ATG4B - ATG4B

ATG4B
Mavjud tuzilmalar
PDB	Ortholog qidiruvi: PDBe RCSB
PDB id kodlari ro'yxati
	2CY7, 2D1I, 2Z0D, 2Z0E, 2ZZP
Identifikatorlar
Taxalluslar	ATG4B, APG4B, AUTL1, otofagiya bilan bog'liq 4B sistein peptidaza
Tashqi identifikatorlar	OMIM: 611338 MGI: 1913865 HomoloGene: 100868 Generkartalar: ATG4B
Gen joylashuvi (odam)
Chr.	Xromosoma 2 (odam)
Oxiri	241,673,857 bp
Gen joylashuvi (Sichqoncha)
Chr.	Xromosoma 1 (sichqoncha)
Oxiri	93,790,610 bp
Gen ontologiyasi
Molekulyar funktsiya	• peptidaza faolligi; • sistein tipidagi peptidaza faolligi; • endopeptidaza faolligi; • GO: 0001948 oqsil bilan bog'lanish; • gidrolaza faolligi; • sistein tipidagi endopeptidaza faolligi;
Uyali komponent	• sitoplazma; • sitozol;
Biologik jarayon	• avtofagiya; • oqsillarni tashish; • yadroning avtofagiyasi; • C-terminal oqsil lipidatsiyasi; • protein katabolik jarayonini ijobiy tartibga solish; • mitoxondriyaning otofagiyasi; • avtofagosoma yig'ilishi; • makroavtofagiya; • proteoliz; • membranani oqsilga yo'naltirish; • oqsillarni yo'qotish;
	Manbalar:Amigo / QuickGO
Ortologlar
	23192
	66615
	ENSG00000168397
	ENSMUSG00000026280
	Q9Y4P1
	Q8BGE6
	NM_013325; NM_178326
	NM_174874; NM_001368266
	NP_037457; NP_847896
	NP_777363; NP_001355195
	Vikidata
Insonni ko'rish / tahrirlash	Sichqonchani ko'rish / tahrirlash

Sistein proteaz ATG4B bu ferment odamlarda kodlanganligi ATG4B gen.^[5]

Funktsiya

Avtofagiya - bu endogen oqsillarni va zararlangan organoidlarni hujayralararo yo'q qilish jarayonidir. Avtofagiya differentsiatsiya, metamorfoz, apoptotik bo'lmagan hujayralar o'limi va qarish paytida hujayraning gomeostazasi va hujayralarni qayta tuzilishi uchun muhim deb e'lon qilingan. Avtofagiya darajasining pasayishi ba'zi xavfli o'smalarda tasvirlangan va saraton kasalligi bilan bog'liq bo'lgan tartibga solinmagan hujayra o'sishini boshqarishda avtofagiyaning roli taklif qilingan. Ushbu gen autofagin oqsillari oilasining a'zosini kodlaydi. Kodlangan oqsil, shuningdek, sistein proteazalarining C-54 oilasining a'zosi sifatida belgilanadi. Turli xil izoformlarni kodlovchi muqobil transkripsiya qo'shilish variantlari tavsiflangan.^[5]Atg4 ning asosiy vazifalaridan biri Atg8 ning oldingi oqsilini ajratish bo'lib, u lipidlanmagan eruvchan (-I) shaklga olib keladi, bu esa Atg3, Atg7, Atg5-12 tomonidan langarlangan lipidlangan shaklga (-II) aylantirilishi mumkin. otofagik membrana.

O'zaro aloqalar

ATG4B ko'rsatildi o'zaro ta'sir qilish bilan GABARAPL2.^[6]^[7]

Adabiyotlar

^ ^a ^b ^v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000168397 - Ansambl, 2017 yil may
^ ^a ^b ^v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000026280 - Ansambl, 2017 yil may
^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
^ ^a ^b "Entrez Gen: ATG4B ATG4 otofagiyasi 4 ta gomolog B (S. cerevisiae) bilan bog'liq".
^ Ewing RM, Chu P, Elisma F, Li H, Teylor P, Klimi S, McBroom-Cerajewski L, Robinson MD, O'Konnor L, Li M, Teylor R, Dharsee M, Ho Y, Heilbut A, Mur L, Chjan S, Ornatskiy O, Buxman YV, Etier M, Sheng Y, Vasilesku J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duelel HS, Styuart II, Kuehl B, Xogue K, Kolvill K, Gladvish K, Muskat B, Kinach R, Adams SL, Moran MF, Morin GB, Topaloglou T, Figeys D (2007). "Mass-spektrometriya bo'yicha odam oqsillari va oqsillarning o'zaro ta'sirini keng miqyosda xaritalash". Molekulyar tizimlar biologiyasi. 3 (1): 89. doi:10.1038 / msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931.
^ Stelzl U, Vorm U, Lalovski M, Xenig C, Brembek FH, Goler H, Stroedik M, Zenkner M, Shoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Avraam C, Bok N, Kitsman S, Gyedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier V, Lehrach H, Wanker EE (sentyabr 2005). "Odamning oqsil va oqsil bilan o'zaro aloqasi tarmog'i: proteomni izohlash uchun manba". Hujayra. 122 (6): 957–68. doi:10.1016 / j.cell.2005.08.029. hdl:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID 16169070. S2CID 8235923.

Tashqi havolalar

Inson ATG4B genom joylashuvi va ATG4B gen tafsilotlari sahifasida UCSC Genome brauzeri.

Qo'shimcha o'qish

Kraft LJ, Kenworth AK (yanvar 2012). "Avtofagiya yo'lida oqsil kompleksi hosil bo'lishini tasvirlash: LC3 va Atg4B (C74A) ning tirik hujayralardagi ta'sirini Förster rezonansi energiyasini uzatish va fotoblyuziyadan keyin lyuminestsentsiyani tiklash yordamida tahlil qilish". Biomedikal optika jurnali. 17 (1): 011008. doi:10.1117 / 1.JBO.17.1.011008. PMC 3380812. PMID 22352642.
Nagase T, Ishikava K, Suyama M, Kikuno R, Xirosava M, Miyajima N, Tanaka A, Kotani H, Nomura N, Ohara O (fevral 1999). "Insonning noma'lum genlarini kodlash ketma-ketligini bashorat qilish. XIII. In vitro katta oqsillarni kodlovchi miyadan 100 ta yangi cDNA klonlarining to'liq ketma-ketliklari". DNK tadqiqotlari. 6 (1): 63–70. doi:10.1093 / dnares / 6.1.63. PMID 10231032.
Xartli JL, Temple GF, Brasch MA (Nov 2000). "In vitro saytga xos rekombinatsiya yordamida DNKni klonlash". Genom tadqiqotlari. 10 (11): 1788–95. doi:10.1101 / gr.143000. PMC 310948. PMID 11076863.
Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, Gassenhuber J, Glassl S, Ansorge V, Böcher M, Blöcker H, Bauersachs S, Blum H, Lauber J, Düsterxöft A, Beyer A, Koxer K, Strack N, Mewes HW, Ottenwälder B , Obermaier B, Tampe J, Heubner D, Wambutt R, Korn B, Klein M, Poustka A (Mar 2001). "Inson genlari va oqsillari katalogiga qarab: odamning CDNKlarini kodlaydigan 500 ta yangi to'liq oqsillarni ketma-ketligi va tahlili". Genom tadqiqotlari. 11 (3): 422–35. doi:10.1101 / gr. GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
Kabeya Y, Mizushima N, Yamamoto A, Oshitani-Okamoto S, Ohsumi Y, Yoshimori T (iyun 2004). "LC3, GABARAP va GATE16 form-II shakllanishiga qarab autofagosoma membranasida joylashadi". Hujayra fanlari jurnali. 117 (Pt 13): 2805-12. doi:10.1242 / jcs.01131. PMID 15169837.
Tanida I, Sou YS, Ezaki J, Minematsu-Ikeguchi N, Ueno T, Kominami E (Avgust 2004). "HsAtg4B / HsApg4B / autophagin-1 uchta Atg8 gomolog odamning karboksil terminini ajratadi va mikrotubulalar bilan bog'liq oqsil yorug'lik zanjiri 3- va GABAA retseptorlari bilan bog'liq oqsil-fosfolipid konjugatlari". Biologik kimyo jurnali. 279 (35): 36268–76. doi:10.1074 / jbc.M401461200. PMID 15187094.
Tanida I, Ueno T, Kominami E (2004 yil noyabr). "Inson yorug'lik zanjiri 3 / MAP1LC3B o'zining karboksil-terminalida Met121-da Gly120-ni lipidatsiya va autofagosoma membranalariga yo'naltirish uchun ta'sir qilish uchun yopishtirilgan". Biologik kimyo jurnali. 279 (46): 47704–10. doi:10.1074 / jbc.M407016200. PMID 15355958.
Wiemann S, Arlt D, Huber V, Vellenayter R, Shlyeger S, Mehrle A, Bechtel S, Sauermann M, Korf U, Pepperkok R, Sultmann H, Poustka A (2004 yil oktyabr). "ORFeome'dan biologiyaga: funktsional genomika quvuri". Genom tadqiqotlari. 14 (10B): 2136-44. doi:10.1101 / gr.2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
Stelzl U, Vorm U, Lalovski M, Xenig C, Brembek FH, Goler H, Stroedik M, Zenkner M, Shoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Avraam C, Bok N, Kitsman S, Gyedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier V, Lehrach H, Wanker EE (sentyabr 2005). "Odamning oqsil va oqsil bilan o'zaro aloqasi tarmog'i: proteomni izohlash uchun manba". Hujayra. 122 (6): 957–68. doi:10.1016 / j.cell.2005.08.029. hdl:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID 16169070. S2CID 8235923.
Sugawara K, Suzuki NN, Fujioka Y, Mizushima N, Ohsumi Y, Inagaki F (dekabr 2005). "Sutemizuvchilarning autofagiyasi uchun javobgar bo'lgan Atg4B odamning o'ziga xosligi va katalizining tarkibiy asoslari". Biologik kimyo jurnali. 280 (48): 40058–65. doi:10.1074 / jbc.M509158200. PMID 16183633.
Kumanomidou T, Mizushima T, Komatsu M, Suzuki A, Tanida I, Sou YS, Ueno T, Kominami E, Tanaka K, Yamane T (Yanvar 2006). "Odam Atg4b ning kristalli tuzilishi, avtofagosoma hosil qiluvchi modifikatorlar uchun ishlov beruvchi va de-konjuge qiluvchi ferment". Molekulyar biologiya jurnali. 355 (4): 612–8. doi:10.1016 / j.jmb.2005.11.018. PMID 16325851.
Mehrle A, Rozenfelder H, Shupp I, del Val C, Arlt D, Xahne F, Bechtel S, Simpson J, Hofmann O, Hide W, Glatting KH, Huber V, Pepperkok R, Poustka A, Wiemann S (Yanvar 2006). "2006 yilda LIFEdb ma'lumotlar bazasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 34 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D415-8. doi:10.1093 / nar / gkj139. PMC 1347501. PMID 16381901.
Tanida I, Sou YS, Minematsu-Ikeguchi N, Ueno T, Kominami E (iyun 2006). "Atg8L / Apg8L - bu odam Atg4B, Atg7 va Atg3 vositachiligida bo'lgan sutemizuvchi Atg8 konjugatsiyasining to'rtinchi sutemizuvchi modifikatori". FEBS jurnali. 273 (11): 2553–62. doi:10.1111 / j.1742-4658.2006.05260.x. PMID 16704426. S2CID 11899126.
Olsen QK, Blagoev B, Gnad F, Macek B, Kumar C, Mortensen P, Mann M (noyabr 2006). "Signalizatsiya tarmoqlarida global, in vivo jonli va saytga xos fosforillanish dinamikasi". Hujayra. 127 (3): 635–48. doi:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID 17081983. S2CID 7827573.
Ewing RM, Chu P, Elisma F, Li H, Teylor P, Klimi S, McBroom-Cerajewski L, Robinson MD, O'Konnor L, Li M, Teylor R, Dharsee M, Ho Y, Heilbut A, Mur L, Chjan S, Ornatskiy O, Buxman YV, Etier M, Sheng Y, Vasilesku J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duelel HS, Styuart II, Kuehl B, Xogue K, Kolvill K, Gladvish K, Muskat B, Kinach R, Adams SL, Moran MF, Morin GB, Topaloglou T, Figeys D (2007). "Mass-spektrometriya bo'yicha odam oqsillari va oqsillarning o'zaro ta'sirini keng miqyosda xaritalash". Molekulyar tizimlar biologiyasi. 3 (1): 89. doi:10.1038 / msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931.

Bu oqsil bilan bog'liq maqola a naycha. Siz Vikipediyaga yordam berishingiz mumkin uni kengaytirish.

[refGRCh38Ensembl-1] v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000168397 - Ansambl, 2017 yil may

[refGRCm38Ensembl-2] v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000026280 - Ansambl, 2017 yil may

[3] "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.

[4] "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.

[entrez-5] "Entrez Gen: ATG4B ATG4 otofagiyasi 4 ta gomolog B (S. cerevisiae) bilan bog'liq".

[pmid17353931-6] Ewing RM, Chu P, Elisma F, Li H, Teylor P, Klimi S, McBroom-Cerajewski L, Robinson MD, O'Konnor L, Li M, Teylor R, Dharsee M, Ho Y, Heilbut A, Mur L, Chjan S, Ornatskiy O, Buxman YV, Etier M, Sheng Y, Vasilesku J, Abu-Farha M, Lambert JP, Duelel HS, Styuart II, Kuehl B, Xogue K, Kolvill K, Gladvish K, Muskat B, Kinach R, Adams SL, Moran MF, Morin GB, Topaloglou T, Figeys D (2007). "Mass-spektrometriya bo'yicha odam oqsillari va oqsillarning o'zaro ta'sirini keng miqyosda xaritalash". Molekulyar tizimlar biologiyasi. 3 (1): 89. doi:10.1038 / msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931.

[pmid16169070-7] Stelzl U, Vorm U, Lalovski M, Xenig C, Brembek FH, Goler H, Stroedik M, Zenkner M, Shoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Avraam C, Bok N, Kitsman S, Gyedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier V, Lehrach H, Wanker EE (sentyabr 2005). "Odamning oqsil va oqsil bilan o'zaro aloqasi tarmog'i: proteomni izohlash uchun manba". Hujayra. 122 (6): 957–68. doi:10.1016 / j.cell.2005.08.029. hdl:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID 16169070. S2CID 8235923.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]