga soladi.[36]

SARS-CoV-2

TMEM39B oqsili. Bilan o'zaro ta'sir qiladi SARS-CoV-2 Ba'zan ORF14 deb ham ataladigan ORF9c aksessuar oqsili.[5][37] ORF9C nukleokapsid (N) geni ichida joylashgan bo'lib, ORF9b bilan qoplanadi.[37] OFC9c tarkibidagi ikkita mutatsiya paydo bo'ldi erta to'xtash kodonlari SARS-CoV-2 izolatlarida kuzatilgan bo'lib, ushbu o'qish doirasi virusni ko'paytirishi mumkin.[38] ORF9c oqsili transfektsiya qilinganida pufakchalarga joylashishi aniqlangan HeLa hujayralari va sitoplazmatik bo'lmagan domen va transmembran domenga ega bo'lishi taxmin qilinmoqda.[39]

Variantlar

Ko'pchilik SNPlar (bitta nukleotid polimorfizmlari) TMEM39B genida aniqlangan, buning kichikroq qismi sabab bo'ladi noma'lum aminokislota o'zgaradi.[40] Translatsiyadan keyingi modifikatsiyalar, motiflar yoki yuqori darajada konservalangan aminokislotalar joylarida paydo bo'ladigan SNPlar soni kam; ushbu aminokislotalardagi o'zgarishlar fenotipik ta'sirga ega bo'lishi mumkin. Quyidagi jadvalda tanlangan SNPlar ro'yxati keltirilgan, natijada bunday saytlarda o'zgarish yuz beradi.

TMEM39B da tanlangan SNPlar[40]
SNPmRNA pozitsiyasiBaza o'zgarishiAminokislotalarning holatiAminokislotalarning o'zgarishiTavsif
rs1259613993180C> T11S> P"GSSG" takrorlash
rs1446462546271C> T41S> FO-GlcNAc, fosforillanish joyi
rs867417059282A> T45S> CO-GlcNAc, fosforillanish joyi
rs1009960963289C> T47S> FFosforillanish joyi
rs377359320503C> A118N> KYuqori darajada saqlanib qolgan
rs748779192555C> T136R> CYuqori darajada saqlanib qolgan
rs778604874558C> T137R> CYuqori darajada saqlanib qolgan
rs1419668726696T> C183F> L[F..Y] motifi
rs759591458963C> T272R> CYuqori darajada saqlanib qolgan
rs11806953321003G> C285R> PYuqori darajada saqlanib qolgan
rs2000481801009A> G287K> RGlikatsiya sayti
rs14452261081060C> T304P> LYuqori darajada saqlanib qolgan
rs7717439351206C> A353H> NYuqori darajada saqlanib qolgan
rs3762578491294G> A382G> DYuqori darajada saqlanib qolgan
rs13687704551302G> T385V> LYuqori darajada saqlanib qolgan
rs7561068661336G> A396G> D.Yuqori darajada saqlanib qolgan
rs8687211121356C> T403P> SYuqori darajada saqlanib qolgan
rs13838032941369C> G407S> CFosforillanish joyi
rs9170857321581T> G478S> AO-GlcNAc, fosforillanish joyi

Klinik ahamiyati

Diffuz katta bo'lgan bemorlarning 164 ta o'sma namunalari yordamida o'tkazilgan tadqiqotda B hujayrali limfoma, TMEM39B 5 yillik progressiyasiz omon qolish uchun prognostik profilning bir qismi sifatida aniqlangan 17 gendan biri edi.[3] Genom miqyosli siRNA ekranidan foydalangan holda boshqa bir ishda TMR39B ni siRNA bilan urish virusli darajada kamaygan kapsid /avtofagosoma kolokalizatsiya, virus bilan kasallangan hujayralarning omon qolishi va ichidagi mitofagiya HeLa yuqtirilgan hujayralar Sindbis virusi.[4] Bu TMEM39B ning rol o'ynashini taklif qilishi mumkin virusli otofagiya uning TMEM39A paralogiga o'xshaydi.

Adabiyotlar

  1. ^ a b v d e f g h men j k l "TMEM39B transmembran oqsili 39B [Homo sapiens (odam)]". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi. AQSh milliy tibbiyot kutubxonasi. Olingan 11 iyun 2020.
  2. ^ a b "HPA040191 quyonida ishlab chiqarilgan anti-TMEM39B antikor". Sigma-Aldrich. Olingan 2020-07-30.
  3. ^ a b Kim; va boshq. (2014). "Tarqalgan katta B hujayrali limfomada progressiyasiz hayot kechirishni bashorat qilish uchun gen ekspression profillari: DASL tahlil natijalari". Gematologiya yilnomalari. 93 (3): 437–447. doi:10.1007 / s00277-013-1884-0. PMID  23975159.
  4. ^ a b Orvedahl; va boshq. (2011). "Tasvirga asoslangan genom bo'yicha siRNA ekrani selektiv otofagiya omillarini aniqlaydi". Tabiat. 480 (7375). 113–117 betlar, 2-rasm. doi:10.1038 / tabiat 10546. PMC  3229641. PMID  22020285.
  5. ^ a b Gordon, Devid E.; Jang, Gvendolin M.; Buhaddu, Mehdi; Xu, Jiewei; Obernier, Kirsten; Oq, Kris M.; O'Meara, Metyu J.; Rezelj, Veronika V.; Guo, Jeffri Z.; Svaney, Danielle L.; Tummino, Tia A. (2020-04-30). "SARS-CoV-2 oqsillari bilan o'zaro aloqasi xaritasi preparatni qayta tayinlash maqsadlarini aniqlaydi". Tabiat. 583 (7816): 459–468. doi:10.1038 / s41586-020-2286-9. ISSN  1476-4687. PMC  7431030. PMID  32353859.
  6. ^ a b Fagerberg L, Hallström BM, Oksvold P va boshq. (2014). "Transkriptomiklar va antitellarga asoslangan proteomikalarni genomik integratsiyasi orqali inson to'qimalariga xos ekspresiyasini tahlil qilish". Mol hujayra proteomikasi. 13 (2): 397–406. doi:10.1074 / mcp.M113.035600. PMC  3916642. PMID  24309898.
  7. ^ a b "Illumina bodyMap2 transkriptom (ID 204271) - BioProject - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2020-07-30.
  8. ^ "AceView: Gen: TMEM39B, mRNA yoki ESTsAceView bilan inson, sichqoncha va qurtlar genlarining to'liq izohi". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2020-07-30.
  9. ^ a b Omasits U, Arrens CH, Myuller S, Vololsheid B (15 mart 2014). "Protter: interaktiv oqsil xususiyatlarini vizualizatsiya qilish va eksperimental proteomik ma'lumotlar bilan integratsiya". Bioinformatika. 30 (6): 884–6. doi:10.1093 / bioinformatics / btt607. PMID  24162465.
  10. ^ "ExPASy - hisoblash pI / Mw vositasi". web.expasy.org. Olingan 2020-08-02.
  11. ^ a b v d Madeira F, Park YM, Lee J va boshq. (2019). "2019 yilda EMBL-EBI qidirish va ketma-ketlikni tahlil qilish vositalarining API-lari". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 47 (W1): W636-W641. doi:10.1093 / nar / gkz268. PMC  6602479. PMID  30976793.
  12. ^ Genomatix: ElDorado. TMEM39B
  13. ^ "GenoMatix MatInspector". GenoMatix.
  14. ^ a b NCBI GEO (Milliy Biotexnologiya Genlari Ekspression Omnibus Markazi) GDS596. TMEM39B. Su AI, Wiltshire T, Batalov S, Lapp H va boshq. Sichqonning gen atlasi va odamning oqsillarni kodlovchi transkriptomlari. Proc Natl Acad Sci U S A 2004 yil 20-aprel; 101 (16): 6062-7. PMID  15075390
  15. ^ "miRDB - MicroRNA maqsadli bashorat qilish ma'lumotlar bazasi". mirdb.org. Olingan 2020-07-30.
  16. ^ a b v "RNK katlama shakli | mfold.rit.albany.edu". ochilmagan.rna.albany.edu. Olingan 2020-08-02.
  17. ^ "RBPDB: RNK majburiy xususiyatlarining ma'lumotlar bazasi". rbpdb.ccbr.utoronto.ca. Olingan 2020-08-02.
  18. ^ "miRDB - MicroRNA maqsadli bashorat qilish ma'lumotlar bazasi". mirdb.org. Olingan 2020-08-02.
  19. ^ Xie Y, Zheng Y, Li H, Luo X, He Z, Cao S, Shi Y, Zhao Q, Xue Y, Zuo Z, Ren J (2016). "GPS-Lipid: lipidlarni modifikatsiyalash uchun bir nechta saytlarni bashorat qilish uchun ishonchli vosita". Ilmiy ma'ruzalar. 6: 28249. Bibcode:2016 yil NatSR ... 628249X. doi:10.1038 / srep28249. PMC  4910163. PMID  27306108.
  20. ^ Ren J, Ven L, Gao X, Jin S, Xue Y, Yao X (2008). "CSS-Palm 2.0: palmitoylyatsiya saytlarini bashorat qilish uchun yangilangan dasturiy ta'minot". Protein muhandisligi, dizayn va tanlov. 21 (11): 639–644. doi:10.1093 / protein / gzn039. PMC  2569006. PMID  18753194.
  21. ^ "SUMOplot tahlil dasturi". Abcepta.
  22. ^ Zhao Q, Xie Y, Zheng Y, Jiang S, Liu V, Mu V, Liu Z, Chjao Y, Xue Y, Ren J (2014). "GPS-SUMO: sumoylatsiya joylari va SUMO o'zaro ta'sir motiflarini bashorat qilish vositasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 42 (W1): W325-W330. doi:10.1093 / nar / gku383. PMC  4086084. PMID  24880689.
  23. ^ Blom N, Gammeltoft S, Brunak S (1999). "Eukaryotik oqsil fosforillanish joylarining ketma-ketligi va tuzilishga asoslangan bashorati". Molekulyar biologiya jurnali. 294 (5): 1351–1362. doi:10.1006 / jmbi.1999.3310. PMID  10600390.
  24. ^ Yoxansen, Morten Bo; Kiemer, Lars; Brunak, Soren (2006). "Sutemizuvchilar oqsilining glyukatsiyasini tahlil qilish va bashorat qilish". Glikobiologiya. 16 (9): 844–853. doi:10.1093 / glycob / cwl009. PMID  16762979.
  25. ^ Steentoft C, Vaxrushev SY, Joshi HJ, Kong Y, Vester-Kristensen MB, Shjoldager KT, Lavrsen K, Dabelstin S, Pedersen NB, Markos-Silva L, Gupta R, Bennett E.P., Mandel U, Brunak S, Vendoll XH, Levery SB, Klauzen H (2013 yil 15-may). "Odamning O-GalNAc glikoproteomini SimpleCell texnologiyasi orqali aniq xaritalash". EMBO J. 32 (10): 1478–88. doi:10.1038 / emboj.2013.79. PMC  3655468. PMID  23584533.
  26. ^ "TMEM39A transmembran oqsili 39A [Homo sapiens (odam)] - Gen - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2020-07-30.
  27. ^ a b v d e "Standart oqsillarni portlatish". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi.
  28. ^ Tran Q, Park J, Li X, Xong Y, Xong S, Park S, Park J, Kim SH (2017). "TMEM39A va inson kasalliklari: qisqacha sharh". Toksikologik tadqiqotlar. 33 (3): 205–209. doi:10.5487 / TR.2017.33.3.205. PMC  5523561. PMID  28744351.
  29. ^ Li X, Ma R, Li Q, Li S, Chjan X, Xie J, Bai J, Idris A, Feng R (2019). "Transmembran oqsili 39A ensefalomiyokardit virusining ko'payishiga yordam beradi orqali Avtofagiya yo'li ". Mikrobiologiyadagi chegara. 10: 2680. doi:10.3389 / fmicb.2019.02680. PMC  6901969. PMID  31849860.
  30. ^ a b v Kumar S, Stecher G, Suleski M, Hedges SB (2017) TimeTree: Vaqt jadvallari, vaqt jadvallari va ajralib chiqish vaqtlari uchun manba. Mol Biol Evol doi: 10.1093 / molbev / msx116
  31. ^ Xattlin EL, Ting L, Bryukner RJ va boshqalar. (2015). "BioPlex tarmog'i: inson interaktomini tizimli ravishda o'rganish". Hujayra. 162 (2): 425–440. doi:10.1016 / j.cell.2015.06.043. PMC  4617211. PMID  26186194.
  32. ^ Xattlin EL, Brukner RJ, Paulo JA va boshq. (2017). "Inson interaktomining arxitekturasi oqsillar jamoalari va kasallik tarmoqlarini belgilaydi". Tabiat. 545 (7655): 505–509. Bibcode:2017Natur.545..505H. doi:10.1038 / tabiat22366. PMC  5531611. PMID  28514442.
  33. ^ Vang J, Xuo K, Ma L va boshq. (2011 yil 11 oktyabr). "Inson jigarining oqsillar bilan o'zaro aloqasi tarmog'ini tushunish yo'lida". Mol Syst Biol. 7: 536. doi:10.1038 / msb.2011.67. PMC  3261708. PMID  21988832.
  34. ^ Xie J, Vang H (2017). "Semaforin 7A potentsial immunitet regulyatori va revmatik artritda istiqbolli terapevtik maqsad". Artrit tadqiqotlari va terapiya. 19 (1): 10. doi:10.1186 / s13075-016-1217-5. PMC  5251212. PMID  28109308.
  35. ^ Lanier, L. L. (2015). "KLRK1 (qotil hujayra lektinga o'xshash retseptorlari subfamily K, a'zo 1)". Onkologiya va gematologiyada genetika va sitogenetika atlasi. 19 (3): 172–175. doi:10.4267/2042/56407. hdl:2042/56407.
  36. ^ Shayx F, Dickensheets H, Pedras-Vasconcelos J va boshq. (2015). "Interlökin-13 retseptorlari-a1 zanjiri IL-13 tomonidan alternativa makrofag faollashtirish yo'lini induktsiya qilish uchun muhim, ammo IL-4 emas". Tug'ma immunitet jurnali. 7 (5): 494–505. doi:10.1159/000376579. PMC  4553078. PMID  25766112.
  37. ^ a b Shukla A, Xilgenfeld R (2015). "Koronaviruslar tomonidan yangi oqsil domenlarini sotib olish: SARS koronavirusida N va 9b oqsillarni kodlovchi bir-birini takrorlovchi genlarni tahlil qilish". Virus genlari. 50 (1): 29–38. doi:10.1007 / s11262-014-1139-8. PMC  7089080. PMID  25410051.
  38. ^ fon Brunn, A., Teepe, C., Simpson, J.C., Pepperkok, R., Fridel, C.C., Zimmer, R., ... & Haas, J. (2007). SARS koronavirusi ORFeome ning intravirus oqsil-oqsil bilan o'zaro ta'sirini tahlil qilish. PLOS ONE, 2(5), e459.
  39. ^ Baruah, C., Devi, P., va Sharma, D. K. (2020). SARS-CoV-2 aksessuarlari 9b va ORF14 ning ketma-ketligini tahlil qilish va tuzilishini prognoz qilish: evolyutsion tahlil kalamush koronavirusi bilan yaqinligini ko'rsatadi.
  40. ^ a b "SNP Genig bilan bog'langan (genID: 55116) Kontig izohi orqali". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2020-08-02.