Vaqti-vaqti bilan chegara shartlari - Periodic boundary conditions

2D da davriy chegara shartlari

Davriy chegara sharti (PBC) - bu to'plam chegara shartlari a deb nomlangan kichik qismdan foydalangan holda katta (cheksiz) tizimni yaqinlashtirish uchun ko'pincha tanlanadi birlik hujayrasi. PBC ko'pincha ishlatiladi kompyuter simulyatsiyalari va matematik modellar. The topologiya ikki o'lchovli PBC ning a ga teng dunyo xaritasi ba'zi video o'yinlar; birlik hujayrasining geometriyasi mukammal ikki o'lchovli plitkalarni qondiradi va ob'ekt birlik katakchasining bir tomonidan o'tayotganda, xuddi shu tezlik bilan qarama-qarshi tomonda yana paydo bo'ladi. Topologik nuqtai nazardan, ikki o'lchovli PBClar yaratgan bo'shliqni a ga moslashtirilgan deb o'ylash mumkin torus (ixchamlashtirish ). PBClar tomonidan taxmin qilingan yirik tizimlar cheksiz ko'p birlik hujayralaridan iborat. Kompyuter simulyatsiyalarida ulardan biri asl simulyatsiya qutisi, boshqalari esa nusxalar tasvirlar. Simulyatsiya paytida faqat asl simulyatsiya qutisining xususiyatlarini yozib olish va ko'paytirish kerak. The minimal rasmli konventsiya bu PBC zarralarini hisobga olishning keng tarqalgan shakli bo'lib, unda simulyatsiyadagi har bir alohida zarracha tizimdagi qolgan zarralarning eng yaqin tasviri bilan o'zaro ta'sir qiladi.

Davriy chegara shartlarining bir misoli silliq real funktsiyalarga muvofiq belgilanishi mumkin ${ displaystyle phi: mathbb {R} ^ {n} to mathbb {R}}$ tomonidan

{ displaystyle { frac { kısmi ^ {m}} { qisman x_ {1} ^ {m}}} phi (a_ {1}, x_ {2}, ..., x_ {n}) = { frac { kısmi ^ {m}} { qisman x_ {1} ^ {m}}} phi (b_ {1}, x_ {2}, ..., x_ {n}),}

{ displaystyle { frac { kısmi ^ {m}} { qisman x_ {2} ^ {m}}} phi (x_ {1}, a_ {2}, ..., x_ {n}) = { frac { kısmi ^ {m}} { qisman x_ {2} ^ {m}}} phi (x_ {1}, b_ {2}, ..., x_ {n}),}

{ displaystyle ...,}

{ displaystyle { frac { kısmi ^ {m}} { qisman x_ {n} ^ {m}}} phi (x_ {1}, x_ {2}, ..., a_ {n}) = { frac { kısmi ^ {m}} { qisman x_ {n} ^ {m}}} phi (x_ {1}, x_ {2}, ..., b_ {n})}

barcha m = 0, 1, 2, ... va doimiylar uchun ${ displaystyle a_ {i}}$ va ${ displaystyle b_ {i}}$ .

Yilda molekulyar dinamikasi simulyatsiyalar, PBC odatda quyma gazlar, suyuqliklar, kristallar yoki aralashmalarning xossalarini hisoblash uchun qo'llaniladi. Keng tarqalgan dastur solventli simulyatsiya qilish uchun PBC dan foydalanadi makromolekulalar hammomda aniq hal qiluvchi. Born-von Karmanning chegara shartlari maxsus tizim uchun davriy chegara shartlari.

Elektromagnitikada PBC davriy tuzilmalarning elektromagnit xususiyatlarini tahlil qilish uchun turli xil tarmoq turlari uchun qo'llanilishi mumkin.^[1]

Talablar va asarlar

Uch o'lchovli PBC gazlar, suyuqliklar va qattiq jismlarning makromalliy tizimlari xatti-harakatlarini yaqinlashtirish uchun foydalidir. Planar sirtlarni simulyatsiya qilish uchun uch o'lchovli PBClardan ham foydalanish mumkin, bu holda ko'pincha ikki o'lchovli PBClar ko'proq mos keladi. Yassi yuzalar uchun ikki o'lchovli PBClar ham deyiladi plitalarning chegara shartlari; bu holda PBClar ikkita dekart koordinatalari uchun ishlatiladi (masalan, x va y), uchinchi koordinatalar (z) cheksizgacha cho'ziladi.

PBC-lar bilan birgalikda ishlatilishi mumkin Evval summasi hisoblash usullari (masalan, zarrachalar meshi Evald usuli) elektrostatik tizimdagi kuchlar. Shu bilan birga, PBClar tizimning translyatsion o'zgarmasligini hurmat qilmaydigan korrelyatsion artefaktlarni ham taqdim etadilar,^[2] va simulyatsiya qutisi tarkibi va o'lchamlari bo'yicha cheklovlarni talab qiladi.

Qattiq tizimlarning simulyatsiyalarida zo'riqish tizimdagi har qanday bir xil bo'lmaganlikdan kelib chiqadigan maydon sun'iy ravishda qisqartiriladi va davriy chegarada o'zgartiriladi. Xuddi shunday, tovush yoki zarba to'lqinlarining to'lqin uzunligi va fononlar tizimda quti hajmi bilan cheklangan.

Ion (Kulon) o'zaro ta'sirini o'z ichiga olgan simulyatsiyalarda to'r elektrostatik zaryad PBClar qo'llanilganda cheksiz zaryadga yig'ilmaslik uchun tizimning nolga teng bo'lishi kerak. Ba'zi dasturlarda neytrallikni qo'shib olish maqsadga muvofiqdir ionlari kabi natriy yoki xlorid (kabi qarshi choralar ) agar qiziqadigan molekulalar zaryadlangan bo'lsa, tegishli raqamlarda. Ba'zan ionlarni hattoki, qiziqish molekulalari neytral bo'lgan tizimga qo'shib, taxminan ion kuchi tabiiy ravishda molekulalar paydo bo'lgan eritmaning. Minimal tasvirli konvensiyani saqlash, odatda, bog'lanmagan kuchlar uchun sferik chiqib ketish radiusi kub qutining bir tomoni uzunligining ko'pi bilan yarmini tashkil etishni talab qiladi. Elektrostatik neytral tizimlarda ham tarmoq dipol momenti birlik hujayrasiga teng bo'lgan soxta hajmli sirt energiyasini kiritishi mumkin pyroelektrik yilda qutbli kristallar.

Simulyatsiya qutisining o'lchami simulyatsiyaning fizik bo'lmagan topologiyasi tufayli davriy artefaktlar paydo bo'lishining oldini olish uchun etarlicha katta bo'lishi kerak. Juda kichik bo'lgan qutida makromolekula qo'shni qutidagi o'z tasviri bilan o'zaro ta'sirlashishi mumkin, bu funktsional jihatdan molekulaning "boshi" bilan o'z "dumi" bilan o'zaro ta'sir qiladi. Bu aksariyat makromolekulalarda yuqori fizikaviy bo'lmagan dinamikani hosil qiladi, garchi oqibatlarning kattaligi va shu bilan makromolekulalarning o'lchamiga nisbatan tegishli qutining kattaligi simulyatsiyaning mo'ljallangan uzunligiga, kerakli aniqlikka va kutilgan dinamikaga bog'liq. Masalan, ning simulyatsiyalari oqsilni katlama dan boshlanadi ona shtati kichik tebranishlarga duch kelishi mumkin va shuning uchun a dan boshlanadigan simulyatsiyalar kabi katta quti talab etilmasligi mumkin tasodifiy lasan konformatsiya. Biroq, ta'siri solvatsion qobiqlar kuzatilgan dinamikada - simulyatsiyada yoki eksperimentda - yaxshi tushunilmagan. Simulyatsiyasiga asoslangan umumiy tavsiya DNK har bir o'lchamdagi qiziqish molekulalari atrofida kamida 1 nm erituvchini talab qilishdir.^[3]

Amaliy amalga oshirish: doimiylik va minimal rasm konvensiyasi

Simulyatsiya oynasining bir yuzidan o'tgan ob'ekt qarama-qarshi tomondan qayta kirishi kerak yoki uning tasviri buni bajarishi kerak. Ko'rinib turibdiki, strategik qaror qabul qilinishi kerak: biz (A) simulyatsiya qutisidan chiqib ketayotganda zarrachalarni "katlaymiz" yoki biz (B) ularni davom ettiramiz (lekin eng yaqin rasmlar bilan o'zaro ta'sirlarni hisoblaymiz)? Qaror simulyatsiya jarayoniga ta'sir qilmaydi, ammo agar foydalanuvchi o'rtacha siljishlarga, diffuziya uzunliklariga va boshqalarga qiziqsa, ikkinchi variant afzalroqdir.

(A) zarralar koordinatalarini simulyatsiya oynasida cheklang

PBC algoritmini amalga oshirish uchun kamida ikkita qadam kerak.

Koordinatalarni cheklash bu oddiy operatsiya bo'lib, uni quyidagi kod bilan tasvirlash mumkin, bu erda x_size - qutining bir yo'nalishdagi uzunligi (kelib chiqishi markazida joylashgan ortogonal birlik katakchasini nazarda tutgan holda) va x - zarrachaning bir xil yo'nalishdagi pozitsiyasi. :

agar (davriy_x) keyin  agar (x <  -x_size * 0.5) x = x + x_size  agar (x >=  x_size * 0.5) x = x - x_sizetugatish agar

Ob'ektlar orasidagi masofa va vektor tasvirning minimal mezoniga bo'ysunishi kerak, bu quyidagi kodga muvofiq amalga oshirilishi mumkin (dx - bu ob'ektdan j ob'ektgacha masofa yo'nalishi vektori):

agar (davriy_x) keyindx = x(j) - x(men)  agar (dx >   x_size * 0.5) dx = dx - x_size  agar (dx <= -x_size * 0.5) dx = dx + x_sizetugatish agar

Python-da quyidagilarni amalga oshirish mumkin:

uchun men yilda oralig'i(0, N):    uchun j yilda oralig'i(0, N):        dx1 = x[j] - x[men]        dx = np.mod(dx1, x_size * 0.5)

Uch o'lchovli PBClar uchun har ikkala operatsiyani ham 3 o'lchovda takrorlash kerak.

Ushbu operatsiyalar juda ixcham shaklda yozilishi mumkin ortorombik agar kelib chiqishi qutining burchagiga o'tkazilsa, hujayralar. Keyin biz bir o'lchamda pozitsiyalar va masofalar uchun mos ravishda:

! X (i) yangilanishidan keyin PBC ni hisobga olmaganda:x(men) = x(men) - zamin(x(men) / x_size) * x_size  ! Chap pastki vertikada kelib chiqishi bo'lgan quti uchun! X har qanday tasvirda yotishi uchun ishlaydi.dx = x(j) - x(men)dx = dx - nint(dx / x_size) * x_size

(B) zarracha koordinatalarini cheklamang

Orthorombik simulyatsiya qutisini kelib chiqishi pastki chap old burchakda deb hisoblasak, zarrachalarning samarali masofasini hisoblash uchun minimal rasm konventsiyasini yuqorida ko'rsatilgan "eng yaqin butun son" funktsiyasi bilan hisoblash mumkin, bu erda C / C ++ kodi:

x_rsize = 1.0 / x_size; // faqat quti hajmi o'rnatilganda yoki o'zgartirganda hisoblashdx = x[j] - x[men];dx -= x_size * yaqinda(dx * x_rsize);

Ushbu operatsiyani bajarishning eng tezkor usuli protsessor arxitekturasiga bog'liq. Agar dx belgisi tegishli bo'lmasa, usul

dx = fabs(dx);dx -= statik_cast<int>(dx * x_rsize +  0.5) * x_size;

2013 yilda x86-64 protsessorlarida eng tezkor deb topildi.^[4]

Ortorombik bo'lmagan hujayralar uchun vaziyat ancha murakkab.^[5]

Ion tizimlarini simulyatsiya qilishda, masalan, bir nechta quti tasvirlarini qamrab oladigan uzoq masofali Coulomb o'zaro ta'sirini boshqarish uchun yanada murakkab operatsiyalar zarur Evval summasi.

Birlik hujayralari geometriyalari

PBC birlik xujayrasini uch o'lchovli kristalga mukammal plitka qo'yadigan shakl bo'lishini talab qiladi. Shunday qilib, sharsimon yoki elliptik tomchidan foydalanish mumkin emas. A kub yoki to'rtburchaklar prizma eng intuitiv va keng tarqalgan tanlovdir, ammo keraksiz miqdori tufayli hisoblash qimmat bo'lishi mumkin hal qiluvchi markaziy makromolekulalardan uzoqda joylashgan burchaklardagi molekulalar. Kamroq hajm talab qiladigan keng tarqalgan alternativa bu qisqartirilgan oktaedr.

Umumiy o'lchov

2D va 3D kosmosdagi simulyatsiyalar uchun kubik davriy chegara holati eng ko'p ishlatiladi, chunki u kodlashda eng sodda. Ammo yuqori o'lchovli tizimlarni kompyuter simulyatsiyasida giperkubik davriy chegara holati unchalik samarasiz bo'lishi mumkin, chunki burchaklar makonning katta qismini egallaydi. Umumiy o'lchovda birlik katakchasini quyidagicha ko'rish mumkin Vigner-Zayts xujayrasi albatta panjarali qadoqlash^[6]. Masalan, giperkubik davriy chegara sharti giperkubik panjara qadoqlariga mos keladi. Keyin mos keladigan birlik katakchasini tanlash afzaldir zich qadoq bu o'lchovning. 4D-da bu shunday D4 panjarasi; va E8 panjarasi 8 o'lchovli. Ushbu yuqori o'lchovli davriy chegara shartlarini amalga oshirish tengdir xatolarni tuzatish kodi yondashuvlar axborot nazariyasi^[7].

Himoyalangan xususiyatlar

Davriy chegara sharoitida chiziqli momentum tizimning saqlanib qolgan, lekin Burchak impulsi emas. Ushbu faktni an'anaviy tushuntirishga asoslanadi Noether teoremasi, burchak impulsining saqlanishi aylanishning o'zgarmasligidan kelib chiqadi Lagrangian. Biroq, bu yondashuv izchil emasligini ko'rsatdi: davriy hujayrada harakatlanadigan bitta zarrachaning burchak momentumining saqlanishining yo'qligini tushuntirib berolmadi.^[8] Zarrachaning lagrangiani doimiy va shu sababli aylanma o'zgarmasdir, zarrachaning burchak impulsi saqlanmaydi. Ushbu qarama-qarshilikni Nether teoremasi odatda yopiq tizimlar uchun tuzilganligi keltirib chiqaradi. Davriy hujayra qo'shni hujayralar bilan massa impulsini, burchak momentumini va energiyasini almashadi.

Qo'llanilganda mikrokanonik ansambl (doimiy zarrachalar soni, hajmi va energiyasi, qisqartirilgan NVE), aks ettiruvchi devorlardan ko'ra PBC-dan foydalanib, umumiy chiziqli momentum va massa markazining holati saqlanib qolganligi sababli simulyatsiya namunasini biroz o'zgartiradi; ushbu ansambl "molekulyar dinamikasi ansambl "^[9] yoki NVEPG ansambli.^[10] Ushbu qo'shimcha saqlanadigan miqdorlar bilan bog'liq kichik artefaktlarni taqdim etadi statistik mexanik ta'rifi harorat, tezlik taqsimotlarining a dan chiqishi Boltzmann taqsimoti va heterojen bilan zarrachalarni o'z ichiga olgan tizimlar uchun jihozlarning buzilishi ommaviy. Ushbu effektlarning eng soddaligi shundaki, tizim N zarrachalar, molekulyar dinamikasi ansamblida, sifatida harakat qiladi N-1 zarralar. Ushbu asarlar faqat qattiq zarrachalarni o'z ichiga olgan kichik o'yinchoq tizimlari uchun miqdoriy oqibatlarga olib keladi; ular standart biomolekulyar simulyatsiyalar uchun chuqur o'rganilmagan, ammo bunday tizimlarning hajmini hisobga olgan holda, ta'sirlar deyarli ahamiyatsiz bo'ladi.^[10]

Shuningdek qarang

Izohlar

^ May, V.; Lab.; Bao, X .; Li X.; Tszyan, L .; Xu, J.; Verner, D. H. (aprel, 2019). "FSSni normal tushish sharoitida to'rtburchaklar qatorda D2n simmetriya bilan tahlil qilishning soddalashtirilgan davriy chegaraviy sharti bilan prizma asosidagi DGTD". IEEE antennalari va simsiz targ'ibot xatlari. 18 (4): 771–775. doi:10.1109 / LAWP.2019.2902340. ISSN 1536-1225.
^ Cheatham, T. E.; Miller, J. H .; Tulki, T .; Darden, P. A .; Kollman, P. A. (1995). "Solvatsiyalangan biomolekulyar tizimlar bo'yicha molekulyar dinamikaning simulyatsiyalari: zarracha mesh eval usuli DNK, RNK va oqsillarning barqaror traektoriyalariga olib keladi". Amerika Kimyo Jamiyati jurnali. 117 (14): 4193–4194. doi:10.1021 / ja00119a045.
^ de Souza, O. N .; Ornshteyn, R. L. (1997). "Evald usuli bilan zarracha-mash bilan DNK dodekamerasini suvli molekulyar dinamikada simulyatsiyalashga davriy quti o'lchamining ta'siri". Biofiz J. 72 (6): 2395–2397. doi:10.1016 / s0006-3495 (97) 78884-2. PMC 1184438. PMID 9168016.
^ Deiters, Ulrich K. (2013). "Minimal rasm konvensiyasini samarali kodlash". Z. fiz. Kimyoviy. 227 (2–3): 345–352. doi:10.1524 / zpch.2013.0311.
^ Kubik bo'lmagan simulyatsiya hujayralarida minimal rasm konvensiyasi
^ Bertier, Lyudovich; Charbonneau, Patrik; Kundu, Joyjit (31 avgust 2020). "Dinamik shisha o'tishidan yuqori spinodal kritiklikning so'nggi o'lchovli vestigi". Jismoniy tekshiruv xatlari. 125 (10): 108001. doi:10.1103 / PhysRevLett.125.108001.
^ Konvey, J .; Sloane, N. (1982 yil mart). "Tez kvantlash va dekodlash va panjara kvantizatorlari va kodlari algoritmlari". Axborot nazariyasi bo'yicha IEEE operatsiyalari. 28 (2): 227–232. doi:10.1109 / TIT.1982.1056484.
^ Kuzkin, V. A. (2015). "Davriy chegara shartlari bo'lgan zarrachalar tizimidagi burchak momentum muvozanati to'g'risida". ZAMM. 95 (11): 1290–1295. arXiv:1312.7008. doi:10.1002 / zamm.201400045.
^ Erpenbek, J. J .; Wood, W. W. (1977). Bern, B. J. (tahrir). Statistik mexanika, B qism: vaqtga bog'liq jarayonlar. Zamonaviy nazariy kimyo. Vol 6. Nyu-York: Plenum. 1-40 betlar. ISBN 0-306-33506-9.
^ ^a ^b Ko'ylaklar, R. B.; Burt, S. R .; Jonson, A. M. (2006). "Klassik qattiq sharli molekulyar dinamikani simulyatsiya qilishda davriy chegara sharti bilan jihozlash printsipi buzilganligi va cheklangan namuna o'lchamining boshqa kinetik ta'siri". J Chem fiz. 125 (16): 164102. doi:10.1063/1.2359432. PMID 17092058.

Adabiyotlar

Rapaport, D.C (2004). Molekulyar dinamikani simulyatsiya qilish san'ati (2-nashr). Kembrij universiteti matbuoti. ISBN 0-521-82568-7. Xususan, qarang. 15-20-betlar.
Shlik, T. (2002). Molekulyar modellashtirish va simulyatsiya: fanlararo qo'llanma. Fanlararo amaliy matematika. jild 21. Nyu-York: Springer. ISBN 0-387-95404-X. Xususan, qarang. pp272-6.

[1] May, V.; Lab.; Bao, X .; Li X.; Tszyan, L .; Xu, J.; Verner, D. H. (aprel, 2019). "FSSni normal tushish sharoitida to'rtburchaklar qatorda D2n simmetriya bilan tahlil qilishning soddalashtirilgan davriy chegaraviy sharti bilan prizma asosidagi DGTD". IEEE antennalari va simsiz targ'ibot xatlari. 18 (4): 771–775. doi:10.1109 / LAWP.2019.2902340. ISSN 1536-1225.

[Cheatham-2] Cheatham, T. E.; Miller, J. H .; Tulki, T .; Darden, P. A .; Kollman, P. A. (1995). "Solvatsiyalangan biomolekulyar tizimlar bo'yicha molekulyar dinamikaning simulyatsiyalari: zarracha mesh eval usuli DNK, RNK va oqsillarning barqaror traektoriyalariga olib keladi". Amerika Kimyo Jamiyati jurnali. 117 (14): 4193–4194. doi:10.1021 / ja00119a045.

[de_Souza-3] Souza, O. N .; Ornshteyn, R. L. (1997). "Evald usuli bilan zarracha-mash bilan DNK dodekamerasini suvli molekulyar dinamikada simulyatsiyalashga davriy quti o'lchamining ta'siri". Biofiz J. 72 (6): 2395–2397. doi:10.1016 / s0006-3495 (97) 78884-2. PMC 1184438. PMID 9168016.

[4] Deiters, Ulrich K. (2013). "Minimal rasm konvensiyasini samarali kodlash". Z. fiz. Kimyoviy. 227 (2–3): 345–352. doi:10.1524 / zpch.2013.0311.

[5] Kubik bo'lmagan simulyatsiya hujayralarida minimal rasm konvensiyasi

[kundu2020glass-6] Bertier, Lyudovich; Charbonneau, Patrik; Kundu, Joyjit (31 avgust 2020). "Dinamik shisha o'tishidan yuqori spinodal kritiklikning so'nggi o'lchovli vestigi". Jismoniy tekshiruv xatlari. 125 (10): 108001. doi:10.1103 / PhysRevLett.125.108001.

[conway1982quantization-7] Konvey, J .; Sloane, N. (1982 yil mart). "Tez kvantlash va dekodlash va panjara kvantizatorlari va kodlari algoritmlari". Axborot nazariyasi bo'yicha IEEE operatsiyalari. 28 (2): 227–232. doi:10.1109 / TIT.1982.1056484.

[Kuzkin-8] Kuzkin, V. A. (2015). "Davriy chegara shartlari bo'lgan zarrachalar tizimidagi burchak momentum muvozanati to'g'risida". ZAMM. 95 (11): 1290–1295. arXiv:1312.7008. doi:10.1002 / zamm.201400045.

[Erpenbeck-9] Erpenbek, J. J .; Wood, W. W. (1977). Bern, B. J. (tahrir). Statistik mexanika, B qism: vaqtga bog'liq jarayonlar. Zamonaviy nazariy kimyo. Vol 6. Nyu-York: Plenum. 1-40 betlar. ISBN 0-306-33506-9.

[Shirts-10] Ko'ylaklar, R. B.; Burt, S. R .; Jonson, A. M. (2006). "Klassik qattiq sharli molekulyar dinamikani simulyatsiya qilishda davriy chegara sharti bilan jihozlash printsipi buzilganligi va cheklangan namuna o'lchamining boshqa kinetik ta'siri". J Chem fiz. 125 (16): 164102. doi:10.1063/1.2359432. PMID 17092058.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]